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在科学院里，总司令与院士们并肩而坐。在辩论中，他从不凭借官职，而是很理性地讲事实摆道理。不过，这里有许多讨论题目，也涉及军队的实际问题：如何滤清尼罗河水，如何竖立风车，寻找制造火药的配料等等。有一次，拿破仑很激动，怒气冲冲。贝托莱则平心静气地说道：“您错了，朋友，因为您说话变得粗鲁了。”一个船医表示赞同。波拿巴喊道：“我算看出来了，你们这些人都是一伙的。化学就是医学的厨房，而医学就是杀人犯的科学！”医生马上反问道：“那么，将军公民，您又该怎样定义征服者的艺术呢？”在这个学术共和国里，这位独裁者很高兴这种平等的作风；而在其他的场合，几乎没有人敢反驳他。
一连几个星期，军中日志每天的最后一行都是：“法国无消息。”一切都停顿下来，人们都心神不宁，议论纷纷。而那个流动大学倒是做了很多颇有意义的工作。几乎所有的活动波拿巴都要参加，先是跟别人学习，然后再提出建议，当然他的工作主要集中在二线上。对他来说，这个等待的时期是从事研究的良机。他们开始在这个国家进行全方位的调查，进行地理勘察和测量。而有关尼罗河的鱼类资源、红海的矿产、尼罗河三角洲的植物群以及沙漠地区的构成等课题，都是首次被如此大规模地加以研究。他们还考虑过开发咸水湖以及尼罗河泥土。学者们还研究东方黑死病以及沙眼的病因。在埃及，沙眼是一种很可怕的眼疾，曾经有一半的埃及人因此失明。此外，他们还印刷了一部词典和一本语法。上埃及一些埋藏在地下的寺庙被发掘了出来，他们甚至发现了摩西井。一天，一位天才的军官从罗塞塔带回了一块花岗岩石碑，在上面人们首次发现了同时用埃及象形文字、通俗体文字和希腊文三种文字书写的碑文。解开象形文字之谜的钥匙终于找到了！
不过，总司令最感兴趣的是经苏伊士地峡开凿运河的可能性。他冒着遭阿拉伯人袭击的风险，在沙漠中长途跋涉。他追踪古代国王开凿的运河的遗迹，设计着新运河的走向和路线。他所有的推断和设想，半个世纪后都为负责开凿苏伊士运河的法国工程师莱塞普斯所证实。他并不像个遭到挫败的冒险家，而是以世界征服者的精神，谋求着分开陆地，联结海洋。
消息终于到了！有些商人乘坐小型战舰冲破了英国的封锁线。从他们那里，拿破仑获悉了因法国舰队在阿布基尔被摧毁而引发的局势变动：土耳其苏丹已与俄国结盟，两国已向法国宣战。土耳其统帅阿克梅特，正取道叙利亚向埃及进军。开罗的不满人士受到这些消息的鼓舞揭竿而起，起义被炮火镇压，人头被插在长矛上示众，以示警告。“这将收到可喜的效果。仁慈在这里毫无用处。”
总的说来，总司令的心情是解脱多于震惊。如果土耳其再向南进军，这样更好。他终于有机会在战争中击败他们。
但是，他对大多数亲信都没有提及令他焦虑不安的根本原因。当他离开法国前来征服埃及时，他本来的目标在于得到一个中转基地，有助于他去征服印度。“用舰船，我们可以横渡海洋；用骆驼，我们可以穿越沙漠。”他本来预计花费十五个月时间来征服埃及，并且巩固在那里的权力，同时为远征印度作种种准备。要远征印度，他需要四万兵力以及同样数量的骆驼、一百二十门野战大炮。他曾提出要大量增加舰船、火炮和士兵，从法国经海路来支援他的部队。
但是阿布基尔海战粉碎了他美妙的计划。英国封锁着海岸，根本没有增援部队，土耳其苏丹成了敌人，埃及人也深怀敌意。好在拿破仑善于调整计划以适应形势的改变。在他看来，一切皆可为我所用。土耳其军队将与英军联合登陆？这是生死存亡的问题！好吧，我们只有进攻，不然就是毁灭！夺取土耳其人所有的军火库和港口，武装叙利亚的基督徒，煽动德鲁兹
