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叶氏不仅是温病学派之宗师，而且对内、妇、儿诸科均有深入研究，造诣极深。于杂病证治方面，创立了许多新的学说，如养胃阴学说、肝阳化风学说、理虚大法、络病学说、奇经论治学说等，这些学说是如何提出来的？其学术渊源是什么？通过对叶案的深入分析研究，不难发现叶桂的这些学说几乎都是在研究经方变通应用的过程中提炼出来的，可谓是遥承仲景圣法而独得精髓。
叶氏对脾胃证治理论作出了重要的贡献。其“养胃阴”及“通补阳明”的养阴通补学说是继东垣《脾胃论》后，对脾胃学说的又一发展。考其源流，则可以说是在仲景保胃气存津液的启迪下，颖悟而来。盖胃为阳土，喜润而恶燥，“阳明阳土得阴始安”，仲景设麦门冬汤、竹叶石膏汤以治肺胃津液不足、虚火气逆之证，二方均用麦冬、人参、甘草、粳米以养胃阴，冀阴液得复，自然平调。叶氏本此而发明甘凉益胃方法，尝谓“阳明阳土，非甘凉不复”。药以北沙参、麦冬、石斛、粳米、梨皮、扁豆为基础，进退出入，曲成妙用。“通补阴阳”之说，是叶氏治胃虚之证的总则。这里的“通”非通腑泻实、辛开苦降之谓，其云：“通者，非流气下夺之谓，作通阴、通阳训则可。”胃气虚者移用大半夏汤而变通之，人参益气生津，药味和平，既无白术之守，亦不同于黄芪之升，为胃虚益气必用之品，配半夏之辛以开通阳明，因叶氏立法之意异于仲景，故调换主药，更以茯苓之淡渗易白蜜之缓润，虽只一味之异，使治“胃反呕吐”之方成“通补胃气”之剂。其云：“胃虚益气而用人参，非半夏之辛，茯苓之淡，非通剂矣。”若胃阳虚者，则加附子粳米汤通补胃阳；胃中阴阳齐损者，则以小建中汤建中补虚、通阴温阳；若胃虚络阻者，更以旋覆花汤加减理虚通络，使“通补阳明”之法趋于完善。故之，叶氏的“养阴通补”学说，弥补了东垣“详于脾，略于胃”之不足，可与其补中益气升阳之法，并肩而立。
治虚劳，叶氏上承《难经》、仲景之遗训，综合二家之长，以上、中、下损为经，阴伤、阳伤为纬，论治独重脾胃，“上下交损，当治其中”，且得仲景之教又深，尝谓：“男子脉大为劳，极虚亦为劳。夫脉大为气分泄越，思虑郁结，心脾营损于上中，而营分委顿……脉极虚亦为劳，为精血肉夺，肝肾阴不自立。”指出上中焦者，多为阳伤之损；下焦者，多为阴伤之损。从而提出了“理阳气当推建中，顾阴液需投复脉”的治虚大法，充分体现了法宗仲景，经纬分明，扶阳顾阴，独重脾胃的治虚特点。
对痰饮病的证治，更是法不离仲景，方不出《金匮》，处处恪守“病痰饮者，当以温药和之”的原则。临床上，以肺、脾、肾三脏为纲。病在肺，外寒引动伏饮，饮浊阻肺、肺气郁闭不宣者，当开太阳以导浊饮，小青龙汤去麻、辛之辛温发散，或合越婢汤；咳逆倚息，咳唾浊沫，气喘不能平卧者，当泻肺平喘，用葶苈大枣汤。病在脾胃者，如饮邪聚胃，症见咳呕涎沫、纳呆、脘痞者，以小半夏汤出入；脾阳虚者，运化失健、聚湿成痰者，每以苓桂术甘汤加味；对脾虚饮停咳逆者，用茯苓甘草汤，常加苡、杏。病机在肾，多见老年真元亏虚，肾阳式微，温运无力，寒饮肆逆者，惯用真武汤合肾气丸。
对中风病病机，叶桂提出本病并非外风，而是由于肝肾阴伤、肝阳亢逆、内风旋动所致的理论，从而建立了“阳亢化风”的内风学说，扬弃了中风病机的各种旧说。叶氏这一学说的创立，其实是从仲景炙甘草汤的组方原理中领悟而来，根据炙甘草汤重用生地黄、麦冬、麻仁、阿胶的组方特点，认为此方重在滋阴，遂去参、桂、姜、酒，仿黄连阿胶汤法加白芍，组成咸寒滋阴基本方，从而创立了“咸寒滋阴法”的治法理论以及肝肾真阴损伤的病机理论。再仿鳖甲煎丸法在咸寒滋阴基本方中酌加牡蛎、鳖甲、龟甲，制订出二甲、三甲复脉汤法，创立了“咸寒滋阴息风法”，用于治疗肝肾真阴大伤、水不涵木、虚风内动、阳亢动风的病证。这一治法的创立，不仅为温病邪热深入下焦，耗伤肝肾真阴，甚至引动肝风的治疗提供了新的治法，更为重要的是由此悟出杂病中风的病机为“阳亢化风”的内风学说，并确立“咸寒滋阴息风法”是治疗中风、肝风、痉厥等病的基本治法。