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康熙帝设置南书房，雍正帝发展而创立军机处，军机大臣每日晋见皇帝，面奉旨意，撰写上谕，发给朝内外有关衙门，尤其是督抚去执行。军机处的任务是撰拟并廷寄上谕，内容是告诫臣工，指授兵略，查核政事。而其撰拟，是在军机大臣面奉谕旨之后进行的。军机大臣的面见皇帝，是有议事权，然而只是参议性质，故而当过军机章京的赵翼在所著《檐曝杂记·军机处》中说，军机处“只供传述缮撰，而不能稍有赞画于其间”，即毫无决策权。另一位知情人王昶则在《春融堂集·军机处题名记》中谓军机处职司“知制诰之职”。唐代“知制诰”具有朝廷职官和“天子私人”双重性，即秘书性质，所以军机处成为皇帝的秘书处。军机大臣用亲信，不问出身，亲信不必是大官，不能同天子抗衡。
军机处的设立，与内阁并存，实际是夺了内阁的处理重要事务的权力，让它转归皇帝。军机处的“廷寄上谕”，比内阁的“明发上谕”重要，政治、军机重务脱离内阁，内阁的权力缩小，管理的是日常事务，因此内阁的票拟权根本起不到限制皇帝大权独揽的作用，相权不复存在，军机大臣、大学士成为事实上的“参谋长”“秘书长”。乾隆四十五年（1780）编修《历代职官表》，乾隆帝比较清代与历代官制，反对将大学士视同宰相，坚持皇帝专权。
清代自康熙朝开始，正式形成奏折制度，雍正朝扩大奏折书写成员和内容范围。地方大员和朝臣通过奏折向皇帝秘密报告政事，请求指示；奏折时或有奏报同寅、属员表现、民间状况的内容；甚至还有给皇帝请安，报告个人私事的。皇帝会对奏折中讨论的政事发出指示，或令其补充、修正意见，再行奏请。官员根据皇帝的批示，对所行之事，正式题本报请施行。新的政事，就在官员奏折和皇帝批示的往返中决定了。皇帝批复，用朱笔书写，所以奏折被称作“朱批奏折”。朱批奏折成为皇帝直接处理庶务的见证，奏折制度成为皇帝推行政策的工具，控制臣下的手段，是皇帝用一种文书制度强化其专断权力。
内阁所属的六科给事中，职司转发皇帝上谕政令，在转发前，认为谕旨有不当之处，可以提请皇帝再议，是为封驳权。这是传承明代六科制度，如同《明史·职官志》所说：“制敕宣行，大事复奏，小事署而颁之，有失，封还执奏。”六科直接隶属于内阁，可是自雍正朝开始，部分地改变其隶属体制，六科给事中归都察院管理。都察院考核给事中，并派遣其担任巡视京师五城、巡盐、巡漕等差，于是给事中与御史无别，不能“稽考庶政”，也就是不能专事封驳，只能“传达纶音”，成为颁发、保存政令（文书）之职场，实际上失去了封驳权。这种变更，使监察机构地位更其低落。唐代职司监察事务的门下省，与中书省、尚书省并立为三省之一，清代六科的改属，等于御史台与门下省合一，故称“台省合一”，乃轻重倒置，门下省的意味消失殆尽。
清朝的引见制度于顺治年间创立，康雍乾三朝不断完善。这是在四品以下、七品以上官员，一部分八品以下、未入流官员的任用、提升、调动、处分之际，由皇帝接见，予以勖勉和教导，认可他的任用或根据引见中的印象改变其任职。引见由皇帝亲自进行，可见这一制度的重要。引见地方微员知县，八品以下小京官、盐大使、库大使等微员，未仕荫生、进士、举人、贡生，范围很大，皇帝将这种任用权牢牢地掌握在手中，绝不放权。引见县令之类的小官，在前朝偶或发生，则被臣下认为是皇帝勤政的盛事，加以颂扬，而在清朝成为日常制度，固然表现出皇帝的勤政，却更体现皇权对微员任用的掌控程度的加大、加重。
