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国家是能够合法垄断和使用暴力，并运用独占的权力资源进行统治或治理的特殊的政治组织。韦伯认为：“国家者，就是一个在某固定疆域内——注意：‘疆域’（Gebiet）乃是国家的特色之一——（在事实上）肯定了自身对武力之正当使用的垄断权利的人类共同体。就现代来说，特别的乃是：只有在国家所允许的范围内，其他一切团体或个人，才有使用武力的权利。”为了在一定“疆域”内获得和使用特殊的公共权力，国家要建立相应的机构，形成政权组织体系。国家通过覆盖全部领土领域的政权组织体系对其领土和人民进行治理。但是，国家并不是天然拥有这种政权组织和治理能力的。在传统国家，一方面，权力分散于不同经济、社会和文化单位；另一方面，有限的国家权力并不能有效地渗透于社会，产生相应的权力效应。只有到了现代国家，权力的配置和运作才发生了重大改变：一是政治权力从各种经济、社会、文化等单位集中到国家，形成统一的“主权”；二是从统一的权力中心发散，政治权力的影响范围在地理空间和人群上不断扩大，覆盖整个领土的人口，渗透到广泛的社会领域。在亨廷顿看来：“区分现代化国家和传统国家，最重要的标志乃是人民通过大规模的政治组合参与政治并受到政治的影响。”因此，现代国家的建构是一个政治权力自下而上集中和自上而下渗透的双向过程。由不同层级的国家机构构成的政权组织体系则是实现权力集中和渗透的必要条件。
传统中国是由官僚中国和乡土中国共同构成的。尽管秦始皇统一中国后形成了政治权力高度集中的专制体系，但是这一体系，无论是权力集中能力，还是权力渗透能力都是十分有限的。特别是国家权力没有直接渗透于乡村社会。早在秦汉时期，为了组织国家，政权组织体系一直延伸到乡村，实行类官僚统治的乡（亭）里制。但是自唐代尤其是宋代以后，实行“强干弱枝”，政治权力高度集中于中央，地方和基层权力弱化，乡村社会实行官民合治的保甲制。由于中央权力对广阔的地域和众多的人口的统治鞭长莫及，权力愈来愈分散于社会，由此形成两个极端：一极是政治权力高度集中于中央，形成中央的绝对统治；一极是实际统治社会的权力高度分散于各个村落。毛泽东在著名的《湖南农民运动考察报告》中说道：“四种权力——政权、族权、神权、夫权，代表了全部封建宗法的思想和制度，是束缚中国人民特别是农民的四条极大的绳索。”除政权以外，其他三种权力都是生长于乡村社会之中，并具有重要支配地位的权力。由此形成上下分立、国家统治与乡村社会自治的治理体系。“王权不下县”，国家体制性的正式权力只到县一级，县以下主要依靠非体制性的权力进行治理，从而构成“县官治县，乡绅治乡”的权力格局。作为乡村精英的乡绅因此成为乡村社会权力体系中的特殊人物。乡绅通常指那些有土地财产和国家功名双重权力资源的特殊人员。自实行科举制以后，国家通过科举考试将社会精英吸纳到统治体系中来。但这些精英并不都能够进入国家的正式官僚体系，他们中的大多数只能散落于社会之中，凭借国家赋予的功名等特殊地位而在乡村社会发挥特殊的影响力，并成为乡村社会的实际统治者。对20世纪上半期的中国有相当研究的费正清说：“在过去的1000年里，士绅越来越多地主宰了中国人的生活，以致一些社会学家称中国为士绅之国”。“在100年前就已超过4亿人口的一个国家里，正式皇帝官员不到2万名，带功名的士绅却约有125万之多。”他们是农民的真正主宰者。“这样，帝制政府仍然是个上层结构，并不直接进入村庄，因它是以士绅为基础的”。费孝通认为中国传统政治为“双轨政治”，“自上向下的单轨只筑到县衙门就停了，并不到每家人家大门前或大门之内的”。
