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中药贮藏保管的好坏，直接影响药材的质量，进而影响临床疗效。故陈嘉谟《本草蒙筌》强调：“凡药藏贮，宜常提防。”如果贮藏不当，药材可能发生虫蛀、霉烂、变色、走油等败坏现象，致使药材变质，甚至失效。因此，药材的贮藏应把握以下几点。
1.鼠耗 老鼠喜食种子、果实及动物类药材，不仅会造成药材耗损，使药力降低；其排泄物及随身携带的病原体还会污染药材，可能给患者造成伤害。
2.虫蛀 植物或动物药材上附有害虫或虫卵，库房、容器及包装物藏匿或进入害虫或虫卵，以致害虫在药材中生活、繁殖。害虫蛀蚀药材，形成蛀洞，甚至毁为蛀粉，不仅造成药材严重耗损，药力下降，害虫的残体及其排泄物亦会造成药材污染。
3.微生物 霉菌、酵母菌等微生物及其孢子遍布于空气、水、土壤、各种有机物及生物体内和体表。药材在贮存过程中，一旦温度和湿度适宜，霉菌、酵母菌等微生物就会大量繁殖，萌发菌丝，分泌酵素，侵蚀药材组织，引起霉烂变质而失去药效。黄曲霉素等微生物产生的毒素，对人体还有很强的毒害性。
4.湿度 湿度是影响药材质量的一个极重要的因素。如贮存的药材未充分干燥，含水量超过15%；室内相对湿度在75%以上，则霉菌最容易生长、繁殖，导致药材发酵霉变。同时，由于药材中的水解酶活跃，会使药材水解软化。空气中湿度过大，药材受潮后还可能变色。如相对湿度在60%以下时，又可能导致药材中含水量逐渐降低，使芒硝、硼砂等含结晶水的药材失去结晶水而风化。
5.温度 贮存过程中的温度对药材质量的影响很大。一般来说，药物的许多成分在15～20℃的条件下比较稳定。若温度过高，药材中的水分蒸发，其含水量和重量会降低，氧化、水解等化学反应会加速，使药材中的化学成分迅速变质。如肉桂、沉香、厚朴等药材受热后，所含挥发油大量挥散，不仅芳香气散失，还会失去油润而干枯或破裂；柏子仁、杏仁、桃仁、郁李仁等含油脂多的药材，受热后内部油质分解，溢出表面而发生“走油”现象；阿胶、鹿角胶、龟甲胶等动物胶类药材，乳香、没药等部分固体树脂类药材，受热后易发软，粘连结块等。
6.日光 日光照射，除可导致温度升高，促使药材发生失水、黏结、走油、挥发、氧化、水解等物理、化学变化之外，在日光的直接或间接照射下，还会破坏药材所含色素，使药材变色变质。如玫瑰花经日晒会褪色，红花易褪色变黄，大黄会由黄色迅速变成红棕色；轻粉（氯化亚汞Hg 2 Cl 2 ）受日光照射后，颜色渐渐变深，会生成剧毒的二氯化汞（HgCl 2 ）。
7.空气 空气中的氧气会引起药材中发生复杂的化学变化，使动、植物药材中的挥发油、脂肪、糖类等成分氧化、分解、酸败、走油、变色、气味散失。氧气也能氧化矿物，可使灵磁石变成呆磁石。空气中还混有少量臭氧，臭氧的含量虽少，但因属强氧化剂，可加速药材中的有机质，特别是脂肪变质。
8.贮存时间 在贮存过程中，药材中的物质是在不断运动的，运动是要消耗能量，消耗物质的。药材在微生物、湿度、温度、日光、空气等自然因素的影响下，每时每刻都在发生变化。因此，多数药材贮存过久，有效成分含量会降低，质量会下降。