文字狱频发而残酷，乃皇权神圣不可侵犯、高度集权之反映。乾隆朝御讳案是典型事件。乾隆二十二年（1757）致仕布政使彭家屏，因藏明季野史入狱，又加上家谱名曰《大彭统纪》，御名直书不避讳、不缺笔，等等罪名，赐死狱中。江苏赣榆县韦玉振为其父刻印行述，讲到乃父免收佃户田租，使用“赦”字来表达，家谱中又有“世表”字样，乾隆四十四年（1779）以僭用字样治以僭妄罪，杖一百，徒三年。“世表”用于给贵族、高官作史，民间不可用，真是等级森严。这类文字狱影响于民间家谱的写作。同治间常州姚氏修谱，谱例中特意举出韦玉振案，加以警惕，避免使用世表字样。清代文字狱之酷，历史上罕见。《四库全书》编辑过程中，毁禁、窜改图籍乃人所共知之事，不必多说。雍正帝干涉佛教内部教旨之争，禁毁禅宗内部汉月藏派佛书，是佛学领域的一种文字狱。文字狱的思想禁锢，是对明代中后期思想开放之反动，是历史的倒退。
当然，清朝也有节制皇权专断的微弱因素，就是天人感应之说。清朝皇帝以天心、民心自警自励，以“敬天法祖”为立国理政的基本观念，表示勤政爱民。皇帝读祖训，遵守祖宗家法，由于是少数民族入主中原，恒有危机感和忧患意识，实行固定农业税的国策，“滋生人丁永不加赋”政策，康熙、乾隆更行蠲免之策，以稳定农村社会。
以上从五个方面说明清代皇权的强化，关键是相权的消失。制衡皇权的相权，在中国历史上三度变化：秦汉是相权的黄金时代；唐代实行三省制，分散和削弱了相权；明代取消丞相制，实行内阁制，相权名义上已不复存在，但大学士票拟权仍有其遗意；清代军机处出现，再次分散“相权”，使得具有丞相意味的大学士、军机大臣可悲地落到秘书长、参谋长地位，从而造成皇权集中达到无以复加的程度。故而清代被视为皇权“登峰造极”时代，并且创造出奏折制、引见制，作为皇帝行施其权力的有效的新手段。
清代强化皇权，那么如何评价君主专制呢？
在古代有其积极意义，表现在集中财力、物力优势兴办大工程，如兴修水利，修运河、开驿道；尚武，拓边，巩固多民族国家。
君主专制的罪恶，明末清初人即给予猛烈批判。清初黄宗羲在《明夷待访录·原君》中认为，古来设立君主，本应为天下行公利，除公害，而君主却把天下变为个人的私产，为此不惜荼毒天下之生灵，遂成为天下之大害，成为独夫，君主之设，已失去原来的意义。他已然看到君主之害，具有制度性的严重性，不是个别君主的为人不肖问题。
君主专制的弊病在于：（甲）独裁统治下弊政不能清除。个人独裁，权力不受限制，容易产生弊政而不能自我调整，只有改朝换代，周而复始的历史循环。如赋役中的滥征耗羡是弊政，进行改革，实行耗羡归公和养廉银制度，但是以后又出现新的耗羡，这是人治社会的职官制度决定的，必然会有官吏贪赃枉法的现象，不可能根除。（乙）造成皇帝崇拜。君主专制政体下的皇帝，与传统社会的等级制相适应，使之成为第一等级，乃至使人视之为超等级的凌驾在等级之上的人、神之间的怪物，制造皇帝崇拜，即使民间造反，也是“只反贪官、不反皇帝”，为皇帝、皇权补台，所谓农民政权最终还是君主专制的皇帝政权。（丙）民人没有权力。没有近代的法制、人权、平等、自由、博爱，实行等级制度，限制社会流动、人身自由，压抑人性和人的创造力。总之，绝对的专制主义，无可救药的专制主义，它可行于古代、中古社会，而应为近现代社会彻底抛弃，彻底否定。
辛亥革命已经推翻了专制主义皇帝制度，然而清除皇权思想是非常困难的事情。社会上层不必说，民间的帝王崇拜心态，或者说情结，历久不衰，这种顽固性需要从上到下齐心合力去铲除、根除，需要根除人治，实现法治，实现民主政治，人们才能从两三千年皇帝崇拜文化的阴影中解脱出来。对这种帝王崇拜心态，笔者撰文《皇帝崇拜文化心态探究》，刊登在《广东社会科学》2008年第5期，有兴趣者可以参考。