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前述同政治运动、政府政策密切相关的清史研究，在一定的时间和场合遭到了强调学术研究的学者的抵制和批评，他们更多地从学术考虑对清史进行研究。他们的特点，大约有两个方面：一是强调学术性，反对政治功利性；二是进行有关清代的基本知识和制度文化的研究。
强调学术研究的学者，对清朝和清史持有应有的尊重态度，并且呼吁摒弃反清革命时期否定清朝历史的态度。这类学者以孟森的表现最为突出。他于抗战前在北京大学讲授清史，撰著《清史讲义》，开宗明义，肯定清朝是强盛王朝的历史地位，应予公正对待：（清朝）“自当占中国累朝史中较盛之一朝”，因此“不应故为贬抑，自失学者态度”。他进而针对抹杀清朝地位的研究者，批评道：“近日浅学之士，承革命时期之态度，对清或作仇敌之词。”
他希望用公正客观的态度研讨清史，革命时期的实用主义态度不足为训。有了这样的治学态度，才能终结反满的清史研究，取得新的成就。
这类清史学者的研究关注于清代历史的基本内容，主要是清朝的基本制度、重大事件、重要人物、与后世关系特别密切的事情，可以说是致力于有关清朝基础性知识的认知和传播。重要的清史专家研究重心，表现在下述方面：
孟森研究清史的内容，诚如商鸿逵所说：“大致可以分作两类：一、历史事实的论述，二、文献资料的考订。”
孟森在史实方面，试图明了清朝开国史、满洲族称、国号和八旗制度、太后下嫁、顺治出家、雍正继位三大疑案、科场案、字贯案、彭家屏收藏明季野史案等文字狱；在文献方面，他论述《四库全书》的编修与目的，清朝对有关明史特别是南明史民间著作的态度，清朝编写实录的作伪。孟森的著述内容，既注意到清代的基本史事，又是结合时事，即人们的关注点，如三大疑案考释，并非不顾事情，作脱离现实的考证。事情的关键之处不在这里，而是他尊重历史的态度，事情是什么样子，就争取还原其原貌，如他对清朝文字狱、篡改史书都是持批判态度，而对清朝的文治武功则予赞扬。这里要附带说一句，孟森的《明清史论著集刊》得以在1959年结集出版，《明清史讲义》梓刻于1981年，《明清史论著集刊续编》于1984年印行，均系商鸿逵整理，全部由中华书局发行，这得力于吴晗和中华书局负责人金灿然的提倡及支持。
须知1959年出版孟森的书是很不容易的。
萧一山的《清代通史》，对清史做出较全面的论述，基本制度、事件和人物都写到了。他认为历史内容中文化、政治、国民生计最重要，而文化在社会生活中占最高地位，并以此认识编排清史的内容。
陈垣，并非清史专家，其实他对清史是颇为留心的，明清内阁大库档案的整理，他是最初的指导者之一，并创造整理档案的原则——档案八法。他关于清史的论文，我们从《陈垣学术论文集》第二集来看，集中在文字狱和《四库全书》两方面，如《编纂四库全书始末》《四库撤出书原委》《书于文襄论四库全书手札后》，再如《钱名世轶事》《方孝标方苞轶事》等。此外，他对清初佛教史特加留意，著作《清朝僧诤记》（1934年）。
郑天挺的清史研究，早期的重点在制度方面，除前述的《清代皇室之氏族与血系》之外，有《满洲入关前后几种礼俗之变迁》《清代包衣制度与宦官》《清世祖入关前章奏程式》《多尔衮称皇父之臆测》《释“阿玛王”》《清史语解》《清代的八旗兵和绿营兵》等文，并汇集于《清史探微》一书；他在研究的后期关照于历史的解释，如作《清入关前满洲族的社会性质》《鸦片战争前清代社会的自然经济》《清代的幕府》，尤其是著《清史简述》，只有几万字的书，然而涵盖量较大，且有通贯的观点，指出清代史的六个特点。
谢国桢，侧重于对明末清初历史和文献的研讨，著述《明末清初的学风》《明清之际党社运动考》《南明史略》《清初流人开发东北史》和《增订南明史籍考》《清开国史料考》《清朝农民起义资料辑录》《明清笔记谈丛》等书，他瞩目于社会运动和文献学。
邓之诚在《中华二千年史》中给予清史大量篇幅，还著有《清诗纪事初编》。
罗尔纲，以研究太平天国史著名，作有《太平天国史纲》《太平天国考证集》《太平天国史料考释集》《太平天国金石录》，此外他对清代兵制的研究，成就显著，有《绿营兵志》《湘军新志》和《晚清兵志》行世。
王钟翰著《清史杂考》，已经出版四集，由“杂考”之名可知，他重在对史事的考订，在此基础上做出诠释。他运用满文资料进行研究，是一个特色。他发现关于抚远大将军允禵的史料，将雍正继位疑案的讨论引向深入。近著《满族礼尚往来与文化》（1996年）。
许大龄著《清代捐纳制度》一书，开辟清代政治史研究的一个领域。
作为思想史专家的杨向奎，对清代学术史亦有兴趣，撰著《清儒学案新编》（1985年）。
陈寅恪撰著中的《柳如是别传》《论再生缘》，是关于清史的名著。
上述各位学者，治史有一个特点，即释史之外，均重视对古文献的研究，不少人兼有专门的论著，所以他们的研究是建立在扎实的史料基础上的。
总起来说，孟森的《清史讲义》、萧一山的《清代通史》和郑天挺的《清史简述》三部通史，似为研治清史不可不参考之作。清朝灭亡后问世的概述性之作，内容重在政治史方面，且多偏见，学术价值不高，会被时间所淘汰。
20世纪80年代以来的清史研究，逐渐走向新方向，开辟新领域，研究者的目标锁定在：开启人们智慧，崇尚高尚生活情趣和高尚人格，希望使之成为智慧与塑造人之学问。