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在人类文明的早期，人们以为各种植物和动物都已经是固定不变的了，每一个物种都被创造成了它们现在的样子。随着人们逐渐发现和研究岩石的记录，这种观点被怀疑所取代。人们怀疑许多物种在漫长的时间中发生了变化和发展，这一观点发展成了生物进化论。生物进化论认为，地球上的所有物种，无论是动物还是植物，都是由一些非常简单的、几乎没有结构的原始生命形式在没有生命的海洋里经过漫长而连续的过程演变而来的。
生物进化论的问题和地球的年龄问题一样，在过去曾是一个饱受争议的话题。曾有一段时期，因为某些莫名的原因，有的人认为相信生物进化论就是违背了正统的基督教、犹太教和伊斯兰教义。那个时期已经结束了，最正统的天主教、新教、犹太教和伊斯兰教信徒如今也能自由地接受这一有关所有生命的共同起源的开放的新观点。似乎没有一种生命是忽然降临在地球上的。生命在过去和现在一直在进化中。斗转星移，在迷失想象力的时间深渊中，生命从海水的搅动中向着自由、力量与自主意识发展。
生命是由个体组成的，这些个体是确定的事物，它们不是一堆非生命物质的集合，甚至不是无限静止的结晶体，它们拥有所有非生命物质都不具有的两个特点：它们能够吸收其他物质，把它们化为自身的一部分；它们可以进行繁殖，能产生与自身很像，但又总是有不同之处的新个体。一个个体与它的后代之间存在着特殊的家族共性，并且每一个亲本和它的后代之间都有独特的不同之处。这些特点存在于每一个物种的每一个生命阶段。
现在，科学家们无法解释后代为何应该与亲代相似或有所不同。人们观察到，后代并非立即表现出与亲代的性状相似或不同，如果一个物种的生存条件发生改变，那么这个物种将经历相关的变化，这与其说是科学知识，不如说是常识。因为在这个物种的任何一代里，一定会出现这样的情况：部分个体的差异性令它们更加适应新的生存环境，当然也会有部分个体的差异性令它们更难生存下去。整体而言前者将比后者生存得更久，诞生更多后代，更有效地繁衍生息，因此经过一代又一代之后，平均来看这一物种将向有利的方向改变。这一过程被称作“自然选择”，与其说是科学理论，不如说是由繁殖和个体差异性推理出的结论。改变、毁灭和保存物种的力量也许有很多种，这些力量或许是科学界仍然未知的或不确定的，但是否认生命是从最初开始就进行着自然选择的人，要么是缺乏生命的基本常识，要么无法正常思考。
很多科学家曾推测过生命的起源，他们的推测十分有趣。然而对于生命的起源，绝对不存在确定的知识，也还没有令人信服的猜测。不过，几乎所有的专家都认同生命很可能起源于阳光照射下的温暖的浅海中的泥土或沙子中，之后沿着沙滩蔓延到潮间带并进入外海。
早期的大海中充满了强劲的潮汐潮流，生存条件恶劣。个体生命不断经历着毁灭，不是被冲上岸边干涸而死，就是被卷入海底失去空气和阳光而死。早期的外界环境有利于生物向着生根并自我固定或者形成外壳的方向发展，从而保护个体不至于立即遭遇毁灭。从最早期开始，任何对味觉的敏感性的倾向会将个体引向食物，任何对光的敏感性会帮助个体冲出黑暗的深海、洞穴或者回避危险的浅海中的强光。
早期生物形成的贝壳和外壳很可能是为了抵抗干燥而不是防御活的敌人，然而牙齿和爪子很早便在地球生物历史中出现了。
我们已经注意到了早期水蝎的尺寸。这些生物在漫长的时间里曾是生命的最高主宰。很多地质学家认为在五亿年前的志留纪古生代岩石中，出现了一种新的生物，它拥有整体力量更为强大的眼睛、牙齿和游泳能力。这是人类发现的最早的脊椎动物，最早的鱼类。
这些鱼类在下一时期的岩石——泥盆系岩石中大幅增加。它们的分布之广泛使得这一时期的岩石记录被称为鱼类的年代。某种模式的鱼类从地球上消失了，与现在的鲨鱼和鲟鱼同属一类的鱼类在水里冲刺，跃入空中，进食海草，相互追逐捕食，为水下世界注入了新的活力。以今天的标准来看，这些鱼类的体型都不是很大，很少超过两三英尺长，但其中也有长达20英尺的例外。
关于这些鱼类的祖先，地质学一无所获。它们似乎与之前存在的品种没有亲缘关系。通过研究这些鱼类现存后代的鱼卵以及通过其他的一些途径，动物学家对于它们的血统提出了一个有趣的观点。他们认为这些脊椎动物的祖先是软体动物，并且可能是体型很小的水生动物。首先它们开始在嘴部发展出坚硬的牙齿。鳐科或角鲨的牙齿覆盖着口腔的上下两侧，通过嘴唇与几乎覆盖全身的齿状扁平鱼鳞相连。在地质记录中我们发现，随着鱼类发展出这些齿状鱼鳞，它们得以游出黑暗的藏身地，从而得见天日，成为有史以来最早的脊椎动物。