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柯氏认为《伤寒论》六经与《素问·热论》六经，虽然两者都是辨证论治的纲领，但其内容已有很大不同。后世医家将《伤寒论》六经与《素问·热论》六经等同，并由此而产生的六经即经络循行路线的误解，其源盖出于王叔和之《序例》。柯氏指出：“叔和不知仲景之六经，是经界之经，而非经络之经，妄引《内经》热病论作序例，以冠仲景之书，而混其六经之证治，六经之理因不明，而仲景之平脉辨证能尽合诸病之权衡废矣。”他不但对《伤寒论》六经与《素问·热论》六经之异同作了论述，创造性地提出六经地面说，并对六经实质用开阖、气化、脏腑、经络理论进行综合讨论，理明义晓，堪称恰合经旨，巧思独具。
创六经地面说。对《伤寒论》六经含义，前人有释为经络者，有释为运气者，而柯氏则别有所见，认为六经犹地面经界，经络为六经道路。其《伤寒论翼·六经正义》说：“仲景之六经，是经界之经，而非经络之经，仲景之六经是分六区地面，所赅者广，虽以脉为经络，而不专在经络上立说。”他认为《素问·皮部论》所云“皮有分部，脉有经纪，其生病各异。别其部分，左右上下，阴阳所在，诸经始终”等论，乃是仲景“创立六经部位之原”。他在论述六经地面的划分、毗邻关系以及疾病时邪的传变时指出：“腰以上为三阳地面，三阳主外而本乎里。心者三阳夹界之地也。内由心胸，外自颠顶，前至额颅，后至肩背，下及乎足，内合膀胱，是太阳地面。此经统领营卫，主一身之表症，犹近边御敌之国也。内自心胸，至胃及肠，外自头颅，由面及腹，下及于足，是阳明地面。由心至咽，出口颊，上耳目，斜自颠，外自胁，内属胆，是少阳地面。腰以下为三阴地面，三阴主里，而不及外。腹者三阴夹界之地也。自腹由脾及二肠魄门，为太阴地面。自腹至两肾及膀胱溺道，为少阴地面。自腹由肝上膈至心，从胁肋下及于小肠宗筋，为厥阴地面。此经通行三焦，主一身之里症，犹近京夹辅之国矣。若经络之经，是六经道路，非六经地面矣。六经之正邪客邪、合病并病、属脾属胃，犹寇贼充斥，或在本境，或及邻国，或入京师也。太阳地面最大，内邻少阴，外邻阳明，故病有相关。如小便不利，是膀胱病，少阴病而小便不利者，是邪及太阳之界也。腰痛本肾病，太阳病而腰痛者，是邪及少阴之界也。心为六经之主，故六经皆有心烦之症。如不头项强痛，则烦不属太阳；不往来寒热，则烦不属少阳；不见三阴症，则烦不属三阴矣。故心愦愦，心惕惕，心中懊
，一切虚烦，皆属阳明，以心居阳明地面也。”柯氏的这段论述，仍以地理作譬喻，概述客邪多由三阳来，正邪多由三阴起，以及邪气在三阴地面传变的关系。强调“明六经地形，始得握百病之枢机；详六经来路，乃操治病之规则”。显然，柯氏六经地面的划分，除根据经络循行外，主要是以六经病证牵涉的范围来确定。在他看来，经络是“道路”，六经是“地面”。他用朴素的譬喻说明：“道路”是“地面”中的“道路”，可以通达各处，但范围小，“地面”则是一大片。六经就是包括了整个人体的六块大“地面”，即六个大病位区。柯氏六经地面说的实质，是力求把伤寒六经病的发生与演变，落实到具体“地形”上，即人体形质结构上。由此可见。柯氏十分注意疾病的定位问题，这与伤寒学派中主张六经气化学说，以“重气轻形”为指导思想的医家，恰恰相反。这正是柯氏学术思想的突出特点，也是深得后世临床医家所推崇的原因。
