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我发现《圣经》比其他任何通俗的历史，有更多确切可靠的凭据。
——牛顿
只要你登上高山之巅，放眼远望，只见暮色四合，野云低垂，落日的光芒刺破乌云，长长的雁阵从光影之间悠然飞过。眼前鲜花盛开，远处群鸟起落，峰峦如聚，波涛如怒。面对如此生动的自然景观，你肯定会陷入沉思：这一切由谁造就？为什么会有人类在欣赏这一美景？人类又从何而来？
此类终极问题原本只是哲学家自我娱乐的游戏，后来才变成了科学问题。在达尔文之前，世间的一切都笼罩在诸神的光辉之下，尽管没有任何人目睹确切的神迹。几乎所有古老的民族对人类的起源都有着神秘观的解释：人类或是从海里游出来的，或是女娲用泥巴捏出来的。印第安人甚至认为，人是被一只鸭子用脚上的泥踢出来的。有人干脆认为人类是外星人制造的结果。根据现代宇宙学的研究，特别是“平庸地球理论”的观点，外星人倒并不是真的不可能存在。但即便外星人大驾光临，我们仍然会向他们提出同样的问题：你们起源于哪里？
中国人原本最有希望给出正确的答案，我们早就有“腐草化萤”的说法，这其实是自然观的原始雏形。所谓自然观，是与神秘观对应的世界观，相信世间的一切都有着自然的起源，而不是超自然力量干预的结果。可惜这些思想都只停留在表面层次，我们只是认识到了“变”，却没有细究其内在原因。中国精英阶层的注意力主要集中在诗酒书画，虽然手握自然观的强大武器，却仍然与自然科学失之交臂。
与此同时，西方精英阶层沉迷于神秘观不能自拔，他们视《圣经》为圭臬，用《圣经》回答一切问题，包括自然的创造和人类的起源。1650年，英国大主教厄谢尔根据《圣经》计算出，上帝创世的确切时间是公元前4004年，具体的时间是10月23日，星期天，上午9点。自那以后，万物就一直没有改变过。然后上帝造出了亚当，又用亚当的肋骨造出了夏娃，这两个人不辞辛苦地生儿育女，最后繁衍出满地球的人。这就是神创论的基本观点，是神秘观最重要的代表。
正是出于对上帝的虔诚，西方开始流行自然神学，希望通过研究自然来领悟上帝的旨意。在这一信念的驱动下，西方出现了一大批有影响的自然神学家，其中包括众人皆知的伟大的物理学家牛顿。
所有人都知道牛顿，却很少有人知道，他研究物理的目的是证明上帝的伟大与造物的精妙。在他的研究生涯中，他只有一半时间在从事科学研究，另一半时间则在钻研神学。他曾亲自用《圣经》提供的信息推算出地球的年龄为六千年。这个数据对自然神学具有较大的影响，直接导致许多学科不得不在六千年的时间范围内寻找依据，对地理学、物理学和古生物学等学科都造成了无形的干扰。
牛顿认为自己已经理解了宇宙的运转法则，那就是万有引力定律，却不知道宇宙最初是如何运转起来的。经过不断思考，他最终相信：上帝不但创造了宇宙万物，还设定了运动定律。正是上帝的奋力一推，宇宙才开始按照各种力学原理运转，此后不需要上帝再做任何事情。正因为这一论断，牛顿被看作是“这个世界最接近上帝的人”。
此外，伟大的化学家波义耳、《昆虫记》的作者法布尔等人，都是自然神学名家。他们的共同信仰是：上帝是存在的，否则所有研究成果都将失去有效支撑。
作为18世纪自然神学的集大成者，神学家佩利出版了《自然神学》，内容涉及天文、物理、生物等几乎所有领域，意图用列举事实的方法证明上帝的存在，并感谢上帝为人类的生存而付出了超级智慧。佩利同时还提出了著名的“钟表匠理论”，大意是说：如果我们在路边看到一块钟表，虽然我们不知道钟表的主人是谁，但我们确切地知道，其背后肯定有一名钟表匠存在，正是这个钟表匠制造了这块结构复杂的钟表。