教徒！一旦我们占领了阿克要塞，开罗的舆论必然转向我们这边。到6月，我们就可到达大马士革，将前哨基地推进至托罗斯，再用两万六千名法国士兵、六千名马穆鲁克骑兵和一万八千名德鲁兹教徒向东挺进。德塞将直接从埃及赶来。到那时，苏丹就会知道观望才是最佳的选择。然后波斯国王再同意我们取道巴索拉和希拉兹。那么到3月的时候，如果真主赐福，我们将饮马印度河。
拿破仑再次在困境中编织起美丽的梦。他开始向叙利亚进军。
根本就无道路可言。有时，他在十五个小时里才骑马前进了七十公里，而且总是在晚上，没有水，几乎总是跟先锋部队在一起。雅法陷落时，有三千名土耳其士兵投降。他该如何处置他们呢？留着他们？他自己的军队口粮都很短缺；而且，他还得派出数千名法军来看守这些俘虏。送他们回国？他没有船只。交换战俘？土耳其又没有法国俘虏可换。释放他们？他们就会增援下一个要攻下的要塞阿克。他到底该怎么办？举行军事会议！
与会者都赞成杀掉俘虏。就在几天前，土耳其人不是把我们的一个使者砍了头吗？如果为了供养这些家伙而造成军队给养短缺，军队的情绪将会失控。波拿巴犹豫不决，考虑了足足三天，最后才勉强同意。这些俘虏将被赶到海里然后处决。后来的军事评论家，尤其是德国人，都一致认为拿破仑当时别无选择。
只有阿克要塞还在阻挡我们的前进，在那里我们将得到大量崭新的武器。然后我们将向北挺进！在这几个星期里，伟大的梦想又复活了。土耳其已经宣战。拿破仑被完全孤立，被迫进行一场殊死战斗。什么事情都可能发生，因为形势所迫，无论采取什么手段都是必要的。不过，他一直在不停地斟酌，此时他的脑子里又形成了另一个计划。他对一名亲信说：“在占领阿克后，我将向大马士革和阿勒坡挺进，一路增加兵力，因为我将向人民宣布，专制的酋长们已被推翻。然后，以压倒兵力占领君士坦丁堡，推翻土耳其，重建一个伟大的新帝国。这将带给我不朽的名声。或许在摧毁了哈布斯堡家族之后，我将取道亚德里亚堡或维也纳回国。”
他一直胸怀这样的梦想。因为这一次的形势更加危急，所以他的梦想也更加强烈。
他兵临阿克，要塞并不大，却配备有新式武器，并由英国军官和炮兵守卫。一连几次猛攻都无成效。同时，英国战舰赶来支援，直接威胁着进攻者。
最终，在八个月以后，他接到了直接来自巴黎的消息！但是这消息他简直不忍卒读。塔列朗并没有去君士坦丁堡与苏丹会谈。这个骗子是不是在逃避责任？不过战争肯定是要爆发的，不然我们也不会出现在这座石头要塞前！法兰西共和国已与那不勒斯和撒丁交战。波拿巴的竞争对手莫罗与奥热罗负责指挥军队。苍天！凭什么我们要蹲在这烤人的沙漠上无所作为？冲锋！攻下这要塞！难道我们要在这个石头堆前折戟沉沙吗？谁是这要塞的指挥官？
菲利波，有才能的工程兵军官，拿破仑当年在巴黎军校的同学；他逃亡国外，参加了英国军队。今天波拿巴要与他正面交锋。为什么不强攻呢？波拿巴可没有耐心作持久战的准备。围困敌人迫使其投降，这种设想不适合他那急性子。要塞，就像女人，必须强攻得手，要么就作罢。他可不想乞求为她效劳或苦苦追求，他更不可能等待。时间紧迫，不能等了，猛攻！
士兵们开始口出怨言，甚至军官也变得动摇，这是兵变的前奏。“让我们拥戴克莱贝尔做领袖，他比较人道，而且温文尔雅。”
波拿巴坐在帐篷里，默默筹划。多可怕的时刻！难道英国真是不可征服的？就算在陆地，甚至在东方也是如此吗？这场攻城战要拖上几个月？不可能！欧洲到处都在兵戎相见。无功而返？这可是前所未有的啊，那时肯定别有一番滋味上心头。可是，别无选择，必须放弃攻城，马上撤回埃及！如果说阿克挡住了他进军印度的道路，此话只说对了一半。谁能说，要是攻下了这座要塞，他会容忍巴黎的不利消息，容忍意大利的战事，而径自冲到印度去？一切都未确定，到时还要看他那难以预料的情绪。同时发生的这一切都富有象征意义：在阿克，在波河，法国都是与同一个王国联盟作战。只有革命之子才能挽救危局。与他往常的习惯相反，这一次，波拿巴并没有骑马冲在前头，而是一连几个小时都站在一处高地上，满怀悲愤地注视着这座久攻不下的要塞，直到夜幕降临。