除了士绅以外，支配乡村社会的权力主体还有各种村落共同体的家族长老、部族头人、地方强人等。传统农民社会是家族性社会，同一个姓氏的家族世世代代居住在同一个村落，辈分高的长老成为家族共同体的天然权威。家族共同体内有自己的长期积淀而成的习惯规则，并实际支配着农民社会。这就是费孝通先生所说的“长老统治”。而在非汉族和非中心地区，实行的则是部族头人治理。由于中国地域辽阔，国家权力对许多地方特别是偏远地方的统治难以达致，从而形成不少缺乏国家权力有效支配的“政治真空”。这些“政治真空”犹如“自然状态”，主要是一些强势人物在行使统治权。
因此，传统中国对乡村的治理是一个正式的政权组织体系与非正式的权力网络共同构成的。正式的政权组织体系未能深入到乡村社会。而在非正式的权力网络中，各个小“主权者”与国家政权的关系是不一样的。由于士绅的地位与权力在相当程度上取决于国家，所以他们在相当程度上是作为国家代理人替代着国家正式官员行使统治。他们与国家体系的联系最为紧密。也正是依靠这一群体，国家与农民社会在上下分立的情况下能够保持沟通和联系。与之相对，由于家族长老、部族头人和地方强人的权力与国家没有直接联系，因此他们更多的是依据自己所在的共同体的逻辑行使权力。
非正式权力网络的存在意味着国家大共同体内存在着各种“小主权者”。尽管这些“小主权者”在一般情况下能够与国家共同体保持一致性，但也具有对国家政权的天然离散性，截留、吞没、侵蚀、消解着国家权力，从而弱化了国家政权组织体系的权力集中和渗透能力。士绅是介于官府和农民之间而且双方都对其有所希求的中间阶层。费正清指出：“旧中国官吏以士绅家族为收捐征税的媒介。同样，士绅也给农民做中间人，他们在执行官吏压迫农民的任务时，也能减轻些官方的压迫。地方官吏在应付火灾、饥荒或早期叛乱以及众多的次要刑事案件和公共建筑工程时，都要靠士绅的帮助。他们是平民大众与官方之间的缓冲阶层。”也正是这样一种“中间人”的特殊角度，使士绅能够利用国家名义支配乡村社会，也可以利用乡间民意与国家政权体系讨价还价。他们在扮演国家与乡村社会的“沟通者”的同时，又扮演着离散国家与乡村社会的“隔绝者”。对于这样一个特殊的社会群体，连执掌暴力机器的国家有时也得让步三分。
家族长老、部族头人和地方强人更是远离国家政权组织体系，并占有许多本该由国家垄断的权力。在家族共同体内，根据家法和族规，可以对家人和族人给予惩罚，甚至置人于死地。部族共同体也是如此。同时，家族共同体和部族共同体都具有排他性，它们之间经常会发生“领土”争端并引起械斗。至于地方强人更是直接利用非法定的暴力行使统治。所以，在传统中国，政权组织体系并没有有效地将乡村权力集聚起来，也没有有效地向乡村渗透，以形成对国家的认同和忠诚。对于广大农民而言，家族共同体是更真实和具体的存在，他们对家族的认同远甚于对国家的认同。这就是孙中山先生所说的中国人只有家族主义而没有国族主义。
国家政权组织体系的离散化和隔绝性使中国的农民社会只是机械的而不是有机的整体。这种国家整体尽管可以不断在摧毁中重生，但终究不能抵挡作为有机整体的现代国家的挑战。19世纪后期的中国不得不进行国家转型。国家转型的重要任务之一就是建构能够覆盖全部领土的政权组织体系。于是，在国家转型的过程中开始了“政权下乡”，国家试图通过基层政权建设将离散的乡土社会整合到国家体系中来。
