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对账簿、凭证的管理，主要是检查纳税人账簿设置是否规范，账簿凭证保管是否符合要求，税控系统是否合法。对账簿、凭证的管理就是全面、系统地对纳税人的经济活动进行管理。
纳税人、扣缴义务人应当按照有关法律、行政法规和国务院财政、税务主管部门的规定设置账簿，根据合法、有效的凭证记账，进行核算。
从事生产、经营的纳税人应当自领取营业执照或者发生纳税义务之日起15日内，按照国家有关规定设置账簿。
生产、经营规模小又确实无建账能力的纳税人，可以聘请经批准从事会计代理记账业务的专业机构或者经税务机关认可的财会人员代为建账和办理账务；聘请上述机构或者人员有实际困难的，经县以上税务机关批准，可以按照税务机关的规定，建立收支凭证粘贴簿、进货销货登记簿或者使用税控装置。
扣缴义务人应当自税收法律、行政法规规定的扣缴义务发生之日起10日内，按照所代扣、代收的税种，分别设置代扣代缴、代收代缴税款账簿。
纳税人、扣缴义务人会计制度健全，能够通过计算机正确、完整地计算其收入和所得或者代扣代缴、代收代缴税款情况的，其计算机输出的完整的书面会计记录，可视同会计账簿。
纳税人、扣缴义务人会计制度不健全，不能通过计算机正确、完整地计算其收入和所得或者代扣代缴、代收代缴税款情况的，应当建立总账及与纳税或者代扣代缴、代收代缴税款有关的其他账簿。
从事生产、经营的纳税人、扣缴义务人必须按照国务院财政、税务主管部门规定的保管期限保管账簿、记账凭证、完税凭证及其他有关资料。除法律、行政法规另有规定外，账簿、会计凭证、报表、完税凭证及其他有关纳税资料应当保存10年。
纳税人、扣缴义务人不得伪造、变造或者擅自销毁账簿、记账凭证、完税凭证及其他有关资料。
增值税防伪税控系统是运用数字密码和电子存储技术，强化增值税专用发票防伪功能，实现对增值税一般纳税人税源监控的计算机管理系统。该系统是国家为加强增值税的征收管理，提高纳税人依法纳税的自觉性，及时发现和查处增值税偷、骗税行为而实施的国家金税工程的主要组成部分。防伪税控系统的推广应用由国家税务总局统一领导，省级以下税务机关逐级组织实施。
各级税务机关货物劳务税业务管理部门负责防伪税控系统推行应用的组织及日常管理工作，计算机技术管理部门提供技术支持；主管税务机关根据防伪税控系统推行计划确定纳入防伪税控系统管理的企业。
防伪税控企业认定登记事项发生变化，应到主管税务机关办理变更认定登记手续。
纳税人可自愿选择使用航天信息股份有限公司或国家信息安全工程技术研究中心生产的增值税税控系统专用设备；纳税人可自愿选择具备服务资格的维护服务单位进行服务。服务单位对航天信息或国家信息安全中心生产的专用设备均可以进行维护服务。
服务单位开展的增值税税控系统操作培训应遵循使用单位自愿的原则，严禁收费培训，严禁强行培训，严禁强行搭售通用设备、软件或其他商品。
税务机关应做好专用设备销售价格和技术维护价格的收费标准、增值税税控系统通用设备基本配置标准等相关事项的公示工作，以便接受纳税人监督。
凡经税务机关认定，取得增值税一般纳税人资格的企业必须按照当地税务机关的统一要求，逐步纳入税控系统管理。纳税人应当按照规定安装、使用税控装置，不得损毁或者擅自改动税控装置。
纳税人应当按照税务机关的要求安装、使用税控装置，纳入税控系统管理的企业，必须通过该系统开具专用发票，并按照税务机关的规定报送有关数据和资料。