柯氏在创立六经地面说的同时，对六经的实质综合《内经》开枢阖、脏腑、气化、经络理论进行探讨，阐述了六经的实质，理明义晓。如柯氏宗《内经》三阴三阳离合之旨，加以发挥运用，伤寒三阳病，太阳主开，阳明为阖，少阳为枢，如开阖枢功能失常，因而致病。例185条：“阳明之为病，胃家实是也。”柯氏注曰：“阳明为阖，凡里证不和者，又以阖病为主，不大便固阖也，不小便也阖也，不能食，食难用饱，初欲食，反不能食，皆阖也。自汗出，盗汗出，表开而里阖也，反无汗，内外皆阖，种种阖病，或然或否。故提纲独以胃实为正。”柯氏宗《内经》开阖之理论，执简驭繁地概括了阳明病的病理变化。伤寒三阴病，太阴主开，少阴主枢，厥阴主阖。柯氏用“枢”之理论来解释少阴病之症状、病机及治法。与此同时，柯氏还运用脏腑、经络、气化学说，来阐明六经的生理、病理。如对273条“太阴之为病，腹满而吐，食不下，自利益甚，时腹自痛，若下之，必胸下结硬”太阴病提纲，柯氏注曰：“太阴为开，又阴道虚，太阴主脾所生病，脾主湿，又主输，故提纲主腹满时痛而吐利，皆是里虚不固，湿胜外溢之症也。”又曰：“脾为湿土，故伤于湿，脾先受之，然寒湿伤人，入于阴经，不能动脏，则还于腑，腑者胃也，太阴脉布胃中，又发于胃，胃中寒湿，故食不内而吐利交作也。太阴脉从足入腹，寒气时上，故腹时自痛。”对太阴病是脏腑、经络、气化功能失调所致病的分析，甚为全面。柯氏认为仲景六经赅诸阴阳、表里、寒热、虚实、经络、脏腑、气化等各方面的意义，和十二经脉不完全相同，是非常正确的。
自唐宋以后，医家多认为《伤寒论》是辨治外感热病的专书。柯氏则以为不然。他认为：“按仲景自序，言作《伤寒杂病论》合十六卷，则伤寒、杂病未尝分为两书也，凡条中不冠伤寒者，即与杂病同义，如太阳之头项强痛，阳明之胃实，少阳之口苦咽干目眩，太阴之腹满吐利，少阴之欲寐，厥阴之消渴、气上撞心等证，是六经之为病，不是六经之伤寒，乃六经分司诸病之提纲，非专为伤寒一证立法也。……观五经提纲，皆指内证，惟太阳提纲为寒邪伤表立法，因太阳主表，其提纲为外感立法。……其他结胸脏结，阴结阳结，瘀热发黄，热入血室，谵语如狂等证，或因伤寒，或非伤寒，纷纭杂沓之中，正可思伤寒杂病合论之旨矣。盖伤寒之外皆杂病，病不脱六经，故立六经分司之。伤寒之中，最多杂病，内外夹实，虚实互呈，故将伤寒杂病而合参之，此扼要法也。”因此在临证时，只须“在六经上求根本，不在诸证名目上求枝叶”。柯氏的这个论点，阐发了六经的重要意义，为六经分证的应用，打开了广阔的道路。后人以六经治理杂病，多受柯氏此论启发。如陆九芝《世补斋医书》说：“余之治伤寒也，即从来苏集入手，故能不以病名病，而以证名病；亦能不以药求病，而以病求药，即治杂病，亦能以六经分之，是皆先生之教也。”而曹氏《医学读书志》表彰柯氏说：“伤寒杂病，异轨同辕，六经本为百病法，不专系伤寒，实传仲景数千年未灭之薪，厥功声矣。”当今临床证明，六经提纲证确非伤寒一病所专有，其他外感、内伤诸病也多有之。柯氏所立《伤寒论》中的结胸脏结诸多杂病，也足证明该书绝非仅仅辨治伤寒病或外感热病。实际上，《伤寒论》的实践基础主要是伤寒病或外感热病，但它揭示的辨证论治规律则具有普遍意义。例如，《伤寒论》所阐述和强调的“外证未解，当先解表”的原则，内外妇儿各科疾病，概莫能外。《伤寒论》实际上是一部专门阐述中医辨证论治规律的著作，而被后世医家尊崇为“医门之规绳，治病之宗本”。所有这些都进一步证明柯氏的著名论断：“原夫仲景之六经为百病立法，不专为伤寒一科，伤寒杂病，治无二理，咸归六经节制”是正确的。
