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《医宗金鉴》是由清政府钦定御制的一部医学丛书。全书对十八世纪初以前历代重要医学著述加以校订、删补，并进行节录编辑，历经三年，于1742年完成。本书共90卷，160万字，分为15种，包括《订正仲景全书伤寒论注》《订正仲景全书金匮要略注》《删补名医方论》《四诊心法要诀》《运气要诀》《伤寒心法要诀》《杂病心法要诀》《妇科心法要诀》《幼科杂病心法要诀》《痘疹心法要诀》《幼科种痘心法要旨》《外科心法要诀》《眼科心法要诀》《刺灸心法要诀》《正骨心法要旨》等，涵盖医学理论、诊断、各科证治、方剂、针灸与运气诸方面，从1749年起被清太医院定为医学生教科书。
运气学说是中医基础理论、中医的气化学说、藏象学说、病机学说及诊治学说的渊源。而气化理论是运气学说的核心，只有掌握气化理论才能把握天道对物候、病候、证候的影响，以及物候（包含病候）对天候应答的规律。运气学说的重要价值体现在脏腑气化与五运六气的气化辨证，着眼于辨清这两类矛盾相互作用的焦点，从而打开辨机论治的广阔领域。这些内容在《医宗金鉴·运气心法要诀》中多有体现。
吴谦认为“不知运气而为医，欲其无失者鲜矣”。故特意将《内经》中有关运气部分内容单独列出来为一卷，以“使学者一览即明其大纲旨要之所在，然后遍求全经精义”。《医宗金鉴》云：“天时之不齐，民病所由生也。《素问》言五运六气特详。医不明此，则不识亢害承制、淫胜郁复之理，不足以称医之良也。”《医宗金鉴》将《天元玉册》尊为“三经”之一，足见其对运气学说的重视。而图解亦是《医宗金鉴》的一大特色，内容包括太虚理气天地阴阳歌、五行质气生克制化歌、运气合藏腑十二经络歌、主运歌、主气歌、客运歌、客气司天司地间气歌、运气分主节令歌、五音主客太少相生歌、五运齐化兼化六气正化对化歌、六十年运气上下相临歌、起主客定位指掌歌、天符太乙天符岁会同天符同岁会歌、执法行令贵人歌、南北政年脉不应歌、五运气令微甚歌、五运平气太过不及歌、运气所至先后时歌、运气亢害承制歌、六气胜复歌、五运郁极乃发歌、天时地化五病二火歌、五星所见太过不及歌、五行德政令化灾变歌、五行地化虫畜谷果有太过不及齐兼化歌、运气为病歌、五运客运太过为病歌、六气客气主病歌、运气当审常变歌等近四十首。
运气合脏腑十二经络歌曰：“医明阴阳五行理，始晓天时民病情。五运五行五气化，六气天地阴阳生。火分君相气热暑，为合人之藏腑经。天干起运地支气，天五地六节制成。”注曰：“学医业者，必要明天地阴阳、五行之理，始晓天时之和不和，民之生病之情由也。人皆知五运化自五行、五质、五气也，而不知六气化自天地阴阳、六质、六气也。六质者，即经曰木、火、土、金、水、火，地之阴阳也，生、长、化、收、藏下应之也。六气者，即经曰风、暑、湿、燥、寒、火，天之阴阳也，三阴三阳上奉之也。是以在地之火分为君火、相火；在天之气分为热气、暑气，为合人之五脏六腑，包络十二经也。天干阴阳合而为五，故主五运。甲化阳土，合人之胃。己化阴土，合人之脾。乙化阴金，合人之肺。庚化阳金，合人大肠。丙化阳水，合人膀胱。辛化阴水，合人之肾。丁化阴木，合人之肝。壬化阳木，合人之胆。戊化阳火，合人小肠。癸化阴火，合人之心。相火属阳者，合人三焦。相火属阴者，合人包络。此天干合人之五脏六腑十二经也。地支阴阳合而为六，故主六气。子午主少阴君火，合人之心与小肠也。丑未主太阴湿土，合人之脾与胃也。寅申主少阳相火，合人之三焦包络也。卯酉主阳明燥金，合人之肺与大肠也。辰戌主太阳寒水，合人之膀胱与肾也。巳亥主厥阴风木，合人之肝与胆也。此地支之合人之五脏六腑十二经也。天数五，而五阴、五阳，故为十干。地数六，而六阴、六阳，故为十二支。天干之五，必得地支之六以为节，地支之六，必得天干之五以为制，而后六甲成，岁气备。故一岁中运，以七十二日五位分主之，六气以六十日六步分主之。”此皆为运气基本常识。
《医宗金鉴》也明确提出二火为病的观点。如：“天时地化五病二火歌：运气天时地化同，邪正通人五藏中，五藏受邪生五病，五病能赅万病形。热合君火暑合相，盖以支同十二趣，虽分二火原同理，不无微甚重轻情。”注曰：“木、火、土、金、水五运之化，不能外乎六气风、热、暑、湿、燥、寒，六气之化亦不能出乎五行，故运虽有五，气虽有六，而天之气合地之运化皆同也。邪化正化之气，皆通乎人之五藏之中，正化养人，邪化病人。五藏受邪，则生五藏之病。五病能赅万病情形，谓主客一定之病，主客错杂之病，及胜复郁病，皆莫能逃乎五病之变，犹夫天地化生万物，皆莫能逃乎五行之属也。五行惟火有二，在地为火，在天为热、为暑，以热合少阴为君火，暑合少阳为相火。盖以地有阴阳十二支，同乎人之阴阳十二经，火虽有二，理则一也。故其德、政、合、化、灾、病皆同，然不无热微病极、暑甚病重之情状也。”其实不止五病二火，温病瘟疫皆为二火之病，只是因缘不同而已。
