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此次疫情中，在湖北省向中央政府报告之后，中央及时派工作组和专家组赴武汉市，指导开展疫情应对和处置工作。同时国家支持建立大规模病房和隔离区，例如雷神山医院、火神山医院、方舱医院等。但是在应急指挥中暴露出三个问题：一是应急管理流程没有明确，指挥决策过程中职责分工不明；二是信息系统的辅助能力不足，在突发事件发生时所起到的作用有限；三是指挥决策过程中部门间的横向协调存在障碍。
预警后的及时有效处置需要有完善的应急指挥系统，需要完善平时卫生应急准备和一般事件应急响应。实行统一领导、分级负责、条块结合、属地管理。卫生行政部门还需要牵头与环保、农业、检疫、应急管理等部门，建立起政府部门间的横向卫生应急协调机制。可参照国防动员的机制，对平时组织指挥流程进行优化再造，形成靠前指挥、扁平化管理的战时卫生应急指挥模式。同时应急指挥系统的建立不仅仅需要完善的体制，还应该与大数据、网络化相结合，以便更高效地进行实施和处置。
完善应急组织体系需要加强医疗机构、疾病预防控制机构、卫生监督机构、环境保护部门、农林部门、应急管理部门等相关部门的协同。要对患者进行分类处理（紧急处置生命垂危患者、维持危重患者生命以便救治、对与传染病患者有密切接触的人进行隔离观察、对易感人群进行预防性用药以提高抗病能力），并根据疫情情况，划分出不同的区域，对疫源地进行彻底消毒处理，切断传播途径。在后勤保障方面，相关部门要负责资源的供应与运输以及秩序的维护，保障医疗救治药品、避难场所生活用品供应；紧急调用车辆，开辟绿色通道，保证救治车辆、物资运送车辆、人员疏散车辆在第一时间到达；对疫区进行封锁，维护现场秩序，保证救治车辆、物资运送车辆、人员疏散车辆的顺利运行。在公共事务方面，需要协调民政部门、财政部门、旅游部门、气象部门、教育部门、新闻办、媒体、企业、非政府组织、国际组织等，保障受影响群众基本生活的安置和外部关系的处理，及时向社会公众公布疫情及其处置情况，并宣传预防措施，做好信息通报工作。在信息管理方面，需要协调科技信息部门、宣传部门、新闻办，负责传染病突发事件相关信息的及时整理与上报
。在应急组织体系建设上可以参考国外经验。例如美国的组织运行系统，在决策系统、执行系统、保障系统之外，还包括信息系统、应急网络系统和流行病检测系统等，通过每个系统的监测预警功能，全方位把握突发公共卫生事件的发展趋势，以进行反应和决策。