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除了冲突之外，宗族、会馆、堂和行会之间存在着复杂的交往关系，如前面提到的它们的成员经常相互重叠，经常从事同一生意，因此它们经常合作以避免伤害自己和更有力地控制华人社会。在早期阶段，会馆禁止堂的成员参与地方事务，甚至借助城市警察的帮助来压制堂。然而到1870年代，堂已经成为有地位的组织；与此同时，会馆也开始参与一些非法活动。因此堂和会馆的界限有时已难以划分。
这些组织并不能总是通过竞争来达到它们对华人社区控制的目的，因此开始谋求合作。在这个过程中，中华会馆起了重要作用。中华会馆是一个超级社区组织，由宗族集团、会馆、堂和行会共建，
其基本功能是为唐人街提供一个管理机构。然而，在整个19世纪的后几十年，中华会馆并没有成功地对中国人的非法活动进行限制，也未能阻止华人社区的堂战。
在华人社区，全部商店和餐馆必须每月付给中华会馆占地费，这个费用从50美分到2美元不等。此外，若由中华会馆出面解决纠纷，还另外收费。在中华会馆管辖下的中国人离境回国时，都必须付3美元离境费。为收取这个费用，任何商店、组织、餐馆、洗衣房或个人为任何人购买火车票和轮船票都必须向中华会馆报告，否则当事者将会被罚款10美元。那些离开纽约回国而没有付离境费的将可能在任何口岸或火车站被截住而罚款30美元。
那些准备回国的中国人在旧金山等候轮船时，像他们初次入境时一样都会住唐人街，这样在他们离开前也必须付费。
中华会馆还保护商店、餐馆和其他生意，防止他人“入侵”。在生意开张或买卖洗衣房和餐馆前，买卖双方都必须报告中华会馆，以确定买卖日期和公之于众，否则，买卖将不被中华会馆所承认。同样，在未得到中华会馆同意前，任何华人不得开洗衣房和餐馆。任何违反这个规定者都将被罚500美元。这样，几乎全部中国商店和餐馆都在中华会馆的控制之下。那些想承租一个华人所有的店铺的人必须付一笔所谓的财产底金，因而许多人宁愿去租非华人的店铺。显然，这个制度妨碍了华人生意的自由流动。
在不同的城市中华会馆可能有不同的名字，它们彼此是独立的。不过，旧金山的“华人六公司”（The Chinese Six Companies，又称“金山六大会馆”）自认为是全美各地华人的代表，是各地中华会馆的正式总部。
华人六公司建于南北战争之前，由来自广州附近六个地区（肇庆、合和、阳和、冈州、三邑和人和）的移民组成。在那时的旧金山有许多大大小小的组织保护其成员的利益，但华人六公司却承担着保护全体华人的使命。
纽约的中华会馆建于1884年，以“中外公所”的名字向清政府注册。1890年又以“纽约中华公所”名称向纽约州政府注册。
虽然在英文名称中有“慈善”之义，但它并不是一个单纯的慈善组织，而是华人社区的管理机构。并非全体在纽约的中国人都有权投票选举公所职员，其职员仅从两个最大的组织中选择，只有那些属于这两个会馆的华商有权投票。公所每两年选举一次，总理、中文秘书、英文秘书和办事员这四个主要职位由这两个会馆的成员轮流担任。
在河谷城的中华会馆由若干宗族和堂组成，它资助各种有关华人社区的社会和政治活动，建立了文庙、华人墓地和中文学校，以当地整个华人社区发言人的姿态出现。
中华会馆也是华人向美国官方交涉的最主要的渠道。在旧金山，华人六公司多年来是代表华人社区发言的主要组织。当旧金山城市官员试图征询华人社区意见时，他们通常都与华人六公司联系。华人六公司雇有帮助华人、华人生意和华人组织的律师。
特别是在排华风潮下，作为华人社区的保护人，华人六公司更为重要。如该组织努力争取对华人的平等待遇。1900年，旧金山公共卫生部怀疑唐人街暴发鼠疫，令任何中国人离开这个地区前必须首先进行防疫处理，遭到中国人的反对。华人六公司雇了若干医生检查唐人街以后，并未发现任何鼠疫迹象，同时又雇了美国律师到地方法院打官司并取得了胜利。
1905年，反排华风潮在中美两国爆发，在中国的商人、学生、劳工和在美国的华人移民掀起抵制美货运动。华人六公司予以支持并为运动捐款，还建立了一个名为“反约会”的特别组织。
虽然运动没有达到目的，但它显示了华人组织已开始由内部纷争转向对外争取华人的地位平等。之后中华会馆又为改变中国移民在一般美国人心中的形象而做出极大的努力。长期以来，唐人街对外界来说是一个神秘莫测的地方，报纸杂志也热衷于渲染那里的鸦片、赌博和娼妓，这在整体上严重歪曲了华人形象。中华会馆便经常代表华人社会出面，就侮辱华人事件向有关方面交涉，以正视听。
由于中华会馆的成员为各华人组织的代表，因此它在理论上能控制华人社区的全部活动。在各个堂之间和堂与其他组织之间，它还扮演着一个中立角色，掌握着一种准司法权。
它能代表华人社区与白人社会打交道，在中国派驻美外交官之前，它又起着中国人与美国官方的中介的作用。这样，中国人基本依靠他们自己的组织和社区以生存和自我保护。结果，“在一个开放的社会中，美国的华人社区不像一个移民聚居点，倒像一个殖民属地”。唐人街的首领俨然一个城市官员，他们被美国城市政府所默认。
那时，由于华人社区组织已变得很强大，“美国法庭根本不管中国事务”。
只要不发生严重暴力，城市警察也宁愿让华人去解决他们自己的纠纷。中华会馆成为在美国城市中享有高度自治权的管理机构，甚至成为非正式的司法机构以解决华人社区内的民事和刑事纠纷。