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我们已经提到了亚述是如何在提格拉特帕拉沙尔三世和篡位者萨尔贡二世的统治下获得强大的军事力量的。萨尔贡不是他的本名，为了迎合巴比伦人，他沿用了两千年前的阿卡德帝国创始人萨尔贡一世的名字。巴比伦虽然已被征服，却仍然比尼尼微拥有更多的人口和更大的影响力。巴比伦供奉的神灵马尔杜克，以及商人和祭司们都得到征服者的尊重。公元前8世纪的美索不达米亚早已抛弃了野蛮时代的作风，战败的城市不再遭受劫掠和屠杀。征服者们采用怀柔政策以争取民心。新亚述帝国在萨尔贡之后延续了一个半世纪，亚述巴尼帕（萨丹纳帕露斯）至少控制着下埃及
。
然而亚述帝国的实力和凝聚力迅速衰退。在法老萨姆提克一世的带领下埃及人奋力反抗，推翻了异族统治者。尼科二世对叙利亚发动了战争。当时亚述正在与邻国交战，并且处于劣势。来自美索不达米亚东南部的一个闪米特族部落——迦勒底人联合雅利安米提亚人和东北的波斯人共同对抗尼尼微，并于公元前606年占领了这座城市。至此我们终于开始了确切的纪年。
亚述的领土被瓜分。在基亚克萨雷斯的统治下，北部建立起米底王国。王国包含了尼尼微城，首都是埃克巴坦那。王国东至印度边境。在它的南边是一个新建立的迦勒底王国即巴比伦第二帝国，它的国土呈新月形，在尼布甲尼撒大帝（《圣经》中记载的尼布甲尼撒）的治理下达到了高度的繁荣和强大。巴比伦最大的也是最终的繁盛时期开始了。米底王国和巴比伦第二王国维持了一段时间的和平状态，尼布甲尼撒的女儿嫁给了基亚克萨雷斯。
与此同时，尼科二世在对叙利亚的进攻中占据着上风。公元前608年，尼科二世在美吉多之战中打败并杀死了犹太国王约西亚，如今我们对这个小国有了更多的了解。尼科二世乘胜进军幼发拉底流域，在那里他面对的不是颓废的亚述王国，而是新生的巴比伦王国。迦勒底人与埃及人展开了激烈的交战。尼科的军队被击溃，他不得不退回埃及，巴比伦的疆域拓展到了古埃及边境。
公元前606—公元前539年，巴比伦第二王国一边与北方强大的米底王国维持着表面的和平，一边发展壮大。在这67年间除了人口显著增长，这座古城的文化事业也得到了发展。
早在亚述君主的统治时期，尤其是萨丹纳帕露斯时期，巴比伦已经拥有丰富的文化活动。萨丹纳帕露斯虽然是亚述人，却受到巴比伦文化的深刻影响。他建立了图书馆，馆内收藏的不是纸质书籍而是早期苏美尔人所使用的泥板。他的藏书被挖掘出来，成为最珍贵的史料。最后一任迦勒底君主那波尼德甚至更加热衷于文学。他资助了古文物的研究，当研究者们查明了萨尔贡一世的即位时间时，他曾刻下铭文作为纪念。他的帝国出现了很多分裂的迹象，为了强化中央集权，他在巴比伦建立了很多供奉各地神灵的庙宇。这一措施在后来的罗马人那里取得了很好的效果，然而在巴比伦却引发了供奉马杜克的强大的祭司群体的嫉妒。他们希望由统治者临近的米底王国的波斯王塞勒斯取代那波尼德的统治。塞勒斯由于战胜了小亚细亚东部富饶的吕底亚的克里萨斯王而声名远扬。他开始进攻巴比伦。公元前538年，塞勒斯率军来到巴比伦城外，城门向他敞开，他的士兵没有遭遇任何抵抗便进入了城内。据《圣经》记载，那波尼德的继任者伯沙撒正在举行宴会，忽然出现一只手，用火焰在墙上写下一行神秘的文字：“弥尼，弥尼，提克勒，乌法珥新。”先知但以理解释道：“上帝已经定下了时限，你的王国气数已尽，你在天平上的分量不足，你的王国被分给了米底人和波斯人。”供奉马杜克的祭司们或许知道墙上的字是怎么回事。《圣经》中提到伯沙撒当晚被杀。那波尼德被俘虏，塞勒斯对巴比伦的占领十分顺利，对马杜克的供奉毫无间断地进行着。
于是巴比伦帝国和米底帝国合二为一。塞勒斯的儿子冈比西斯征服了埃及。后来冈比西斯发了疯，意外被杀害，并由大流士一世继位。他的父亲西斯塔斯普曾是塞鲁斯的主要谋士。
大流士一世治理下的波斯帝国是旧文明世界里的第一个雅利安帝国，也是当时最伟大的帝国。它囊括了小亚细亚和叙利亚全境、亚述帝国和巴比伦帝国全境、埃及、高加索和里海地区、美地亚、波斯，一直延伸到印度河。马匹、骑士、战车与道路的修建使得如此庞大的帝国得以建立。在当时，驴、牛和沙漠里的骆驼是最快捷的交通工具。波斯的统治者为了巩固统治，下令修建主干道路，并随时为帝国信使和有官方许可的旅行者准备好马匹。此外，货币开始流通，极大地促进了贸易的发展和交流。但波斯帝国的首都不再是巴比伦。马杜克祭司们的叛国行为并没有为自己带来长远的利益。巴比伦仍然占据着重要的地位，却正在走向衰败。新帝国的重要城市是波斯波利斯、苏萨和埃克巴坦那，首都是苏萨。尼尼微已经变成了废墟。