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《矛盾论》指出：“事物发展的根本原因，不是在事物的外部而是在事物的内部，在于事物内部的矛盾性。”因而归结为“外因是变化的条件，内因是变化的根据”。中医学对于病因学说的论述，是符合这一哲学观点的。虽然张仲景及陈无择将病因分为三类，但这只是对外部致病因素的划分，而真正的内因还决定于人体内部矛盾即机体反应性。对此《内经》早垂明训，认为人生活在自热界中，外界致病因子无时无刻不在侵袭着人体，但是能否产生疾病，在很大程度上却决定于机体的反应状态。《灵枢·论勇》指出：“有人于此，并行并列，其年之少长等也，衣之厚薄均也，猝然遇烈风暴雨，或病或不病，或皆病，或皆不病，其故何也？”回答是，“皮薄肉弱则病，皮厚肉坚则不病”，这种思想贯穿于整个病因学说之中。
在外感疾病中，中医学将机体抗病反应能力谓之“正气”，而把能危害人体造成疾病产生的外部条件谓之“邪气”（六淫之邪），一般情况下，疾病的产生总是内因（正气）起决定性作用，《素问·评热病论》谓：“邪之所凑，其气必虚。”朱丹溪亦云：“夫邪之客必因正气之虚，然邪得而客之。苟正气实，邪无自入之理。”《素问·百病始生》进一步指出：“风雨寒暑不得虚，邪不能独伤人。猝然逢疾风暴雨而不病者，盖无虚，故邪不能独伤人。此必因虚邪之风，与其身形，两虚相得，乃客其形。”即单纯的六淫之邪不足以引起疾病，外界的各种致病因子，只有通过机体内部因素（如正气虚弱）才能产生贼害作用。
在内伤疾病中，亦同样可以体现出来。首先，中医学认为，机体内部存在着许多矛盾，这些矛盾必须协调统一，保持阴阳的动态平衡，才能维持正常的生理功能，即所谓的“阴平阳秘，精神乃治”。若整个机体或机体某一部分的平衡状态遭到破坏，机体内部的调节机能就不能发挥应有的调节作用，不但对外环境的适应能力降低，导致六淫之邪外侵，而且由于本身阴阳失调，亦常产生自身疾病。其次，如七情内伤中，机体的反应性同样亦起决定性作用。《医宗金鉴》在解释《内经》九气为病时指出：“凡此九气丛生之病，壮者得之，气行而愈，弱者得之，发为病也。”
由于机体反应的差异性，对各种致病因子的反应往往各不相同，而某种机体反应状态亦往往容易感受某种相应的病邪，即所谓易感性。清代吴德汉在《医理辑要》中阐述颇详，今录以说明之，其云：“要知易风为病者，表气素虚；易寒为病者，阳气素虚；易热为病者，阴气素衰；易伤食者，脾胃必亏；易劳伤者，中气必损。”
当然，在疾病发生问题上，中医学并不排除外因所起的作用。《素问·阴阳应象大论》指出：“故天之邪气，感则害人五脏；水谷之寒热，感则害于六腑；地之湿气，感则害皮肉经脉。”强调没有邪气，不会致病，且在特殊情况下，外邪还可起到决定性作用，如急性传染病及金刃外伤、虫兽咬伤等。《素问·刺法论》说：“五疫之至，皆相染易，无问大小，病状相似。”但也注意到即使遇着这种疫病之气，亦不尽人皆病。吴又可曾举例以说明之：“昔有三人，冒雾早行，空腹者死，饮酒者病，饱食者不病，疫邪所着，又何异耶！”可见，触之即病的疫邪，病与不病的关键还在于机体内部的反应状态，只要正气内存，避其毒气，亦可不发生疾病。
综上所述，对于中医的病因学说，我们可以得出一个清楚的概念，外因——包括一切致病因子（六淫、七情、饮食劳倦、金刃虫毒所伤），内因——即是机体抗病反应性，疾病的产生，内因是根本的，起决定性的作用，而外因是不可缺少的致病条件。