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《伤寒论》以临床纪实、理论联系实践的方式，分别以表、半表半里、里来划分病位，以阴阳来分病性。根据病的病位与病性之不同，又以太阳病、少阳病、阳明病、太阴病、少阴病、厥阴病概括了疾病的临床过程，创立了汤方辨证，成为古今中医遵循的法则，使药物治疗在以后的医学发展中逐渐显现出来。《伤寒论》的功绩如下：
（1）《伤寒论》所保存的方剂虽然不多，但是其中大部分方剂经过了长期的临床实践，证明其有确实的疗效。这不仅是临床应用上的宝贵遗产，而且也是古今中医处方用药的理论基础，也是研究中医学的宝贵资料。
（2）在辨证分类上，纲举目张，既没有藏象辨证的繁琐性，又没有卫气营血辨证的模糊性。《伤寒论》分类清晰，论治严谨，风格朴实，毫无《内经》中存在的那种浮辞与空论，是医籍中的楷模（详见贾得道编的《新医学史》）。
（3）在诊断疾病方面，确立了脉证并重的原则，每篇都冠以“××病脉证并治”，其中没有后人所谓的“六经辨证”与“藏象辨证”。这较《内经》中的脉证分离的辨证方法有了显著的进步。
（4）在治疗学方面，《伤寒论》中的六病之法，包括了后代治则分类的八法（汗、下、吐、温、清、补、消、和）。因此，《伤寒论》中的全面治则规范，直至今天在中医治则中仍无原则性的突破，诚为千古中医之典律。
（5）在用药上，《伤寒论》非常精炼，全书仅用80余味药，无后代一些医家大量药味的堆砌。
《伤寒论》从辨证、论治到选药都非常严谨，至今为医家所崇拜。另外，从文献记载看，虽然武威出土的文献记载有汉代应用中药的情况，但没有形成系统，也没有以明确的名称使方剂形成定式。从《伤寒论》始，不仅有了方剂名称，而且以方剂的名称将病也相对固定下来，成为辨证论治的基石。如桂枝汤是方剂的名称，而桂枝证则是代表病证的，是此类病的规律性总结，使实践的感性认识上升为理性，具有了普遍的指导意义。
总之，《伤寒论》是张仲景使《内经》理论与他的临床实践更具体地结合在一起，奠定了汤方辨证的医学理论基础，是至今仍光彩耀目的医学专著。
《伤寒论》是否有缺点与错误呢？当然有。我们研究历史，只能从遗留给我们的历史文献资料和历史文物中进行分析研究，决不能毫无根据地进行臆想与猜测。
现存《伤寒论》的版本，一般都认为宋代林亿、高保衡的版本为好，但此版本也大致存在下列的不足。
（1）病的定义有的不够完整，即六病的首条所谓的“……之为病”有的不能完全概括本类病的本质。如326条“厥阴之为病，消渴，气上撞心，心中疼热，饥而不欲食，食则吐蛔，下之利不止”，就没有厥阴病的典型症——手足逆冷。这条本为一个肠虫证的临床表现，治则也非为回阳救逆，而是一个寒热药同用的乌梅丸，因此不足以为厥阴之纲。其他也有类似之处。
（2）六病归类出现了混乱的情况，如“太阳病篇”成为各种方证均有的混合篇，有瓜蒂散证、白虎汤证、承气汤证等，失去了归类的科学性与严密性。
（3）有些方面的记载欠妥，如9条“太阳病，欲解时，从巳至未上”等不符合临床实际的东西。另外，文字记载也有错、漏等情况。
尽管由于历史原因，《伤寒论》有上述不足之处，但它毕竟是中医书籍的经典，就辨证论治大法而言，后人实无能过之者。所以张仲景被人奉为“医圣”，古今医家均称之为良师。
我想把系统论的思想引入《伤寒论》来分析，初步认为《伤寒论》是一部简明的疾病学系统论。《伤寒论》是一个大系统，各病篇是子系统，各病篇的具体方证又是下一级子系统，有明显的层次性和等级性，有明确的从属关系。病与证，是中医和中西医结合工作者经常提及的问题，至今无有公认的标准。《伤寒论》中的病与证是怎样的呢？现将《伤寒论》中病与证的概念及分类的情况简单分析如下。