19世纪后期中国可以说是危机四伏。除了外部威胁外，国家内部的整合也面临着前所未有的危机，特别是国家在乡村的统治基础从根本上动摇了，传统的政权组织体系受到颠覆性伤害。首先，19世纪近百年的战乱造成基层政权组织体系的破坏和废弛，国家对乡村的控制能力迅速弱化。其次，科举制松弛并最终废除，士绅失去国家体制的依赖，作为一个群体而不复存在。国家与农民的关系也因此断裂了。第三，地方军事实力人物兴起和土匪横行，他们独立地对强占的地方行使统治权，国家与农民的关系被隔绝了。19世纪后期的中国相当程度上成为一个仅有中央外壳的“空架子”，乡村基层治理愈来愈处于政权组织的治理真空。在兵荒马乱中，乡村社会成员甚至不知“官”在何处。这也正是晚清王朝在太平军兴起后不得不大量委派中央官员到地方编练乡勇应对战乱的重要原因。而这又会进一步弱化正式政权组织体系的整合能力。正是在这一背景下，晚清的“新政”开始了。
晚清“新政”的重要内容是改革和重建政权组织和治理体系。其“基本思路有两条：一是‘官治’，二是‘自治’。所谓‘官治’，就是由国家派官设治，一方面扩充和健全州县国家行政，另一方面建立乡镇一级国家行政，从而将地方社会各种经济、文化、社会事务的兴办和管理纳入国家行政的轨道；所谓‘自治’，就是在国家行政之外，或在国家行政的基本框架之下另外建立一个相对独立的‘以本地人、本地财办本地事’的行政系统”。这一改革有两大目的：一是将分散的行政权力整合为一体并加以制度化。二是将行政系统延伸到乡村，对农村社会及事务进行治理。1909年，晚清王朝除了在中央进行“预备立宪”以外，颁布了《城镇乡地方自治章程》，次年1月又颁布《府厅州县地方自治章程》，决定在地方实施自治制度，以建立“本地人、本地财办本地事”的政权组织系统。这种地方自治制度的创立有双重意义：一是将分立和离散的乡村整合进国家行政系统。二是解决传统官制与民众的隔绝问题，强化地方和基层政权组织对民众的负责制。这实际上是现代国家在乡村社会建构的体现：一是确立国家的主权地位，二是确立民众的主体地位。只是晚清的“新政”仅仅停留在制度的设计上。随着1911年晚清王朝的覆亡，“新政”宣告终结。
孙中山作为现代中国的创立者，对国家整合和政权组织体系建设也给予了相当程度的关注。他主要从“民权”和“民治”的角度来建构政权组织体系，主张实行以县为单位的地方自治制度。其根据在于：县是中国政治体制的基础，政治建设当从县始；通过县自治，以建设民主政治。在他看来，中华民国之建设，必当以人民为基础；而欲以人民为基础，必当先行分县自治。孙中山的思想是建立一个以人民（包括农民）为主权者的政权组织体系。通过这一体系既可以将分散于社会的统治权集中到正式的政权组织体系中来，另一方面又由于政权来自民众，而便于与民众沟通并有效地向乡村社会渗透。20世纪上半期国民政府时期，基本上是按照孙中山的理念来构造基层政权组织体系的，只是这一体制的内核精神基本停留在文本上，没有能够具体实施。如李德芳所说的：“南京国民政府自成立伊始就存在两种制度取向：一种是按照孙中山的三民主义原则，建构以直接民权为核心的乡村自治制度，以之作为国家改造乡村社会的工具，一种是沿用传统的社会治理模式，推行保甲制度，以国家的强力控制社会。”经过乡村自治实验，南京国民政府选择和推广的是保甲制度，“实际上就是国家行政权力不断向乡村社会深入的过程”。
