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作为一类突发事件，重大公共卫生事件的影响往往超越医疗卫生领域，形成系统性风险。探讨公共卫生应急管理体制，必须研究国家应急管理体制。前者是后者的组成部分，也反映后者的特点。国家应急管理体制的变化必然会影响公共卫生应急管理体制。而且，在我国，国家应急管理体制的构建是由公共卫生事件所推动的。
1986年，苏联发生切尔诺贝利核电站事故后，国际原子能机构要求各有核国家加强监管。作为一个术语，“应急管理”最早由核电领域引入中国。准确地说，那时的应急管理主要是“核应急管理”。现代意义上的以综合性为主要特征的应急管理起源于2003年的“非典”。2003年上半年，我国内地24个省区市发生“非典”疫情，波及266个县市区，累计报告病例5 327例，死亡349例。其中，医护人员大量感染，高达1 002例
。一开始，人们对病毒认识不清，将其称为“非典型性肺炎”（简称“非典”），这是因为：病人的症状与肺炎相似，但医生又无法按照治疗肺炎的方式加以治愈。后来，世界卫生组织将其命名为“严重急性呼吸综合征”（SARS）。这次疫情让人们觉察到，21世纪的风险与以往不同：在全球化、工业化、城市化与信息化的交互作用下，现代社会的风险越来越表现出高度的复杂性、不确定性、流动性、跨界性、新奇性，必须跨越既有行政边界、地理边界，方能有效应对。
“非典”之后，我国总结抗击疫情的经验和教训，开始了以“一案三制”（即应急预案和体制、机制、法制）为核心的应急体系建设。在应急体制方面，国务院办公厅内设应急管理办公室（简称应急办），承担运转枢纽的作用，履行应急值守、信息汇总和综合协调三大职责，以统筹应对自然灾害、事故灾难、公共卫生事件和社会安全事件等四大类突发事件。从国务院到县级市人民政府，办公厅（室）均组建了应急办。
在我国，公共卫生事件主要包括传染病疫情、群体性不明原因疾病、食物与职业中毒、动物疫情及其他严重影响公众健康和生命安全的事件。其应对的主责单位是医疗卫生行政部门。仿照政府应急办的设置，各级医疗卫生行政部门在办公厅（室）内部设立“卫生应急办”，协调开展公共卫生事件的应对，参与其他类型突发事件的医学救援。政府应急办与卫生应急办分别负责综合应急管理与专项应急管理，存在业务上的指导与被指导的关系。
在应急办的三项职责中，综合协调是最为重要的，同时也是最为薄弱的。但是，应急办只是办公厅（室）的一个内设机构，行政架构偏低，在实践中难以协调其他职能部门。国务院应急办作为一个司局级单位，当特别重大突发事件发生时，难以协调、调动各个相关部委的资源。
为了弥补应急办架构、级别偏低的弊端，地方政府纷纷组建“应急管理委员会”（简称应急委），政府应急办是应急委的办公室。通常，应急委的领导是政府最高行政首长。这种制度设计在一定程度上缓解了地方政府应急办权威性不足的问题。作为应急委的办公室，应急办下设若干个专项指挥部。通常，卫生应急办也是政府应急办的公共卫生事件指挥部。如果公共卫生事件的规模、影响、后果有限，卫生应急办负责协调系统资源进行处置。反之，如果事件规模大、影响广、后果严重，政府应急办就会代表应急委，协调工信、交通、公安、教育等各方面资源、力量，协同加以应对。
当时，国家层面并没有成立应急委。特别重大突发事件发生后，党政高级领导就会临时成立指挥部，利用高层次行政权力，超常规调集应急资源。例如，2008年初，中国南方地区发生低温雨雪冰冻灾害，国务院在国家发展改革委设立煤电油运和抢险抗灾应急指挥中心，而国务院应急办发挥的作用有限。“强化应急管理办事机构的权威性和综合协调性是应急管理体制改革与创新的着眼点。”
但是，应急办逐渐将自身的职责矮化为充当领导在应急决策方面的“参谋”和“耳目”，放弃了对综合协调的追求，为我国应急管理体制改革埋下了伏笔。
2018年，党的十九届三中全会启动党和国家机构改革，明确提出要构建统一领导、权责一致、权威高效的国家应急能力体系。在随后展开的机构改革中，国家卫计委改为国家卫健委。它继续承担公共卫生事件管理的主责，保留了卫生应急办的设置。国家卫生应急办作为国家突发公共卫生事件指挥中心，从办公厅的内设机构变为一个司局级的独立单位。
应急管理改革的更大手笔是，我国整合11个部门的13项职责，组建了新的应急管理部。其中，国家防汛抗旱总指挥部、国务院抗震救灾指挥部、国务院安全生产委员会、国家森林草原防灭火指挥部、国家减灾委员会等五个高层次议事协调机构将办公室设在应急管理部。相对于四大类突发事件，按照大部制原则建立的应急管理部负责的却是“小应急管理”，因为它统筹绝大多数自然灾害和事故灾难的应对，公共卫生事件和社会安全事件不在其列。
按照应急管理改革方案，国务院办公厅的应急管理职责划转给应急管理部。应急管理部负责制定国家总体应急预案并对其他部门专项预案包括国家卫健委的应急预案制定进行指导。但应急管理部与国家卫健委同为部级的架构，只是平等的合作关系。而且，主要是应急管理部单向依赖国家卫健委，这是因为：在事故灾难应对过程中，应急管理部需要国家卫健委的医学救援支持。在公共卫生事件应对中，由于专业性很强的原因，应急管理部要么难以施以援手，要么只是众多参与部门之一。
在地方改革中，一些政府继续保留或新设了应急管理委员会。所不同的是，应急委办公室不再设在政府办公厅（室），而是设在新组建的应急管理厅（局）。例如，北京市应急管理局是北京市应急委的办公室。只有作为应急委办公室，它才负责应对四大类突发事件，包括公共卫生事件。否则，它就只负责应对自然灾害与事故灾难两类突发事件，简称“灾害事故”。