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疫情发生后，党中央、国务院高度重视，采取了非同寻常的重大举措，以有力、有序、有效地控制疫情：一是响应级别特别高，习近平总书记亲自指挥与部署，中央成立疫情应对工作领导小组，国务院建立联防联控机制，中央赴湖北指导组到湖北各地指导，31个省区市都启动了一级响应；二是响应措施特别严，武汉市断然“封城”并限制市内交通，各地延长春节假期并推迟学校开学、工厂复工时间；三是响应速度特别快，党中央一声令下，解放军、各地从除夕夜起纷纷组建医疗队驰援武汉，社会各界踊跃捐款捐物，火神山、雷神山两座医院以“中国速度”拔地而起。
在党中央的集中统一领导下，全国一盘棋、集中力量办大事和党对军队绝对领导等制度优势转化为强大的应急响应效能，在应急响应中得以彰显。但是，疫情应对也暴露出“短板”：从国家到湖北省、武汉市，应急管理部门和卫生应急办作用有限，国家和卫生应急体制有待于进一步完善。
重大疫情具有扩散性与跨界性，有效应对离不开高层次的指挥与协调机构。我国于1952年成立了由董必武副总理负责的中央防疫委员会。1957年以后，这个委员会被改称“爱国卫生运动委员会”，但于“文革”期间受到干扰。1978年，我国重新成立中央爱国卫生运动委员会。1998年，该委员会改称“全国爱国卫生运动委员会”，办公室设在卫生部疾病预防控制局，名称沿用至今。目前，全国爱卫会主任是国务院副总理孙春兰，由32个成员单位组成。作为高层次的议事协调机构，它主要协调各相关部门，组织开展卫生城市、卫生城镇创建工作，动员社会公众参与环境卫生改进和健康促进活动。毫无疑问，全国爱卫会的这些活动有利于防止重大疫情的发生，但它不履行重大疫情应对的协调功能。
历史上，每逢重大疫情发生，各级党委和政府就会临时成立指挥部，自上而下动员党政军群各部门，全面投入疫情抗击行动。2020年1月21日，遵照习近平总书记指示和李克强总理要求，国家卫健委牵头成立应对新型冠状病毒感染的肺炎疫情联防联控工作机制，成员单位共32个部门。联防联控工作机制下设疫情防控、医疗救治、科研攻关、宣传、外事、后勤保障、前方工作等工作组，分别由相关部委负责同志任组长，明确职责，分工协作，形成防控疫情的有效合力。
新冠肺炎疫情是一场由生物致灾因子引发的社会危机，超越了卫生部门应对的能力。它跨越了地理范围，从武汉传播到湖北其他市州，再从湖北扩散到全国各地，又从中国扩散到世界多个国家。同时，它也跨越了部门界限。如习近平总书记所言，疫情防控不只是医药卫生一家的事情，而是全方位的工作，需要党政军群协同应对。1月25日，习近平总书记主持中央政治局常委会会议，决定成立中央应对新型冠状病毒感染肺炎疫情工作领导小组，在中央政治局常委会领导下开展工作，加强对全国疫情防控的统一领导、统一指挥，再次提升了领导指挥和应急响应的层次。
全国各地按照中央的要求，成立了疫情防控指挥部或领导小组，由党委一把手担任指挥长。武汉市与湖北省分别于1 月20日和1月22日成立高级别的疫情防控指挥部。临时性“战时体制”的启动提升了指挥、协调的层次和效率，有利于迅速稳定形势。但是，这也表明平时建立的卫生应急体制不能有效应对疫情，亟须完善。