在20世纪上半期，随着国家转型，正式的政权组织体系开始向乡村社会延伸，历史上一直外在于国家政权组织系统的农民开始以国民的身份进入政权组织的治理系统，并取得了抽象的人民资格，拥有了与其他阶层一样的选举、创制、复决、罢官的权利。农民作为一个社会群体，整体上进入了国民社会体系。这是一个巨大的历史进步。但对于真实的农民个体而言，他们并没有直接感受和体验到作为平等的人民主权者的存在，相反，他们原来固有的一些权力却被集中。这在相当程度上是由于民族—国家建构中的中央权威和统治秩序建构的紧迫需要。
正如每一次重大历史转折都必然伴随着新旧更替的“阵痛”一样，辛亥革命推翻帝制的同时，也意味着以皇帝为核心的整个政治体制的崩溃。当时中国面临的最迫切的任务是建立一个强有力的中央权威并对地方社会进行有效的治理。因此，辛亥革命后的政权组织体系是伴随着军事征服建设的。换言之，军事在前，政权在后。而政权又是为进一步的军事目的服务的。所以，尽管在20世纪上半期政权开始延伸到乡村，农民有史以来第一次可以面对面地与国家政权机器进行交往，但国家机器施予农民更多的是暴力强制、征缴税役。从这一点看，政权组织对于农民的功能与传统社会没有质的不同，反而还因为政权的下沉而更具直接的掠夺性。南京国民政府建立后在农村恢复保甲制，其主要功能是在政权支配下征收税役。这使得政权下乡一开始就是与农民处于对立的状态。农民并没有从政权下乡中获得他们期盼的“好处”，因此也缺乏相应的认同感。特别是国民政府给了农民抽象的民权资格，却又因其掠夺性而根本无法兑现，从而更强化了农民对政权的疏离感。
与此同时，自19世纪以来，统治权力日益分散化、社会化的趋势并没有得到改变。乡村的实际统治权为各种各样的传统力量所执掌。由此形成新型的（也是形式上的）中央政权与旧式的（却是实质上的）乡村统治并存的局面。黄宗智通过对调查资料的整理，指出：“民国时期的政府，有能力把权力延伸入村，但它缺乏直接派任领薪人员入村的机器，而必须通过庄内的人来控制自然村。”乡村的传统势力不仅继续占有相当部分的统治权，而且阻隔着国家权力的渗透。首先，地方自治制度本身为地方精英占有权力提供了机会。对于那些从来就外在于政权体系的农民来说，他们既无意识也无能力参与地方政治。地方自治实际上是“新瓶装旧酒”。其次，地方精英更加具有掠夺性，且加剧吞没着国家权力。传统士绅是伴随科举制而生的。功名既是他们的特权和地位，同时也意味着一种责任和规范。他们必须在国家与农民之间维持某种平衡。但是，自科举制废除以后，乡村精英没有了国家功名的约制，他们的“中间人”角色开始向“经纪人”角色转换。他们不仅在代理国家行为时更多地关注自己是否得利，而且往往借助国家名义或与地方官员合伙谋取个人利益，并侵占统治权。在杜赞奇看来：“伴随着国家政权深入而出现的赢利型经纪体制的再生及延伸极大地损害了政权在人们心目中的合法地位。”
总的来看，在20世纪上半期，尽管开始了政权下乡的过程，但是并没有在广大的农村建构起政权组织体系，无论是权力集中能力，还是权力渗透能力都十分脆弱，农村处在失控状态。国民党政权的乡村治理是“无根的统治”。这也是中国共产党得以在农村进行武装割据，通过动员农民建立农民政权从而推进革命的重要原因。
1949年中华人民共和国的建立，也是通过基层政权建设对农村社会进行政治整合的开始。由于中华人民共和国是依靠武装斗争建立的，政权组织随着军事胜利而建设。只是政权组织十分强调其人民性。中华人民共和国虽然沿袭了以往的县、区、乡体制，建立起相应的政府，但每一级政府都标明为人民政府，以区别于旧政府。中华人民共和国建立后的政权整合的最突出特点是从经济与社会基层变革的根本上建构政权组织体系。