狼狈撤退。没有道路，没有水，穷追不舍的只有黑死病。波拿巴的命运难道将毁于沙漠与黑死病之手？他神色平静地看望了医院中的病人，尽可能地鼓励他们。医生告诉他，有五十个病人已救治无望。看着他们在痛苦挣扎，拿破仑断然决定帮他们一把。带着一种高贵的责任感，他下令给这些人服用鸦片，但遭到医生的反对。至今我们也不清楚，是否另外有人执行了这一命令。“在这种情况下，”他后来说道，“我连自己的儿子也会下令毒死。”
两千名病员与六千名仍然健康的士兵在沙漠中缓慢疲惫地穿行。由于没有足够的马匹，每四个人要合抬一名重病士兵。参谋部的军官们也必须一律步行！这是拿破仑的命令。当第二天马厩总管问他要骑哪一匹马时，波拿巴给了他一鞭子。终于，开罗城出现在他们眼前。入城时，法军还故意展示缴获的军旗，列队进入，并发表通告，俨然凯旋，徒劳地试图蒙蔽埃及人。
巴黎在说些什么？他该告诉巴黎些什么呢？我们未能占领阿克，而且必须从当地撤离，因为那里黑死病到处蔓延！拿破仑在科学院任命了一个委员会，来帮助证实自己的说法。有个医生站起来，当着上百名学者的面，拒绝在这个编造的故事上签名。司令官面色阴沉，但还是作了让步，而且对这个勇敢的人很是欣赏，后来，这个人多次得到提拔。
土耳其人已从海上逼近，意在消灭法军。整个远征军的生存再次面临威胁。土军把登陆地点选择在了阿克基尔湾，时间恰好在尼罗河口海战一周年之际。虽然土军人数两倍于法军，波拿巴仍先让土耳其军队登陆，然后再予以重创。战斗结束后，缪拉遇到波拿巴，情不自禁地拥抱他，说：“将军，您像世界一样伟大；可惜对您来说，这个世界太小了。”而波拿巴则亲自致函开罗当局说：“你们肯定已经获悉了发生在阿布基尔的战役，那是我生平所见到过的最辉煌的一次！登陆的敌军全部被歼，没有一个逃脱。”
这时，他在参加法军的马穆鲁克兵中注意到有一个高个子的漂亮小伙，一双湛蓝的眼睛，名叫卢斯塔姆，是个格鲁吉亚人，曾五次被卖为奴，一眼就看得出是个忠诚本分的人。拿破仑给了他一把华丽的佩剑，让他做贴身侍卫。此后十五年，卢斯塔姆一直都睡在主人卧室的门口。
在阿布基尔胜利后，拿破仑与封锁海岸的英国舰队司令进行谈判。表面上，他想与英国人讨论交换俘虏；实际上，他渴望得到情报，报纸现在比皇冠还宝贵。有人设法搞到了一些他梦寐以求的报纸。当一名副官把报纸拿到帐篷里时，总司令已经入睡。“报纸来了。坏消息。”他一骨碌坐了起来。“发生了什么事？”
“舍雷尔被击败了。我们几乎又失去了整个意大利。”拿破仑跳下床，夺过报纸，按照副官的说法，他整整读了一个通宵，不时因为愤怒而喊出声来。清晨，他召见舰队司令；两人在屋里密谈了两个小时，然后他去了开罗。
“我决定回法国去，”他悄悄向忠实的马尔蒙透露说，“我想带你一起去。我们在欧洲的军队已被击败。天知道，敌人此刻已经前进到哪里了。意大利丢了。这些无能的掌权者都是干什么吃的？愚蠢，腐败！我曾独自承担了全部重担；由于我的不断胜利，支撑起了一个政府；要是没有我，政府早就站不住脚了。我一离开，就全都垮了。如果我即刻启程，我可以与最近这次捷报同时抵达巴黎。我的出现可以恢复军队的信心，也可以重新鼓舞起公民们的希望，让他们坚信会有一个幸福的未来。”
“当然是我的未来。”马尔蒙一走，他就想道，“他们会说，我把部队遗弃在了埃及。在克莱贝尔的统帅下，他们过得会更好。我来这里本为建立一个殖民地。它已建立了起来，土耳其军队也已被击败。援助只能来自法国；除了我，谁也不会派援军来。在这里，我再也没什么可赢的了；一切都必须在欧洲战场上取得。我已三十岁了！还得几天才能离开这里？舰队司令说去土伦尚无顺风，英国战舰正云集地中海。真恨不能乘热气球飞往巴黎！巴黎是世界的中心。我必须冒这个险，越海归国。”