公司章程在公司法结构以及适用法上的地位,是公司法理学中值得探讨的一个问题。我国2005年公司法强化了公司自治,对规范公司章程的条款作了重大修正。尤其是在触及传统公司法基本原则、基本理念方面,对原有公司法规范所作的修改是否意味着公司法体系、结构已经发生变革,值得深思。2005年公司法在有限责任公司股东表决权、股权转让、股权继承、股份有限公司利润分配等方面规定了公司章程“另有规定的,从其规定”,从而排除公司法条款的适用,把公司自治或者说股东意思自治的领域扩展到了股东固有权部分,在很大程度上冲击了传统公司法中如股权平等、由资本决定表决权等刚性原则。这样,所谓公司章程“另有规定”,究竟改变了什么,是实践中的公司法应当认真检讨的问题,需要作出理论上的回答。与1993年公司法相比,2005年公司法使公司章程从训示性的特质走向了实践性的品格,使一个具有内在价值的体系存在于公司法规范中,因此,公司章程“另有规定”已大大超出了一般法律文本的意义,具有丰富的法学内涵。毋庸讳言,公司章程“另有规定的,从其规定”这一法条,已经衍生了本文以下着重讨论的问题,这些问题虽然不会从根本上动摇公司法的法理基础,但足以引发公司法体系优美而不正确之疑问。