由此推导，如果我们在路边看到一块石头，也应该知道，肯定有一个制造石头的人存在。推而广之，像我们人类、动物植物、山山水水，以至于整个地球或宇宙，其背后都应该有一个制造者。
谁能胜任如此繁杂的制造工作呢？毫无疑问，那个忙碌的钟表匠只能是上帝。正因为如此，像牛顿那样的自然神学者，在了解了精确的自然规律之后，反倒会更加相信上帝。
由“钟表匠理论”进而可以引申出“设计论”。“设计论”认为，人体不过是一架精美的机器而已，这种机器绝不是偶然的产物，而应该是设计的结果。至于其背后的设计者，无论如何装扮，都只能是万能的上帝。
与“设计论”密切相关的是“目的论”。“目的论”认为，世间的一切都是为了某种目的而存在的，主要的服务对象是人类。比如猫是用来为人类抓老鼠的，猪是用来杀了吃肉的，瓜果蔬菜是为了让人类一饱口福的。人体的所有器官也都有自己的目的，比如眼睛用来看东西、鼻子用来呼吸等。这些例子简单易懂，小学生都知道耳朵是用来听声音的，如果不是为了听声音，我们为什么需要耳朵呢？
由于过分强调目的性，“目的论”也必然走向神创论。因为任何目的都必须有最终的设定者，那当然只能是上帝——是他创造了万物，并为万物制定了用途。
因此，自然神学者充满信心地宣布：某个智能存在一直在指导着所有的自然事物。这个智能存在，他们称之为上帝。
自然神学遭受的第一个阻击来自英国哲学家休谟，他曾一度担任英国副国务大臣，而最让他富于盛名的，当推名满天下的哲学著作《人性论》。休谟对自然神学的态度主要集中在《自然宗教对话录》一书中，他指责“设计论”说，如果用高级标准来衡量这个世界，无疑是很不完美的，这只能是某个幼稚的神灵做出的粗糙的尝试，然后这个神灵肯定对自己的成果感到羞愧，所以最终抛弃了它。如果非要用这世间的一切来证明上帝的存在，无疑这个上帝是个低能儿。
虽然休谟的影响很大，但还不足以将自然神学完全打倒。随着时代的发展，神创论遭到了越来越多的怀疑。最简单的怀疑是，世界各地收集到的动物标本越来越多，动物名录不断变长，一个麻烦随之出现：如此众多的动物，当初挪亚方舟怎么能装得下？
神创论者不得不做出回应，他们郑重声明，鸟类和水生动物不需要住进方舟，这样可以节省很多空间。
尽管如此，动物种类还是太多，方舟根本不够用。而且，有些动物完全不适合挤在一条船上，比如猫和老鼠，还有老虎和山羊。那不是在救命，而是在搞水上野餐。
就算不计较空间问题，假设方舟非常大，足以给每种动物提供标准单间，可是世界各地的动物如何能在单一的生态环境下生存呢？北极熊需要寒冷的气候，而非洲草原的斑马需要炎热的气候，方舟到底应该满足谁的要求？
就算方舟在上帝的帮助下已经有了强大的空调系统，可当洪水结束后，这些天各一方的动物又该如何从方舟停泊的阿勒山脚下起程，然后远渡千山万水，再次回到各自的家园呢？让北极熊徒步回到北极是不可能的，一路上无鱼少肉，不说热死，饿也饿死了。
麻烦还没完。由于建造公路和开采煤矿，欧洲挖出的化石越来越多，表明很多动物都已经消失了。特别是巨大的恐龙化石，给人们造成深刻印象的同时，也让人产生了巨大的困惑：如此明显的庞然大物，上帝居然视而不见，《圣经》中居然完全没有提及恐龙。更令人难以理解的是，这些动物为什么会消失？上帝费尽心机创造了这些生物，难道就是为了让它们消失吗？
神创论者不得不再次给出解释，他们的解释很简单：那些消失了的动物，都是在大洪水中淹死的。
就算是这样吧，反正恐龙确实太大，估计挪亚方舟也装不下，活该淹死。可是显微镜又打开了另一个世界，人们见识了前所未闻的微小生物，无论数量还是种类，都大大超出了人类的理解范围，可是这些小东西在《圣经》中也从没被提起过。难道上帝也像人类一样，此前根本不知道微生物吗？难道微生物根本不是上帝创造的吗？如果不是上帝创造的，又是从哪里来的呢？难道是自然生成的吗？
