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前述信奉马克思主义的学者研究清史，在反帝使命感之外，还要推翻国民政府，而在中华人民共和国成立以后，又在毛泽东的继续革命理论指导下，强调历史就是阶级斗争史，因此在清史研究中，有着影射蒋介石、赞扬农民战争、提出厚今薄古为无产阶级专政服务的特点。
研究曾国藩。抗战时期，中国面临着国内两大势力的斗争和抗日战争两大难题，亦即传统的“安内攘外”问题，清朝历史上咸丰帝、曾国藩等碰到过这个问题，是先安内后攘外，还是反过来？范文澜于1943年出版《汉奸刽子手曾国藩的一生》（后来作为他的《中国近代史》附录），认为曾国藩“把外国侵略者当作救命王，把本国人们当作唯一的仇敌，假‘安内攘外’之名，行‘按内让外’之实，假尊孔复古之名，行亡国灭种之实，这正是曾国藩传给后来统治阶级的‘不朽’衣钵”
，用以影射蒋介石和国民政府。其时侯外庐在山西，对阎锡山“评论曾国藩，大骂蒋介石师承曾国藩，一样的卖国求荣，终将成为中国历史的千古罪人”
。都以研究曾国藩为名，反对蒋介石。
太平天国史与农民起义史研究。50年代初，恰值太平天国起义一百周年，纪念活动的开展，引起学者研讨太平天国史。范文澜撰文《金田起义一百周年纪念》，强调农民战争的历史意义，并在对比中贬低辛亥革命的价值：太平天国“破天荒提出消灭封建制度的土地纲领。它又不同于后来资产阶级所领导的旧民主主义革命，因为它敢于发动广大农民参加战争，而资产阶级则是不敢唤起民众。太平天国革命如果得到成功，资本主义将在中国顺利地发展起来，比之60年后的辛亥革命，成就要大得多。谁都知道，辛亥革命只是推翻了清朝统治，但不曾改变半封建半殖民地的社会性质”
。太平天国起义纪念稍后，毛泽东发起批评电影《武训传》，胡绳著文《为什么歌颂武训是资产阶级反动思想的表现》，认为武训是争取充当地主阶级奴才，破坏农民革命。
由此引发对与武训同时代、同地域的宋景诗农民起义的调查与研究。中华人民共和国的成立，是由农村包围城市取得胜利的，颂扬农民革命乃是说明政权正当性的一个方面，以太平天国百年纪念和批判《武训传》为契机，在史学界兴起农民战争史的研究，使它成为50年代史学研究的“五朵金花”之一。清代其他农民起义、暴动，以及少数民族反政府暴动，秘密结社、秘密宗教的活动与暴动，得到广泛的关注。至于太平天国史研究的相关著述，仅在中国社会科学出版社1984年出版的《1900—1980八十年来史学书目》中著录的就有195种，并以50年代出版的著作为最多。
资本主义萌芽与《红楼梦》研究。资本主义萌芽问题的讨论，也是“五朵金花”之一，它是二三十年代社会史大论战的延续，是研讨民主革命前的中国社会性质。《红楼梦》的研究也是肇始于毛泽东对胡适思想及胡适派的《红楼梦》研究的批判。而学术界将资本主义萌芽与《红楼梦》两事联系在一起，是探讨《红楼梦》的社会背景，是否是市民文学，是否有资本主义产生后的民主主义观念。“文化大革命”中《红楼梦》研究长盛不衰，亦因毛泽东把它当作政治历史小说，要人阅读五遍，笔者就是在这种情形下写出《封建社会的一面镜子——〈红楼梦〉》小册子。
资本主义萌芽的讨论，实际上是将社会形态与社会性质的大题目具体化，清史研究受其影响，讨论满族入关前的社会性质问题。
厚今薄古与加强近代史研究。1958年高举“三面红旗”之时，学术界紧跟革命形势，也要“大跃进”。陈伯达、范文澜号召史学界“厚今薄古”，后者发表《历史研究必须厚今薄古》一文，阐述学术与政治的关系，认为“厚今薄古与厚古薄今是两条路线的斗争”，厚今薄古的历史学，“主要是研究无产阶级领导革命的中国史，其次是资产阶级领导旧民主革命的中国史”。
事情被提到两条路线斗争的高度。厚今薄古的延续，在“文化大革命”中达到登峰造极的地步，史学研究只剩下四种内容，即中共党史、中国革命史、中国农民战争史和世界共产主义运动史。
肯定清朝的历史贡献。对于清朝的历史，历来多是批判的，难得给予积极方面的评价。60年代初听传达：毛泽东说，对于中国，满族的到来是阔姑娘下嫁；我们现在吃的是乾隆的饭。这是从国家现有疆域出发的认识，感到清朝有奠定国家版图之功。其时，刘大年在《历史研究》杂志发表《论康熙》长文，比较全面地评价康熙帝，肯定他的平定三藩，统一台湾，三征噶尔丹，驱逐在西藏的准噶尔势力，与俄国签订《尼布楚条约》，等等功业，使中国成为疆域辽阔、民族众多的强大而统一的国家。