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柯氏治学严谨，见解独超，富有创新精神。对《伤寒论》的整理校订，注疏立论，始终未离《内经》法度。他采用按方类证，方不拘经，汇集诸论，各以类从的编次方法，更切实用，他认为《伤寒论》为百病立法，视其为阐述辨证论治规律的专书，明确指出临证划分阴阳的总纲，独创六经地面的定位和三阴病存在合病、并病等学说，实发前人所未发。若非精研伤寒原著，具有广博学识，并拥有丰富实践经验，是难以获得如此显著成就的。孙介夫序评柯氏：“上下千载……仲景之所传，锱铢不爽。”即如与其同时代，名震朝野的叶天士亦说柯韵伯注《伤寒论》“能独开生面，可为酬世之宝也”，徇非虚言。当然，柯氏也有割裂原文，曲从己意，失之过偏之处，如唐大烈曰：“柯韵伯立言虽畅，不免穿凿。”但与他的成就相比，当属次要问题。