为了运气排算方便，《医宗金鉴》列出了指掌图，曰：“起主客定位指掌歌：掌中指上定司天，中指根纹定司地，顺进食指初二位，四指四五位推传，司天即是三气位，司地六气位当然。主以木火土金水，客以阴阳一二三。”注曰：“左手仰掌，以中指上头定司天之位，中指根纹定司地之位。顺进食指三节纹，定初之气位，头节纹定二之气位。中指上头定三之气位，即司天之位也。第四指头节纹定四之气位，二节纹定五之气位。中指根纹定六之气位，即司地之位也。主气以木火土金水者，五气顺布之五位也。故初之气，厥阴风木；二之气，少阴君火；三之气，少阳相火；四之气，太阴湿土；五之气，阳明燥金；六之气，太阳寒水。是木生火，火生土，土生金，金生水，水复生木，顺布相生之序，一定不易者也。客气以一二三名之者，三阴三阳六气加临也。故厥阴为一阴，少阴为二阴，太阴为三阴，少阳为一阳，阳明为二阳，太阳为三阳。是一生二，二生三，三复生一，阴极生阳，阳极生阴，六步升降之次每岁排取也。以此定位，主气客气，了然在握矣。”运用指掌图便于快速确定六气中主气客气的位置，以推出六气的升降。从手掌上，可以推出六气之升降，以此定位，主管分明，左右间气，了然于掌。
《医宗金鉴·运气当审常变歌》：“近世医者，皆谓五运六气与岁不应，置而不习，是未达天道之常变也。时雨之常者，如春温，夏热，秋凉，冬寒也。日之常者，早凉，午热，暮温，夜寒也。时（季）之变者春不温……，暑不蒸……。日之变者，早温……夜热也，但学医者，欲达常变之道，当先识一定主客之理，次识不定变化必然之情，然后知百千杂合之气为病，俱莫能逃夭时地化之理也。虽或有不应，亦当审察与天时何时，地化何化，人病何病相同，即同彼时彼化，彼病而施治之，乃无差谬。此知其要者，一言而终也。为医者可不于运气中一加意耶？”以上内容证明吴谦等人对五运六气有很高的评价，表明一般人之所以不懂得运用五运六气，只是因为他们不理解和未能学通。
通过病机十九条，归类运气之病。书中的“运气为病歌”，把病机与运气相结合，进一步深化了运气为病的认识，文曰：“五运六气之为病，名异情同气质分，今将二病归为一，免使医工枉费心。”其注说：“五运六气之为病，虽其名有木火土金水风火湿燥寒之异，而其实为病之情状则同也。今将木运之病，风气之病；火运之病，暑气之病；土运之病，湿气之病；金运之病，燥气之病；水运之病，寒气之病总归为一病，不使初学医工枉费心思而不得其头绪也。”如木运风气之病，歌曰：“诸风掉眩属肝木，诸暴强直风所因，支痛软戾难转侧，里急筋缩两胁疼。”其注曰：“在天为风，在地为木，在人为肝，在体为筋。风气通于肝，故诸风为病，皆属于肝木也。掉摇，动也，眩昏，运也。风主动旋，故病则头身摇动，目昏眩运也，暴卒也。强直，筋病，强急不柔也。风性劲急，风入于筋，故病则卒然劲急强直也。其四肢拘急，疼痛，筋软短缩，乖戾失常，难以转侧，里急胁痛，亦皆风伤其筋，转入里病也。”这样，就把六淫、五运、脏腑、肢体、证候归为一体。
在注解中阐发了《易经》八卦与运气的同源同流关系。如对阴阳图的注解，其说：“来知德易经注曰：对待者数，流行者气，主宰者理，即此三句而天地万物无不包括其中矣。”对于数、气、理三者之间的关系，文中“太虚理气天地阴阳歌”云：“无极太极气中理，太极太虚理中气，乘气动静生阴阳，阴阳之分为天地，未有天地气生形，已有天地形寓气，从形究气曰阴阳，即气观理曰太极。吴澄注云：太极无动静，动静者气机也。是以太极专主乎理言也。朱子曰：太极之有动静，是天命之流行也，是以太极兼主乎气言也。又曰：太虚者，本然之妙也。动静者，所乘之机也。本然之妙即太极，指其本然主宰。是动是静之妙之理也。所乘之机即动静，指其天命流行，乘动静之机之气也。当依朱子为是。”
《医宗金鉴》对五运六气的总结十分完整全面，尤其是清政府将其作为太医院学习中医的基础教材，对于五运六气在官学和私学之中的流传，起到了十分重要的作用。也再一次表明，五运六气的医算体系在中医学术史中不可替代的地位与作用。
