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临床使用中药时，为了确保临床疗效，避免毒副作用的产生，必须注意中药的用药禁忌。中药的用药禁忌主要包括配伍禁忌、妊娠用药禁忌、证候用药禁忌和服药饮食禁忌四个方面。
配伍禁忌，是指某些药物合用，会产生或增强剧烈的毒副作用或降低、破坏药效，应避免配合应用。此即《神农本草经》所谓之“勿用相恶、相反者”。
配伍禁忌主要有“十八反”和“十九畏”。五代后蜀韩保昇修订《蜀本草》时，首次统计药物七情数目，提到“相恶者六十种，相反者十八种”。今人所谓“十八反”之名，盖源于此。至《证类本草》载反药24种，《本草纲目》载相反药物36种，但无论古代医籍所列举的相反药物如何增减，仍然沿用“十八反”的名称，可见“十八反”已经失去固定数量的含义。相畏为中药七情之一，内容已如前述。然从宋代开始，一些医药著作中，出现畏、恶、反名称使用混乱的状况，已与《神农本草经》“相畏”的原义相悖。而作为配伍禁忌的“十九畏”就是在这种情况下提出的。
“十八反歌”最早见于金·张子和的《儒门事亲》：“本草明言十八反，半蒌贝蔹及攻乌，藻戟遂芫俱战草，诸参辛芍叛藜芦。”十八反指出：乌头（包括川乌、草乌、附子）反浙贝母、川贝母、瓜蒌、天花粉、半夏、白及、白蔹；甘草反甘遂、京大戟、红大戟、海藻、芫花；藜芦反人参、西洋参、党参、丹参、玄参、北沙参、南沙参、苦参、细辛、白芍、赤芍等。
“十九畏”歌诀则首见于明·刘纯《医经小学》：“硫黄原是火中精，朴硝一见便相争，水银莫与砒霜见，狼毒最怕密陀僧，巴豆性烈最为上，偏与牵牛不顺情，丁香莫与郁金见，牙硝难合京三棱，川乌草乌不顺犀，人参最怕五灵脂，官桂善能调冷气，若逢石脂便相欺，大凡修合看顺逆，炮
炙煿莫相依。”十九畏指出：硫黄畏朴硝（芒硝），水银畏砒霜，狼毒畏密陀僧，巴豆畏牵牛，丁香畏郁金，川乌、草乌畏犀角，牙硝（芒硝）畏三棱，官桂（肉桂）畏赤石脂，人参畏五灵脂等。
此后之《本草纲目》《药鉴》《炮炙大法》等书所记略有出入，但不如十八反、十九畏歌诀那样广为传诵。
反药一般不宜同用。多数医家认为反药同用会增强毒性、损害机体，因而强调反药不可同用。《神农本草经》提出“勿用相恶、相反者”。《本草经集注》也谓：“相反则彼我交仇，必不宜合。”孙思邈则谓“草石相反，使人迷乱，力甚刀剑”等，均强调了反药不可同用。《医说》甚至描述了相反药同用而致的中毒症状及解救方法。现代临床、实验研究也有不少文献报道反药同用（如贝母与乌头同用、巴豆与牵牛同用）引起中毒的例证。因此，1963年版的《中国药典》“凡例”中就明确规定：“注明畏、恶、反，系指一般情况下不宜同用。”
古代也有不少反药同用的文献记载，认为反药同用可起到相反相成、反抗夺积的效能。如《医学正传》谓：“外有大毒之疾，必有大毒之药以攻之，又不可以常理论也。如古方感应丸，用巴豆、牵牛同剂，以为攻坚积药；四物汤加人参、五灵脂辈，以治血块；丹溪治尸瘵二十四味莲心散，以甘草、芫花同剂，而妙处在此。是盖贤者真知灼见，方可用之，昧者不可妄试以杀人也。”《本草纲目》也言“相恶、相反同用者，霸道也，有经有权在用者识悟尔”等，都强调了反药可以同用。古今反药同用的方剂也是屡见不鲜的，如《金匮要略》甘遂半夏汤中甘遂、甘草同用治留饮；赤丸以乌头、半夏合用治寒气厥逆；《外科正宗》海藻玉壶汤中海藻、甘草同用；《景岳全书》的通气散以藜芦配玄参治时毒肿盛、咽喉不利。现代也有文献报道用甘遂、甘草配伍治肝硬化及肾炎水肿；人参、五灵脂同用治冠心病等，有一定的效果。
由此可见，无论文献资料、临床观察及实验研究目前均无统一的结论，说明对十八反、十九畏的科学研究还要做长期艰苦、深入、细致的工作，去伪存真，才能得出准确的结论。但目前在尚未搞清反药是否能同用的情况下，临床用药应采取慎重从事的态度，对于其中一些反药若无充分把握，最好不宜配伍使用，以免发生意外。
