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20世纪上半叶和50年代前期，有成就的学者大多是诚挚的爱国主义者，他们生活的那个时代，正是中华民族观念和民族国家的一个新的发展时期，人们以争取祖国的独立富强为己任。他们的学术研究有着强烈的使命感，诚如文字学家黄侃的治学为“存种姓，卫国族”
那样，反对帝国主义对中国的侵略，并通过自身的特长使用文字表达出来。
国人耻于外国人先于我研究清史，如1915年出版的稻叶君山著《清朝通史》，刺激国人研讨清史，萧一山之下功夫写作《清代通史》，为的是不为外人耻笑，在清史研究的学术水平上与外人争高低，为国家增光。学界有共同认识，侵略者欲亡其国，必先亡其历史，故应加强国史之研究。
九一八事变以后，反对日本侵略和制造“满洲国”，以及后来出现之华北、南京敌伪政权，激发了学者的爱国反侵略意识与加强清史研究的自觉性。最早组织明清档案整理的朱希祖，为“借历史以明国家之绵延，鼓励民族之复兴”，撰著《伪齐录辑补》《伪齐国志长编》，致力于抨击伪政权。在清史研究方面，学者自觉反对侵略者谬论，进行满洲与中国关系史研究。郑天挺于抗战中写作《清代皇族之氏族与血系》，指明满族只是部族称谓，不是地名，更不是国名，清朝皇室融合了满、蒙、汉族的血统，新血素的参入，对清初的武功奋张、文化调融，均有益处。
学术界反对日本侵略的同时，清史研究者对西方帝国主义侵略的国耻史同样关注，写出很多作品。如果从1915年国文书局出版的《国耻史》算起，到1980年的《帝国主义与中国铁路》，将沙皇俄国侵华史著作除外，有110多种。这些书的出版大多在20年代后期至50年代前期，内容上遍及各个帝国主义，而在40年代、50年代之交，专门抨击美帝国主义的尤多，其中出现在1947年至1952年的多达25部，对中美《望厦条约》的研究盖过了对第一个不平等条约——中英《南京条约》的关注。
谴责帝国主义侵略的有名著作有：
蒋廷黻的《中国近代史》《最近三百年东北外患史》；
郭廷以的《近代中国史》《近代中国史事日志》；
范文澜的《中国近代史》；
胡绳的《帝国主义与中国政治》《从鸦片战争到五四运动》；
刘大年的《美国侵华史》。
富有忧患意识与历史使命感的学者，不仅是揭露帝国主义的侵华罪行，更在寻找救国之道，一部分学者，如蒋廷黻等，以民主主义意识检讨中国内政，总结历史经验，倡导改革，争取国家独立富强；另一部分学者，如范文澜等，信仰马克思主义，总结中国近代史经验，主张革命挽救中国。
在研究帝国主义侵华史中，人们提出以鸦片战争的历史影响作为划分中国历史的分期法，即鸦片战争改变清代中国面貌，在那以前中国历史为古代史，此后为近代史。蒋廷黻、毛泽东、范文澜等倡导这种历史分期方法。这种分期法充分认识到外国侵略对中国历史发展的影响，将鸦片战争作为中国近代历史的开端，有着学术价值，但是清史被分为古代与近代两大部分，使得对清朝通史的研究难于进行。
以反帝为使命的清史研究，与20年代以前的反对清朝的民族主义不同，是新的民族主义史学，在满洲与中国关系问题上，由世纪初的强调差异、矛盾斗争，进到认识两者之间的共同性，令对清朝历史的准确认识大有进展。