这些疑问不断堆积，由此引发了另一个严重的问题：如果生命可以自然生成，又何必劳烦上帝创造呢？如果其他生物可以自然生成，人类为什么不可以？
自此神创论左支右吾、疲于奔命，只能胡乱解释各种难题，局面一度相当尴尬。屋漏偏逢连夜雨，生物学的麻烦还没有解决，地质学又给神创论带来沉重一击。
1795年，地质学家赫顿出版了巨著《地球理论》，这部具有划时代意义的著作为地质学研究制定了一个原则，就是不要引用超自然力量。自此以后，大洪水和上帝之手对地质学研究的影响越来越小。正是在这一原则的指导下，著名地质学家赖尔于1830年出版了《地质学原理》，提出了地球演化的“均变论”，用以反对当时流行的“剧变论”，后者是神创论支持的观点，大洪水就是“剧变论”的证据。赖尔用大量事实证明，地壳变化不需要借助超自然的力量或巨大的灾变来解释，而只需要依靠最平常的自然力量，比如风雨雷电、水流冰川，或者再来一些火山地震之类的运动，经过长期积累，最终会产生巨大的影响。珠穆朗玛峰就是这样一点点生长起来的，曾经的浩瀚大海，现在变成了黄鹤之飞尚不得过的皑皑雪山。沧海桑田，就这样不停地变换着。
麻烦在于，如果“均变论”成立，地质变化速度非常慢，就会出现一个必然结果：地球存在的时间被大大拉长了，从《圣经》认可的几千年延长到了几千万年，否则就没有时间演变出如此高的山峰和如此深的海洋。而如果地球真的经历了如此漫长的时间，上帝的影响就会被稀释，直至消除。时间提供了一切可能，就算没有上帝的干预，自然也可以照样运行。
自然观的影响就这样不断扩大，渐渐威胁到了神秘观的权威地位。尽管如此，神秘观并没有走下神坛，直到进化论出现，才给了神秘观致命一击。
一方面，进化论直接把超自然力量排除在自然体系之外，成为自然观的集大成者，与神秘观形成了直接对峙。另一方面，由于进化论听起来易于理解，同时也易于反驳，男女老少都可以发表自己的见解，这些见解大多毫无意义，却能诱使更多的人对进化论展开思考。就像滚雪球一样，意见越来越多，观点也越来越复杂，这时人们才发现：进化论容易理解只是表象，它的核心内容极难准确把握。正因为如此，才不断有人指责进化论是谎言。进化论的忠实支持者不得不与来自各方的非难进行着不懈的斗争，特别是与神创论之间的论战最为畅快淋漓。原因很简单，敌对双方的科学素养不在一个层次。多数论战只与知识有关，而与道德无关。
与此同时，更具有吸引力的论战发生在进化论内部，各派学者为了各种各样的理论开展了毫不留情的互相攻击：关于性选择、关于利他与自私、关于群体与个体、关于基因与行为、关于生命大爆发与大灭绝、关于渐变与跃变等。每一个话题就是一个战场，每一个战场都分为几派，每一派学者都学富五车、智力超凡。他们之间的论战辛辣而刻薄，同时充满了智慧的光芒。
这是一场跨越了三个世纪的战争，参与者为了各自的信仰吵成一团。论战的主题纷繁复杂、满天星坠；论战过程伴随着主题的不断变换和角色的瞬间转移；论战的形式也多种多样，有的温文尔雅、充满理性，有的则短兵相接、野性飞扬。更重要的是，有些论战至今仍没有决出胜负，所有人都可以根据自己的理解继续发表意见。大家都认为真理在握，并为对手的冥顽不化而冷笑不已。
这是一个不以胜败论英雄的时代，这场战争最终带来的是科学的进步和人类自我意识的提高。了解这些激动人心的故事，可以帮助我们拓宽视野，领略前所未有的思维冲击。无论胜负，每个渴求真理的人都应该了解这场百年论战。那不只是一场知识的盛宴，更是一次智慧的狂欢和精神的洗礼。
这将是一场永无止境的伟大战争。