妊娠用药禁忌，是指妇女妊娠期间治疗用药的禁忌。妊娠禁忌药专指妇女妊娠期除中断妊娠、引产外，不能使用的药物。
在传统的妊娠用药禁忌中，能损害胎元、引起堕胎是早期妊娠禁忌的主要理由。随着对妊娠禁忌药的认识逐渐深入，对妊娠用药禁忌理由的认识也逐步加深。归纳起来，主要包括：①对母体不利；②对胎儿不利；③对产程不利；④对小儿不利。无论从用药安全的角度，还是从优生优育的角度来认识这几点，都是应当给予高度重视的。总的说来，凡对妊娠期的孕妇和胎儿不安全及不利于优生优育的药物，均属妊娠禁忌药。
在妊娠禁忌药中，不同的药物对妊娠的危害程度是有所不同的，因而在临床也应区别对待。古代对妊娠禁忌药主要提禁用与忌用，较少提慎用。近代则根据临床实际和药物对于胎元损害程度的不同，分为禁用与慎用二大类。妊娠禁用药是指毒性强的药、作用峻猛的药以及堕胎作用较强的药，如麝香、巴豆、牵牛子、大戟、商陆、三棱、莪术、水蛭、斑蝥、马钱子、川乌、雄黄、砒石等。妊娠慎用药主要包括活血化瘀药、行气药、攻下导滞药、药性辛热的温里药以及性质滑利之品，如桃仁、红花、牛膝、枳实、大黄、附子、肉桂、干姜、木通、冬葵子、瞿麦等。
对于妊娠妇女，凡禁用的药物绝对不能使用；而慎用的药物可以根据病情的需要斟酌使用，但要注意辨证准确，掌握好剂量与疗程，并通过恰当的炮制和配伍，尽量减轻药物对妊娠的危害，做到用药有效而安全。如《金匮要略》以桂枝茯苓丸治妊娠瘀病，吴又可用承气汤治孕妇时疫见阳明腑实证。此即《内经》所谓“有故无殒，亦无殒也”的道理。但是，必须强调的是，除非必用时，一般应尽量避免使用，以防发生事故。
由于药物的药性不同，其作用各有专长和一定的适应范围，因此对于某类或某种病证，应当避免使用某类或某种药物，称证候用药禁忌，也称为病证用药禁忌。
由于药物皆有偏性，或寒或热，或补或泻，或升或降，或润或燥等，临床用之得当，可以其偏性纠正疾病所表现出来的病理偏向；若使用不当，则其偏性可能会反助病势，加重病情或导致新的病理偏向。因此，任何一种中药，对于特定的证候，都是有宜也有忌。凡药不对证，药物功效不为病情所需，而有可能导致病情加重、恶化或产生新的疾病，原则上都属于临床用药禁忌的范围。如麻黄性味辛微苦温，功能发汗解表、散风寒，又能宣肺平喘、利尿，故只适宜于外感风寒表实无汗或肺气不宣的喘咳，而对表虚自汗及阴虚盗汗、肺肾虚喘则应禁止使用。又如黄精性味甘平，功能滋阴补肺、补脾益气，主要用于肺虚燥咳、脾胃虚弱及肾虚精亏的病证，但因其性质滋腻、易助湿邪，因此，凡脾虚有湿、咳嗽痰多以及中寒便溏者则不宜服用。一般而言，除了药性极为平和者无须禁忌外，中药大多都有证候用药禁忌，其内容详见各论中每味中药的“使用注意”部分。
服药饮食禁忌，是指服药期间对某些食物的禁忌，简称食忌，也就是通常所说的忌口。重视服药时的饮食禁忌，对于确保临床用药安全、有效，也有重要的意义。
《本草经集注》谓：“服药，不可多食生胡荽及蒜、生菜。服药，不可多食诸滑物果实。服药，不可多食肥猪、犬肉、肥羹及鱼臊脍。”提出了在服药期间，一般应忌食生冷、油腻、腥膻、有刺激性的食物。而根据病情的不同，饮食禁忌也有区别。如热性病，应忌食辛辣、油腻、煎炸性食物；寒性病，应忌食生冷食物、清凉饮料等；胸痹患者应忌食肥肉、脂肪、动物内脏及烟、酒等；肝阳上亢头晕目眩、烦躁易怒者应忌食胡椒、辣椒、大蒜、白酒等辛热助阳之品；黄疸胁痛者应忌食动物脂肪及辛辣烟酒刺激物品；脾胃虚弱者应忌食油炸黏腻、寒冷固硬、不易消化的食物；肾病水肿者应忌食盐、碱过多的和酸辣太过的刺激食品；疮疡、皮肤病等患者，应忌食鱼、虾、蟹等腥膻发物及辛辣刺激性食品等。
此外，古代文献记载的甘草、黄连、桔梗、乌梅忌猪肉；鳖甲忌苋菜；常山忌葱；地黄、何首乌忌葱、蒜、萝卜；丹参、茯苓、茯神忌醋；土茯苓、使君子忌茶；薄荷忌蟹肉；蜜反生葱，柿反蟹等，也应作为服药禁忌的参考。