柯氏提出六经能概百病，是基于其自身大量临床实践上的，他灵活地将伤寒方广泛应用于杂病。以桂枝汤为例，本方列为群方之冠，《伤寒论附翼》注释桂枝汤说：“愚常以此汤治自汗、盗汗、虚疟、虚痢，随手而愈。因知仲景方可通治百病。”柯氏强调：“凡中风、伤寒、杂病，脉浮弱、自汗出而表不解者，咸得而主之。”又注释麻黄汤说：“予治冷风哮和风寒湿三气成痹等证，因此辄效，非伤寒之证可拘也。”充分体现了柯氏异病同治的学术思想。柯氏“六经钤百病”的理论，突破了前人《伤寒论》专治外感病的陈说。诚如当代名家任应秋所说：“若非精究伤寒原著，具有广博学识，并拥有丰富的实践经验，是难以获得如此显著成就的。”
疾病的变化发展常因邪正盛衰、脏腑虚实不同，而有不同的演变过程，仲景立六经分证以概括疾病的一般传变、转归以外，更立合病、并病以概括多属性、多层次的复杂传变，故合病、并病实际上是为复杂病情而设立的辨证论治方法。但仲景书中只三阳病列有合病、并病条文，于三阴病中未明确提及。柯氏认为，合病、并病不独三阳病存在，三阴病以及三阴病与三阳病之间也普遍存在，他论述道：“病有定体，故立六经而分司之。病有变迁，更求合病、并病而互参之。此仲景立法之尽善也。夫阴阳互根，气虽分而神自和。三阳之里，便是三阴；三阴之表，即是三阳。如太阳病而脉反沉，便合少阴；少阴病而发热，便合太阳；阳明脉迟，即合太阳；太阴脉缓，即合阳明。少阳脉小，是合厥阴；厥阴脉浮，是合少阳。虽无并合之名，而有并合之实。……学者当于阴阳两证中，察病势之合与不合，更于三阳三阴中，审其证之并与不并。”在《伤寒论》中，两经同时发病者，称为合病；一经病未解，另一经又发病，即两经以上先后发病，称为并病。临床上，阴阳错杂、虚实互见、两经同病者，确不鲜见。三阳三阴以及阳经与阴经之间，也广泛存在合病与并病的复杂病情。柯氏举例论述：“三阳皆有发热证，三阴皆有下利证，如发热而下利，是阴阳合病也。阴阳合病，阳盛者属阳经，则下利为实热，如太阳阳明合病，阳明少阳合病，太阳少阳合病，必自下利，用葛根黄芩汤等是也。阴盛者属阴经，则下利为虚寒，如少阴病吐利，反发热者不死。少阴病下利清谷，里寒外热，不恶寒而面色赤，用通脉四逆者是也。若阳与阳合，不合于阴，即是三阳合病，则不下利而自汗出，为白虎证也。阴与阴合，不合于阳，即是三阴合病。不发热而吐利厥逆，为四逆证也。并病与合病稍异，合则一时并见，并则以次相乘。”柯氏精研《伤寒论》，深得仲景辨证立法精神，明确提出三阴病，以及阴经阳经之间合病、并病的存在，这显然是通过自己的临床实践而认识到的，也是对仲景学说的发挥。
对于《伤寒论》制方大法，柯氏曾详为论析，他指出仲景的制方特点在于“随证立方”，如“仲景制方不拘病之命名，惟求症之切当，知其机，得其情。凡中风、伤寒、杂病，宜主某方，随手拈来，无不活法”，因而其所治病证“只有表里、寒热、虚实之不同，并无伤寒、中风、杂症之分别”。针对表里、寒热、虚实诸证，仲景在处方时参考了“七方”“十剂”的法制，如发表、攻里为逐邪大法，而方如青龙、柴胡、陷胸、承气各有大小之制。小青龙治表热里寒，大青龙治表寒里热，二方在表中便兼解里。小柴胡汤防半里之虚，大柴胡汤除半里之实，二方在表中便兼和里。又如，里邪在上焦有夹水夹痰之异，因制小陷胸以清胸膈之痰，大陷胸以下胸膈之水。