早在民主革命期间，中国共产党就注意到动员农民的最有效手段是让农民获得土地。“打土豪，分田地”成为重要任务。由武装割据建立起来的政权组织，主要功能就是以军事暴力作为支撑，将地主的土地分配给农民。中华人民共和国建立后，在全国范围进行了土地改革运动。土地改革不仅仅是一场经济革命，更是一种政治整合。首先，通过土地改革及相伴随的清匪反霸，推翻了实际控制乡村的地主势力，从而将千百年以来实际控制乡村的统治权第一次集中到正式的国家政权组织体系中来。其次，土地改革在给农民分配土地的同时，也增强了农民的政权组织认同，使农民第一次具体意识到这一政权是属于自己的。民国时期赋予农民的抽象的民权地位得以实现，并增强了农民对新政权的认同。所以，作为土地改革的领导者之一的杜润生深刻地认为，土地改革是“农民取得土地，党取得农民”。它的历史意义在于，“彻底推翻乡村的旧秩序，使中国借以完成20世纪的历史任务：‘重组基层’，使上层和下层、中央和地方整合在一起。使中央政府获得巨大组织动员能力，以及政令统一通行等诸多好处。这对于一个向来被视为‘一盘散沙’的农业大国来说，其意义尤为重大”。通过土地改革，不仅政权组织第一次真正地下沉到乡村，而且摧毁了非正式权力网络的根基。
土地改革后，土地分散于亿万农民。在中国共产党看来，这还只是完成了民主革命的任务，推翻了旧社会的统治体系，还没有建构起新政权的统治基础。于是，在土地改革完成不久马上开始了对农业的社会主义改造。其重要内容就是将农民组织起来，实行集体化。政权组织建设与经济组织建设合为一体，并因此发展为“政社合一”的人民公社体制。
公社体制是全新的政权组织方式，它的重要功能是使农民社会前所未有地国家化了。首先，国家通过生产资料的集体所有，将分散于农民之中的经济权力集中于政权组织体系。如果说土地改革只是将乡村的政治统治权集中于国家手中，那么，经过集体化建立的公社体制，则将散落于农民社会之中的经济权力也高度集中在国家之手。乡村权力的集中达到从未有过的程度。其次，公社体制将所有的农村居民都改造为统一的公社社员。这种社员身份没有亲缘、地缘之分，也弱化了对家族和地方的认同。农民作为公社社员，不仅是生产者，同时也是政权组织体系的成员，并因此具有国家身份。第三，公社体制实行科层制和标准化管理。由于公社同时属于政权组织，并统一生产、统一分配，因此按照科层制和标准化加以组织和管理。公社内部分公社、大队、小队三级并以数字加以排序，实行命令—服从式治理。第四，公社制使农村基层政权的功能大大扩展了。公社是一个无所不包的组织体系。公社体制的建构过程，也是政权组织的功能扩展过程。除了政治统治功能以外，还包括组织生产、宣传教育、社会服务等功能。由此在乡村建构起功能性的权力网络。这种权力网络尽管不是正式的国家政权组织，却具有服务于国家意志的功能。农民更多的是通过功能性的权力网络感受到国家的“在场”。所以，在公社体制下，政权组织的权力集中和渗透能力都达到了从未有过的程度，国家终于将离散的乡土社会高度整合到政权体系中来。
但是，与城市“政企合一”的单位体制相比，农村公社体制在权力集中和渗透方面仍然存在一定限度。尽管国家试图将分散的农村社会同城市工厂一样加以高度整合，但是面对高度分散的农民社会，国家的政权整合能力毕竟有限。与城市工厂实行国家所有制不同，农村实行“三级所有，队为基础”的集体所有制。生产队大多建立在过去的自然村基础上，生产队的干部具有更多的农民性而不是国家性。“队为基础”使生产队并没有与政权组织高度重合，而具有一定的经济和社会权力。生产大队和生产队在代行政治权力的过程中也有可能层层截流。政权组织并没有完全覆盖农民社会，农民也没有完全国家化。一个基本原因是，公社社员必须根据自己的劳动成果进行分配，而不是如城市工人一样统一由国家支付工资。所以，在中国，只有国家工人、国家干部之说，而没有国家农民之说。
