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经过一年多的改革实践，我国新应急管理体系的“四梁八柱”已经搭建完毕。然而，应急管理改革的“化学反应”尚未形成，引发、暴露、凸显了很多难以解决的复杂问题，特别是灾害事故应急管理中的统与分、防与救、上与下等关系亟须进一步理顺。作为平行关系的灾害应急管理与卫生应急管理，缺少一个顶层组织设计进行统筹协调。当公共卫生事件的影响越出医疗卫生领域时，这种缺位的影响就会凸显。
在医疗卫生系统内部，卫生应急办脱离办公厅而变为一个业务司局后，反而削弱了其内部协调能力。例如，国家卫生应急办与医政医管局是同级单位，当公共卫生事件发生后需要调动医院资源时，应急办反而不如以往作为办公厅内设机构时更有权威，因为办公厅是权力运行的中枢。当然，它作为一个司局级单位，更难以代表卫健委去其他部委进行协调。
目前，我国公共卫生应急管理体制正处于一个改革后“青黄不接”的断档期和脆弱期：一方面，新的体制机制正在探索和建设中，尚未定型、远不成熟；另一方面，旧有的体制机制已经不复存在，改革造成的震荡还没有完全被吸收。此时，新冠肺炎重大疫情不期而至。这既是对国家治理能力的一次“大考”，也是对国家应急和卫生应急能力的一次“大考”。
2020年2月3日，习近平总书记在主持中央政治局常委会会议、研究加强新冠肺炎疫情防控工作时指出：“我们一定要总结经验、吸取教训。要针对这次疫情应对中暴露出来的短板和不足，健全国家应急管理体系，提高处理急难险重任务能力。”应对这场重大疫情是一个典型的急难险重任务，因为：
第一，说它“急”，是因为病毒在人群中呈裂变式扩散。应急响应受时间的约束，如果不采取断然措施，越来越多的人的生命安全与身体健康将会受到威胁。然而，新冠病毒来无影、去无踪，形成一种难以感知与控制的风险。没有特效药物和疫苗，人们只能用古老的方法加以应对：隔离传染源，切断传染链，保护脆弱性群体。恐慌的情绪在公众中间散播，经济社会的正常运行受到扰动。
第二，说它“难”，是因为处置难度高。新冠肺炎疫情不是一个常规突发事件。尽管新型冠状病毒与17年前的SARS是“近亲”，但一些缺少危机意识和感知能力的地方决策者还是习以为常地将其与从容应对过的诸多传染病画等号，从而错过了早期防控的黄金期。等到人们认识到它是一场真正意义上的危机时，却发现疫源地的医疗资源与就医需求之间存在着巨大的缺口，而不得不采取“封城”、限制市内交通等极端措施。得不到及时收治的疑似病人或居家隔离造成全家感染，或奔波在就医的路上成为移动的传染源。疫情恰逢春节假期，大面积密集的人口流动给防控工作造成巨大的压力。而“封城”前，武汉500万人的向外流动，使得全国都面临着沉重的防疫任务。
第三，说它“险”，是因为新冠病毒具有强大的传染性，会造成医护人员的感染。面对大批患者，武汉市医生虽全力以赴，但也难以应对。从除夕夜开始，解放军和全国各地派来的医疗队纷纷赶来。但是，武汉市及湖北其他城市防护服、护目镜、N95口罩等医疗物资的短缺现象却一时难以全部解决。据国家卫健委相关负责人介绍，截至2020年2月11日24时，全国共报告医务人员确诊病例1 716例，占到全国确诊病例的3．8%；6位医务人员不幸逝世，占全国死亡病例的0．4%。
第四，说它“重”，是因为新冠肺炎疫情造成了大量的感染病例、疑似病例和死亡病例。截至2020年2月8日，全国共有确诊病例3．37万人，累计死亡811人，疑似病例2．89万人。如果从1月20日武汉市正式成立疫情防控指挥部算起，疫情暴发不到20天，但确诊病例是SARS的6倍多，死亡人数是SARS的2倍多，而SARS流行的时间长达半年之久。
遗憾的是，面对急难险重任务，应急管理部没能扮演重要的角色，因为公共卫生事件的应对不在其职责范畴。作为国务院联防联控机制的成员单位，应急管理部积极作为、主动作为，围绕国家疫情防控的总体部署，开展了一系列工作。但是，限于职责边界的约束，应急管理部的作为无外乎加强疫情流行期间的防灾减灾、安全生产工作，防止“忙中添乱”、灾情叠加。当然，一些地方应急管理部门也参与了风险分析、物资调运、社区防控等工作。总体上说，新成立的应急管理部门扮演了较为边缘化的辅助角色，因职责和权威所限未能发挥出综合优势。
同时，在国家卫健委内部，卫生应急办鲜有作为。相比之下，疾病预防控制局、医政医管局与国家疾控中心等单位在疫情应对中发挥了较为重要的作用。疾病预防控制局负责完善疾病预防控制体系，承担传染病疫情信息发布工作。医政医管局负责调集医院的医疗力量，参与对武汉驰援，救治感染者。作为国家卫健委下属事业单位，国家疾控中心负责卫生突发事件监测和风险评价、流行病学调查等工作，在重大疫情处置中的作用不可或缺。
在很大程度上，卫生应急响应能力取决于常态管理向非常管理转轨是否顺畅。如果顺畅，就能迅速控制疫情所造成的失序、失控、失稳状态。科学高效的应急体制是确保常态与非常态平滑接转的基础与前提。此次疫情发生于应急管理改革的特殊时期，既有的应急体制问题百出。一个不容否认的事实是：应急体制暴露出来的问题不是因为各项改革措施没有完全到位，而是因为应急管理改革还必须实现体制性的突破与跃进。