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古今医家对黄疸的病因病机论述多注重于湿，认为湿邪为黄疸形成的关键。《金匮要略》黄疸病篇指出：“黄家所得，从湿得之。”盖湿邪壅阻中焦，外不得越，内不得泄，困于脾胃，脾胃失和，影响肝胆的疏泄，以致胆汁不循常道，泛溢肌肤而发为黄疸。
难治性黄疸，其病因常错综复杂，多与湿、热、瘀、毒、虚有关，临床应辨病论机，以机推因。不论是外感湿热、疫毒，或酒食、劳倦所伤，终致湿热瘀毒内结，脾胃升降失司，肝胆疏泄不及，胆汁不循常道，久久发为黄疸。
久病多瘀：仲景曰：“热不得越，湿不得泄。”湿热瘀阻，即所谓“瘀热在里，身必发黄”。瘀而不通以致黄疸难消。现代著名肝病专家关幼波先生说：“黄疸一病，病在百脉。”明确指出，黄疸是由于湿热胶固之邪入于血分，阻滞血脉所致。
久病多虚：患病日久必损元气，往往肝、脾、肾受损，或化燥伤阴，或寒化伤阳，导致正虚邪恋，交争僵持。
久病多痰，肝脾同病：肝病传脾，肝脾失调，气血郁滞；脾气受损，着而为瘀，血瘀则痰易凝，痰凝则促血瘀，于是痰瘀互生，胶结难解，日积月累，深伏窍隧，瘀塞胆管，乃致黄疸久留不退。
本病发生多缘于湿、热、瘀、毒互凝肝络，脏气闭塞不通，形成瘀浊内阻、阴阳乖违、寒热并见、虚实相兼的复杂病机。根据证候侧重及病程转归，顽固性黄疸我常分为湿热瘀阻型、肝郁脾虚型、痰瘀阻络型、阳虚痰凝型、肝肾亏损型。各型常相互兼夹。在临床治疗过程中，要抓主要病因病机，同时标本兼治，统筹兼顾。