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要从特定的应急事件中进行有效反思，就必须进行专门和深入的调查研究。1986年美国“挑战者”号航天飞机失事之后，除了美国航空航天局进行的内部调查之外，美国还成立了总统调查委员会，又称罗杰斯委员会，进行专门调查。委员会由前国务卿威廉·罗杰斯担任主席，成员还有2名宇航员、1名律师、2名航空学专家、3名物理学家、3名前空军将领和1名前飞行员。调查委员会不但明确了发生事故的技术原因，也发现了美国航空航天局决策过程上的瑕疵、管理结构上的漏洞，以及组织文化上的问题，促使美国航空航天局做出重大改革。我们认为，针对此次疫情，也需要成立专门调查委员会，进行专门性和系统性反思，提升我国应对公共卫生疫情的能力。调查本身也会成为一种组织记忆，形成一套历史档案，成为未来处理类似事件的重要参考。
专门调查委员会应该是高级别的机构设置，能够进行相对客观、中立和深入的调查研究。委员会的级别和模式会直接决定其成效，如果级别过低，就不利于进行根本性反思。考虑到中国国情，建议设立高级别的专门调查委员会，在中共中央、国务院领导之下开展工作，并设立若干个分委员会，形成若干子报告和总报告。在专门调查委员会的人员构成上，可以由一位前国家领导人领衔，组织国内顶级的公共卫生专家、流行病专家、生物学家、医生、公共管理学家、心理学家、应急管理专家等参与。团队成员的来源应以高校、研究机构、社会组织、医疗机构等为主，以保证调查的相对独立性。2003年美国“哥伦比亚”号航天飞机失事之后，没有像1986年“挑战者”号失事之后那样成立总统委员会，而是由美国航空航天局成立了一个事故调查委员会，其独立性受到国会的质疑，不得不更换部分成员。可见，专门调查委员会的相对独立性和权威性，有助于保障其声誉并获得公众信任。
同时，应该给予专门调查委员会适当的授权，以取得各级政府、各个部门以及其他组织的配合，能够获取原始资料，召开座谈会，举行听证会，进行内部约谈或访谈，等等。专门调查委员会也应当有专项资金来保证运行。有资金、有授权的专门调查委员会，能够保证调查的质量。与通过各个部门去资助高校和研究机构的课题组相比，专门调查委员会具有明显优势，因为它可以取得更广泛的资料，得到更广泛的配合，动员更广泛的资源，利用更广泛的专家，从而得到更全面的信息、更准确的结论、更实用的建议。当然，这不是说不需要资助高校和研究机构来进行研究，而是这类研究和专门调查委员会的目标和使命不同，应该各负其责。专门调查委员会不是学术机构，并不进行事关疫情的基础性科学研究，也不可能给所有地方、所有部门、所有组织都提出符合实际的建议。
专门调查委员会的主要任务是准确界定疫情暴发的原因，全面梳理暴露出来的国家治理上的短板，并提出科学、合理、有效、实用的政策建议。既要对疫情事件进行回溯性分析，又要着眼于未来进行前瞻性分析。通过调查研究，对事情的来龙去脉有更清楚的认知。回溯性分析主要是着眼于过去，讨论疫情产生的原因、过程、结果与影响，特别是疫情背后的机理。前瞻性分析主要着眼于未来，讨论公共卫生体制改革的思路，关注可以通过哪些关键性改革避免类似事件发生。专门调查委员会的报告最终要向社会公布，促进社会学习。