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早在人们认为世界仅有几千年历史的年代，有说法称每个动植物的物种都已最终固定；它们正是按照今天的模样被创造出来的，所有物种皆是如此。但当人们开始发现并研究岩石记录时，他们放弃了这个观点，转而怀疑许多物种在岁月的进程中经历了缓慢的变化和进化，并进而再度抛出一个名为“生物进化”的观点，认为地球上的一切物种（动植物皆然）均是在经历了缓慢而持续的过程后，由一些生活在所谓的无生代海洋里的古老生物进化而来的，它们的祖先的构造异常简单，甚至几乎没有构造。
与地球的年龄问题一样，生物进化问题过去也曾是一个争议极为激烈的话题。有那么一段时期，基于一些据说非常含糊的理由，生物进化论与正统基督教、犹太教和伊斯兰教的教义互不相容。那个时代已经过去，如今大多数正统天主教、新教、犹太教和伊斯兰教信徒都能大大方方地接受这一更为新颖、广泛的观点：万物皆源自同一祖先。根据这种看法，没有任何一种生物是突然在地球上冒出来的。从古至今，生物的进化生生不息。一个又一个世代过去了，想象力在时间的海湾中载沉载浮，地球生命不再只是在潮间带的淤泥中打滚，而是走上了追求自由、力量与自我意识的进化之路。
生物是由个体组成的。这些个体有着明确的定义，它们不像成团成块的无生命物质，甚至也不像可无限延伸的晶体。它们拥有两个无生命物质所不具备的特点：可以吸收其他物质，并将其转化为自身的一部分；它们拥有自我再生的能力。它们可以进食，可以繁殖，可以产生其他个体，新的个体与母体大致相像，但时常也会有一些细微的区别。个体与其后代之间有着特定的、带有家族特征的相似之处。同时，任何一对双亲与后代之间都存在着个体差异，无论何种物种，处于生命的何种阶段，都适用于这一规律。
时至今日，科学家们仍无法解释后代为何会与父母相像，也无法解释它们与父母之间为何会存在差异。但鉴于后代同时拥有相似性和差异性，下述情况更像是一种普通常识，而非科学知识：如果一个物种的生存环境发生变化，那么物种必然会发生一些相应的变化。因为无论物种繁衍到哪一代，个体差异性必然会使一部分个体能够更好地适应新的生存环境，也会导致另一部分个体的生存变得更加艰难。大体而言，前者无论在寿命、繁殖能力还是自我再生能力上都强于后者，因此它们每一代都会向好的方向发展。
这一被称为“自然选择”的进程与其说是科学理论，不如说是从再生与个体差异性中推导出来的必然结果。科学界可能尚未发觉和确定一件事：物种的毁灭与保留是许多不同力量共同作用的结果，但如果有人否认自然选择在生命的起始阶段就已开始发挥作用的话，那他要么连生命科学的基本事实都不懂，要么根本不具备一般的思维能力。
许多科学家都对生命的起源做过思考，他们的想法往往很有意思，但人们对生命的起源方式尚无明确的认识，也没有提出过可信的猜想。然而，权威人士几乎一致认定：地球生命可能发源于含盐的浅水水域中的泥沙，那里受到温暖的阳光的照射，从沙滩一直延伸至潮间带海岸线及开阔水域。
在早期的世界，潮汐和洋流的势头都很猛烈。在这种情况下，生物体必然遭到不断毁灭的命运，它们或被冲上沙滩，活活干死，或被扫进海里，沉入海中，因无法接触空气和阳光而死亡。假如物种倾向于原地生根，或是倾向于在搁浅后长出外皮、外壳，以保护自己免受即将面临的干燥伤害，那么早期的环境对它们的进化是有利的。从一开始起，味觉敏感倾向就将改变生命体的食物喜好，而光线敏感倾向将促使它挣扎着退出暗无天日的深海或山洞，或是蠕动着退出太过耀眼、危机四伏的浅水水域。
最早的贝壳和甲壳可能是用于抵御干燥的，而非拥有活动能力的敌人。但牙齿和爪子很早就在我们地球的历史上出现了。
我们在前文提到过早期的海蝎子的大小。在很长一段时间内，这种生物都是地球生物界的至尊王者。在当时的古生代岩层中的志留纪层（据今天的许多地质学家推测已有5亿年的历史）内，出现了一种更为强悍的，长有眼睛、牙齿，拥有游泳能力的生物。这是已知最早的脊椎动物，也是最早的鱼类。
在下一纪岩层泥盆纪层内，这些鱼类的体型变大了许多。它们的存在极为普遍，因而岩石记录的这一时期被命名为“鱼类时代”。这种鱼类如今已在地球上绝迹，与今天的鲨鱼和鲟鱼甚为相似。它们在水中快速穿行、飞身跃到空中、啃食海藻、追逐和捕食自己的同类，给当时那个世界的水域注入了一股新的活力。按照我们今天的标准，这种鱼类的体型并没有大到过头的地步。其中极少有身长超过2英尺至3英尺的，但也存在长达20英尺的异种。
我们无法从地质学资料中得到任何关于这些鱼类的祖先的信息。它们与之前的任何物种似乎都没有关系。动物学家在这方面的观点最有意思，但他们是对这些鱼类现存近亲所产鱼卵的发育情况做过研究后，再参考其他资料才得出这些观点的。
显然，脊椎动物的祖先属于软体动物类，可能是一种会游泳、体型很小的生物，它们身上最先开始生长的是分布于嘴里和嘴巴附近的坚硬牙齿。鳐鱼和狗鲨的牙齿布满上颚和下颚，自嘴唇起逐渐变成平整的、包裹大半身躯的齿状鳞片。按照地质记录，当这些齿状鳞片开始发育后，鱼类会离开先前藏身的黑暗水域，游向有光的地方。
最早的脊椎动物就这样现身于岩石记录之中。