运用政权组织的科层制、标准化的方式统一进行农业生产，其效能毕竟是有限的。家庭承包经营最终取代了人民公社体制的生产方式。随着人民公社体制的废除，国家对农村的政权整合体制也发生了重大转变。这就是由“政社合一”走向“政社分开”。1984年，国家正式废除人民公社体制，在乡（镇）建立体制性的政权组织，主要行使国家管理职能；在乡（镇）以下建立村民委员会，实行村民自治；生产经营活动主要由农户承担，农户成为基本的生产单位和纳税单位。这种“乡政村治户营”的体制，相对人民公社而言，是一种权力的下放，即将原来由政权组织所执掌的经济和社会权力下放或返还给村庄和农民。但是，这种治理体制不是对前公社体制的简单复归，村庄和农民仍然被高度整合在政权组织体制内。首先，政权组织体系网络覆盖着全社会。改革后的乡（镇）、村民委员会、村民小组基本上由人民公社的公社、生产大队和生产小队的建制延续而来，除了正式的政权组织以外，村民委员会和村民小组也都担负着一定的行政功能，具有准行政和类行政组织的特性。政权组织的体制性权力虽然上收至乡，但功能性权力仍然延伸到农户。其次，政权组织的权力渗透能力大为增强。公社体制虽然高度国家化，但是，由于组织体制上实行“三级所有，队为基础”，加上社会交往条件的限制，各个组织往往自成体系，形成自我封闭的社会，并阻隔着权力的渗透。而改革之后，在政权组织与农户之间经济组织不复存在，农户处于一个开放的社会环境里，政权组织体系的行为直接达致农户。庞大的政权组织体系与弱小的农户处于“面对面”的交往关系之中。这种国家与农民的“面对面”是历史上前所未有的。政权组织日益增强的权力渗透能力又可以提升其权力集中能力，使政权组织有可能将本属于村庄和农户的经济和社会权力随时收归己有，如代村庄和农民行使转让土地的权力。
当然，改革后政权组织的权力集中和渗透也都面临着新的问题。这问题更主要地来自政权组织体系本身。以往，政权组织的权力集中与渗透能力主要体现在政权组织与村庄农民之间，正式政权组织内部相对统一。因为，政权组织成员都属于“吃皇粮者”，其收入由国家统一提供。这使得政权组织的成员高度依附和忠诚于以中央政府为核心的国家组织体系。而在改革以后，政权组织内部却开始出现了分化，地方和基层政权的经济自为性增强。首先，地方的经济功能日益增强，地方和基层官员的升迁很大程度上取决于其所治地域的经济增长政绩。其次，由于实行“国税”和“地税”的分离，地方和基层的财政来源在相当程度上来自地方与基层的自敛。第三，地方和基层政权组织虽然不直接从事农业生产，但仍然具有强大的经济功能，甚至直接经营企业，如“乡镇企业”。第四，由于村庄已有相当的自主权，基层政权组织并不直接发号施令，因而往往通过给予某种“好处”才能实现权力渗透。而村庄领导人也需要与政权组织的领导人建立“关系”，以获得进一步的支持。由此形成基层政权组织与村领导的利益共同体。以上因素所带来的后果之一就是地方特别是基层政权组织的利益化倾向。这种倾向既阻隔着权力的集中，即“上有政策、下有对策”，又限制着权力的渗透，即“中央的经是好的，下面的和尚将经念歪了”。如果说传统国家阻隔国家权力集中和渗透的只是非正式和非组织形态的“胥吏”，那么，当下中国阻隔国家权力集中和渗透的则在相当程度上来自正式和组织化的基层官员。这是改革后乡村治理体制面临的新挑战。