太阳病篇的首条，也是《伤寒论》全书之首条，仲景将太阳病给以明确的定义，使太阳病的概念有了十分清楚的范畴。这就是：“太阳之为病，脉浮，头项强痛而恶寒。”此三症代表太阳病类各证的共性。因此，在提及太阳病时，应有此三症出现，否则违背了仲景给太阳病确定的分类标准。在太阳病篇中，属太阳病范畴的证有好多类，如桂枝汤证、麻黄汤证、葛根汤证、大青龙汤证和小青龙汤证等。太阳篇共计方证74个。另外，有些证不应属太阳病类，如白虎汤证及小柴胡汤证等。
《伤寒论》180条：“阳明之为病，胃家实是也。”这条是说明了阳明病的共性是“胃家实”。“胃家”是指整个胃肠系统，“实”是实有其物，即指痰、水、血、食。因此，阳明病治疗原则以下法或吐法为其治疗大法，取“实者泻之”之理。“胃家实”是阳明病本质，其各证的表现尽管不同，但治则相同。如大承气汤证、小承气汤证、调胃承气汤证、麻仁丸证、蜜煎导证、抵当汤证、大陷胸汤证、桃仁承气汤证和十枣汤证等，都属阳明病。阳明病篇共有方证19个，其中有些方证不应属阳明病篇，如四逆汤证、桂枝汤证和小柴胡汤证等。
《伤寒论》中少阳病的条文较少，仅讲了少阳病的概念：“少阳之为病，口苦、咽干、目眩也。”此篇中无少阳病的治则和方剂，中医界多以小柴胡汤作为少阳病篇的主要方剂，因此和法成了少阳病的治疗大法。但从“口苦、咽干、目眩”的症状看，少阳病应属于阳性病，不宜用和法。因为和法是调和阴阳，和解表里，用于阴阳共见之证，此处无和解之证，更不用和解之方──小柴胡汤，当以寒凉之剂清之。少阳病篇是《伤寒论》中缺憾最大的一篇，竟无代表性一法一方，更谈不上具体的辨证，给后人研究应用带来了很大的困难，因此也是众说纷纭最多的一篇。
在临床工作中，少阳病是最常见的一类病。太阳病多为阳病之初，阳明病又为阳病之极，那么太阳病和阳明病之间的阳性病当为少阳病。在三阳病的治则中，太阳病为汗法，阳明病为下法和吐法，少阳病当为清法。明清时代温病学家的出现和兴起，清法的大量应用正是填补了这块空白。从《伤寒论》的全文看，少阳病的证与方剂也很多，如白虎汤证、栀子豉汤证、猪苓汤证及黄连阿胶汤证等，都应属少阳病范畴，只是现行《伤寒论》书中的分类出现了错误，致使少阳病篇缺少了具体有代表性的证与方。由此可见，少阳病的治则和方剂是散见于其他篇中的。
“太阴之为病，腹满而吐，食不下，自利益甚，时腹自痛，若下之，必胸下结硬”，这是《伤寒论》对太阴病共性的描述，同时也指出了应用下法是太阴病之大忌，是错误治则。太阴病是里部阴性病，“胃气弱”是太阴病的普遍特征，因此，应用温补之法才是太阴病的正确治则。本篇列的三个方剂──桂枝汤、桂枝加芍药汤和桂枝加大黄汤均非太阴病的适宜方剂，是桂枝汤证的变证的方剂。而应以理中丸、吴茱萸汤、五苓散等为太阴病的正确方剂，这些方证才是太阴病的真正同类证。
《伤寒论》对少阴病的概念是：“少阴之为病，脉微细，但欲眠也。”少阴病是因心脏机能不足引起的阴性疾病，多数医家认为少阴病就是心病，持此说者如章太炎等，因此治疗少阴病的原则是补气强心，多以参附作为组方的主药。少阴病是临床常见之证，远非《伤寒论》中简单的“脉微细、但欲眠也”，凡心动悸、脉弱、促、结或体乏易倦之人，均属少阴病。少阴病还是临床比较容易出现死亡的病证之一，因此仲景在少阴病篇中，较详细地讨论了少阴病可能出现“死”的临床表现，对“可治”“难治”“不治”等证也予以描述。西医学的冠心病、心力衰竭、心律失常等病证，都属少阴病辨证范畴。少阴病篇共有方证19个，如附子汤证、真武汤证是代表性方剂。另外，也有不合其类者，如猪苓汤证、吴茱萸汤证等。