里邪在中焦有“初硬后溏”及“燥屎定硬”之分，故以小承气试胃家之矢气，大承气以攻肠胃之燥屎。此外，发表、攻里方各有缓急之法，如麻黄汤、大承气为汗下之急剂，桂枝汤、小承气为汗下之缓剂。至于奇、偶之法，诸方既已备见，而更有麻桂各半之偶剂、桂枝二麻黄一之奇方。同时，复方也有汗下之别，如服桂枝汤后啜热粥为汗法之复方，小柴胡汤加芒硝是下法的复方。至于“十剂”，在伤寒方中也都具备，如轻可去实，有麻黄、葛根汤；宣可去壅，用栀豉、瓜蒂汤；通可行滞，如五苓、十枣汤；泄可去闭，如陷胸、承气汤；滑可去着，如胆导、蜜煎法；涩可固脱，如赤石脂桃花汤；补可扶弱，如附子理中丸；重可镇怯，如禹余粮、代赭方；湿可润燥，如黄连阿胶汤；燥可去湿，如麻黄连翘赤小豆汤；寒能胜热，如白虎、黄连汤；热能制寒，如白通、四逆汤。凡此，都说明仲景诸方，随证而设。柯氏在临床实践中体会到：“仲景立方精而不杂，其中以六方为主，诸方从而加减焉。凡汗剂皆本桂枝，吐剂皆本栀豉，攻剂皆本承气，和剂皆本柴胡，寒剂皆本泻心，温剂皆本四逆。”如此归纳，甚为精要，为分析《伤寒论》方提供了不少方便。
柯氏还指出仲景的用药特点，是“六经各有主治之方，而他经有互相通用之妙”，其用法总以相同见证为依据，而不为六经所局限，即所谓“合是证便用是方，方各有经，而用不可拘”，如桂枝汤为太阳病在营卫而设，但诸经之病在营卫者皆可用之；抵当汤为太阳瘀血在里而设，而阳明蓄血亦可用之。这种辨证施治的方法为仲景所创，历代宗之，遂为中医治病之要着。
柯氏对仲景的方剂，补充了制方之机理，阐发了组方选药之规律。认为经方之效，妙在配伍，大小之用，缓急之施，都取决于方药与病情相合。所以，柯氏对仲景方的注释，务求阐明其机理，以明经方之用。如论述白虎汤方时写到：“阳明邪从热化，故不恶寒而恶热；热蒸外越故发热、汗自出；热灼胃中故渴欲饮水，邪盛而实故脉滑，然犹在经故兼浮也。”叙述了白虎汤证的病机。又曰：“盖阳明属胃，外主肌肉，虽有大热而未成实，终非苦寒之味所能治也……是知甘寒之品，乃泻胃火生津液之上剂也。”提出热盛伤津之病宜用甘寒之品以泻火生津的治法。继而对白虎加人参汤之配伍加以论述，其曰：“石膏大寒，寒能胜热，味甘归脾，性沉而主降，已备秋金之体；色白通肺，质重而含津，已具生化之用。知母气寒主降，味辛能润，泄肺火而润肾燥，滋肺金生水之源。甘草土中泻火，缓寒药之寒，用为舟楫，沉降之性，始得留连于胃。粳米稼穑作甘，培形气而生津血，用以奠安中宫，阴寒之品，无伤脾损胃之虑矣。饮入于胃，输脾归肺，水精四布，烦渴可除矣。更加人参者，以气为水母，邪之所凑，其气必虚，阴虚则无气。此大寒剂中，必得人参之力，以大补真阴，阴气复而津液自生也。若壮盛之人，元气未伤，津液未竭，不大渴者，只须滋阴以抑阳，不必加参而益气。若元气已亏者，但用纯阴之剂，火去而气无由生。惟加人参，则火泻而土不伤，又使金能得气，斯立法之尽善矣。”于该方立法之旨，药物之用，阐述详尽。
由此可知，柯氏对于经方配伍精义，纵横捭阖，详简由心，而议论允当，足以发明辨证立法之理，遣方用药之妙。而其于诸方煎服制剂之法，更是曲尽其能，详加阐发。论承气煎法，曰：“以药之为性，生者锐而先行，熟者气纯而和缓。仲景欲使芒硝先化燥屎，大黄继通地道，而后枳朴除其痞满，缓于制剂者，正以急于攻下也。若小承气则三物同煎，不分次第，而服只四合，此求地道之通，故不用芒硝之峻，且远于大黄之锐矣。”