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“我即将去东方，”他写信给兄弟，“带着能够确保成功的一切。如果法国需要我……如果战争爆发并且进展不利，我将马上回家，那时公众舆论会比现在更支持我。如果共和国在战争中运气不错，另一位像我这样的新统帅脱颖而出，成为人们的希望，那好，我也许会留在东方，替世界作出比他更多的贡献。”布里昂问他：“我们要去多久？”他回答说：“六个月或者六年。”
到了最后的时刻，命运似乎还要给他一个警告。在拉斯塔特，奥地利拒绝割让莱茵河左岸地区。在维也纳，法国特使贝尔纳多特的挑衅，使新的战争一触即发。他不该留下来吗？可是，督政官们却认为情势已是箭在弦上，催他立刻动身，他只好服从。于是，5月的一天，在进驻米兰两周年之际，四百艘帆船在土伦海面集结待发。约瑟芬站在岸上招手，内心里她大概更牵挂随丈夫出征的儿子欧仁。随着波拿巴的一个动作，强大的舰队缓缓启动。此时，官兵们才被告知此次航行的目的地。他们全站在甲板上，望着欧洲的海岸渐渐远去。他们的统帅伫立在“东方号”的上甲板上，紧挨着主桅旁的几门八磅炮。只有他没有回头，而是望着东南方向。
与此同时，纳尔逊与另外三位英国海军上将正站在军舰的甲板上，用望远镜搜索着对手的踪影。他们断定波拿巴的动身时间就是这几日，目标估计是西西里岛。哪儿才能找到他呢？昨天，纳尔逊的舰队被风暴吹散，重新聚集起来需要几天时间。然而，正是这场风暴使波拿巴在土伦耽搁了一天，从而拯救了法国军队。他们赶在英军之前抵达马耳他，通过奇袭夺取了这个重要的岛屿。当猫赶到时，老鼠已经走了。纳尔逊赶到埃及，却没发现法军的踪影，因为他追过了头。在叙利亚，他依然一无所获。他匆匆赶到西西里岛，结果又扑了个空。“魔鬼有魔鬼的运气。”纳尔逊气急败坏，大骂自己和敌人。
在海上航行的四个星期里，为了预防晕船，波拿巴大多待在床上。这也是个比喻：一个晕船的统帅能战胜英国这个海上强国吗？这一次他算是侥幸逃脱了。因为心神不宁，睁着眼无法休息，他让布里昂为他朗读。
这支舰队不仅拥有两千门大炮，还几乎携带了一所大学：天文学家、几何学家、矿物学家、化学家、古董商、桥梁和道路专家、东方学家、国民经济学家、画家和诗人，总共一百七十五名平民学者，还有他们所带的数百箱仪器和书籍。波拿巴希望把神奇的东方的一切都研究透彻，以便给法国赢得一块殖民地，替自己树立非洲的威名。士兵们以海员的简洁风格称这些学者为“驴子们”，波拿巴则处处保护他们，如果发现有谁对这些“游手好闲的人”流露出不满，他会用目光和咒骂加以惩罚。这些学者是他亲自挑选出来的，他替他们此行的一切制订了具体的计划。他费了很大的周折向国家印刷厂要来了一套阿拉伯铅字，并亲自确定和筹备其他带往埃及的设备，特别是设在旗舰上的资料室。小说对军官们有益，但看到军官们在看小说时，他总是取笑他们。他自己依然只读《少年维特之烦恼》和莪相的作品，他喜欢那种激情。不过此次出门，他几乎还没碰过它们。
他要布里昂朗读的，是从各处，甚至包括罗马收集来的埃及游记，普鲁塔克、荷马的作品，阿利安的《亚历山大远征记》，以及与《圣经》和孟德斯鸠一起、顺理成章地归入政治类书籍的《古兰经》。
饭后，他喜欢举行“科学院”会议。他使用这个名称时带着玩笑的口气，但在讨论时他从不马虎：他亲自提出论题，并确定辩论的正反双方。他依然集计算家和幻想家于一体，数学和宗教是他喜欢的主题。参加讨论的有著名的数学家蒙日，他长着鹰钩鼻和厚实的下巴，已开始谢顶。好几年来，波拿巴对他比对别人更为器重。坐在蒙日旁边的是德塞将军，刚被波拿巴从莱茵方面军调来，长着大鼻子、厚嘴唇，一张和善的脸有点像黑人。从这两人的眼睛看，很难确定谁更聪明一些。克莱贝尔将军一副果断和无所畏惧的样子，他旁边的拉普拉斯严肃而艰难地从眼罩下抬眼打量别人，再旁边则是长着绵羊脑袋的化学家贝托莱。当克莱贝尔大骂几何学，其中一位学者准备替精神世界辩护时，波拿巴作了个“算了吧”的手势，并笑着指了指角落里拿着《少年维特之烦恼》睡着了的参谋长贝尔蒂埃。
天气很快变热，波拿巴常在甲板上躺到深夜，以享受夜晚的凉风。亲信们围坐在他身边，谈论其他星球上有没有生命的问题。不管是持肯定还是否定态度的，每个人都提出合理的理由。话题自然而然地转到万物的创造上。这些革命之子，伏尔泰的门徒，无论是教授还是将军，在有一点上是一致的：他们都认为万物是以高度理性的方式产生的，解释宇宙无须烦劳上帝，只需一位出色的自然科学家即可。波拿巴躺在那儿一言不发。突然，他抬起胳膊，指着天上的繁星说：
“你们爱怎么说就怎么说。可是，上面这些东西又是谁创造的呢？”