厥阴病是阴性病中病情最严重的一种类型，病人常是处在危急之中，然而在《伤寒论》中厥阴病篇是这样描述的：“厥阴之为病，消渴，气上撞心，心中疼热，饥而不欲食，食则吐蛔，下之，利不止。”这是一个肠虫证的表现，没有厥阴病的临床表现──手足厥冷和脉微欲绝。因此本条不能作为厥阴病的纲领。而《伤寒论》中的337条：“凡厥者，阴阳气不相顺接，便为厥。厥者，手足逆冷是也。”这条既论述了厥阴病的形成机理──“阴阳气不相顺接”，又叙述了厥阴病的典型症──“手足逆冷”，在《伤寒论》中此条才是真正的厥阴病的纲领。凡有“脉微欲绝，或无脉，手足逆冷”证，即当归四逆汤证、四逆汤证、通脉四逆汤证等皆是厥阴病的同类证，属厥阴病的辨证范畴。厥阴病篇中有方证16个，代表性的方剂是当归四逆汤，也有不合其类者，如白虎汤证、瓜蒂散证、白头翁汤证等。
霍乱病是“呕吐而利”，实属太阴病辨证范畴，其具体证有四逆人参汤证、理中丸证和通脉四逆加猪胆汁汤证等，共有6个，理中丸证为主方证。“霍乱病”并非一定是今天可确定由霍乱弧菌引起的霍乱病，常将沙门菌感染引起的急性胃肠炎也列入霍乱病类。应将此篇列入太阴病的辨证范畴为宜。
“阴阳易”在《伤寒论》中指由于性生活不当而引起的疾病，其临床特点为“其人身重，少气，少腹里急，或引阴中拘挛，热上冲胸，头重不欲举，眼中生花，膝胫拘急者，烧裈散主之”。另外，本人从临床中体会，此类病人以男性为多，平素多体弱，常因外感后行床所致，除上述症外还有两个特点，即脉弦数和皮肤潮湿或自汗。本篇以烧裈散证、枳实栀子豉汤证、牡蛎泽泻散证和竹叶石膏汤证等6个方证作为具体辨证标准。此类方均不宜于“阴阳易劳复”之人，应以补气固表之品为好。多用桂枝汤或桂枝加附子汤，或人参桂枝汤治其多汗或自汗。待汗止后再以黄芪建中汤或八味丸合小柴胡汤调之为宜。
综观《伤寒论》全貌，仲景以“病”为疾病分类的纲，以各方证为临床辨证之目，各方证辨证分属于各病。本人认为，仲景所言之“病”，实际还是更大范畴的“证”，与当今中医之“病”的含义相去甚远，与西医之“病”更无相似之处。此处，“病”与“证”都属于中医证的范畴，两者的概念无本质的区别，只是等级层次的差别而已。不过，仲景以病立纲，以方证辨证施治，是一种执简驭繁的方法。
对《伤寒论》病与证的分析，不仅可以看到仲景对疾病分类的框架，同时也可以看到分类中存在的乱类现象。按事物的分类标准，应将同一类性质的事物分在同一类中，即同一病性的方证应归在同一类辨证中，其治疗大法也应是相同的。但《伤寒论》中有的方证不是按这个基本分类原则来归类的，因此，使后来学习的人堕入迷津。如太阳病篇，几乎各类方证均有，而少阳病则无代表性的一法一方。在其他各病的分类中都存在有乱类现象。为了便于后人学习和临床应用，有必要对《伤寒论》进行重新整理和分类，把病位相同、病性相同的方证归在一起，为后人学习《伤寒论》提供更加清晰的思路（可以参考《刘绍武三部六病精义带教录》）。
通过对《伤寒论》的粗浅分析，初步认为《伤寒论》是一部简明的疾病学系统论。《伤寒论》是一个大系统，各病篇是子系统，各病篇的具体方证又是下一级子系统，有明显的层次性和等级性，有明确的从属关系。
另外，《伤寒论》各病证之间有着复杂的传变关系，在一定条件下可以相互传变，说明了各方证不是孤立的、静止的，而是动态的、相联系的，其中的变化是有规律可循的。因此，《伤寒论》是我国最早的一部比较系统化了的疾病论。
《伤寒论》宋刻版本共有398条，分列10类论述：①辨太阳病脉证并治上（30条，1～30条）；②辨太阳病脉证并治中（97条，31～127条）；③辨太阳病脉证并治下（51条，128～178条）；④辨阳明病脉证并治（84条，179～262条）；⑤辨少阳病脉证并治（10条，263～272条）；⑥辨太阴病脉证并治（8条，273～280条）；⑦辨少阴病脉证并治（45条，281～325条）；⑧辨厥阴病脉证并治（56条，326～381条）；⑨辨霍乱病脉证并治（10条，382～391条）；⑩辨阴阳易差后劳复病脉证并治（7条，392～398条）。另外还有12类不予讨论。
《伤寒论》的每条都是一个临床病例的简写，是病情的表现与分析。当然，其中也有错误与缺点。
《伤寒论》的架构成为其后中医临床的主要理论依据和实践指南。现具体分析如下。