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《瘟疫发源》作者马印麟，清代医家，字长公，号好生主人，山东益都县金岭镇人，生卒年不详。但据其《瘟疫发源》雍正三年（1725）自序署名“三世医八十老人马印麟”，其生年当为1645年前后，卒年虽无考，但其终年应八十岁有余。据《中医人名辞典》引益都县志载，其七世祖马晟曾任明代衡藩良医正，传至马印麟，亦以医知名。马印麟自幼习医，并“各处寻访明师贤友”，苦读穷究《类经》，对瘟疫一门颇有研究，著《瘟疫发源》，书成之后并未付梓，在其后30余载经过大量临床实践“屡验屡效”，始于1725年刊刻济人。
其在《瘟疫发源》之前于1710年还著有一部《瘟疫辨论》，主要内容是纠正了吴又可的杂气论，认为吴又可所谓“杂气”不过是运气格局的“刚柔失序，不迁不退”等导致的疫疠之气，而吴又可不识运气格局，才会出现买椟还珠的笑谈。清·熊立品在其《治疫全书》中也批评了吴又可和喻嘉言不懂五运六气之常变，治膜原杂气九传而不知杂气为何物。清代著名温病学家章虚谷《医门棒喝》中也指出“瘟疫者，由六气错杂，秽恶酿成”，并不是天地之间单独存在的一种杂戾之气。不过吴又可晚年，在其另一部医学著作《醒医六书》也认识到了五运六气格局的重要性。如吴又可在《醒医六书·序》中解释“冬伤于寒，春必病温”时认为，“伤言内伤，寒指令气，谓太阳主令之时，精失闭藏，有违圣度，水脏不胜寒而受伤，冬不即病者，以我政当权，尚可御侮，且肾气畏冷缩伏肾中，至于春则时退气泄，热即耗其液，水复盗其精，故略感微邪，便为温病。推其得温之由，实由冬不藏精之所致。”吴又可谈及五运六气之太阳主气当令之虚实是导致“冬伤于寒，春必病温”的重要天时因素。
马印麟在《瘟疫发源·小引》中说：“汉长沙张仲景恤于民命多被伤寒瘟疫损害横夭，因而详考古经幽微之玄机，气运之主客之迁变，以著《伤寒杂病论》十六卷，使后之学者有可依据。”马印麟明确指出仲景的伤寒方术源于五运六气，甚至就是五运六气的临床应用。其实在桂本《伤寒杂病论》中已经有五运六气的纲目津梁、绳墨圭臬了。
全书学术内容主要分为凡例和正文两大部分。正文是30余载前所著，作者选取明代张景岳之《类经》中关于五运六气的内容，将瘟疫一门由博返约。他指出：“凡主气者，年年不移。客气者，每岁而迭迁”“若主客之气正化，则天时风雨调和而五谷丰收，则民亦舒而无病。然一岁之中，全在客气之流行变化。若主客之气不和，阴阳不得升降，则五行相制，天时寒热温凉，不应主气……而民多患灾难疫病之热症。”他还通过推算，预测某年可能有瘟疫流行，人们应早做准备；并针对气运不同的年份提出了相应的不同治法，提出7个药方，用于不同气运年的瘟疫防治。该书内容深入浅出，理论与实践相结合，正如“小引”中作者评价该书“其言简，其理明，易于习诵，使人知所由来，其用心可谓深且大矣。诚灵素之纂要，后学之指迷，瘟疫之秘诀，生人之厚幸耶”。凡例部分是30余载后作者对自己瘟疫发源于五运六气之变的理论和所创制药方的临床使用体会。马印麟总结康熙年间发生的瘟疫，与五运六气主客气不和有显著的关系，认为是“屡验屡效”，并列举两则瘟疫重症病案，用自己创制的药方治疗，取得了满意疗效，故将此书刊刻出版，表明此书的理法方药是经得起临床实践检验的，为此尤显珍贵。总之，此书秉《类经》运气学说，探瘟疫发生之由，理、法、方、药俱全，是明清以来较为实用的运气学、温病瘟疫学著作。
此书分为上下两册，对五运六气天时六病进行了讨论发挥，在运气病候方面论述精详，并且在运气与流行病关系方面列举了大量的历史资料。书中强调运气异常与瘟疫流行的关系密切，认为“按五运六气，刚柔失守，阴阳升降不前，不迁正不退位，各有年岁，大人感之而成疫疠，小儿受之，多患痘疮然。岁中客气的流行，即安危之关系，或疫气偏行，而一方皆病风温；或清寒伤脏，则一时皆犯泻痢；或痘疹胜行，而多凶多吉……经曰：天运有胜衰，人气有虚实。……医之道，运气而已。”此书阐述了运气与病候的关系，以大量篇幅论述了运气对病候的影响，如：“相火淫胜，则金受其制，故温气流行，金政不平，民病头痛发热，恶寒而疟，热上皮肤痛，色变，黄赤，传而为水，身面浮肿，腹满仰息，泄注赤白，疮疡咳唾血，烦心胸中热，甚则鼽衄，病本于肺，相火用事，金气受伤，客热内燔，水不能制，故为此诸病，皆本于肺也。”书中还从历史角度对运气瘟疫做了验证，“今将瘟疫书内，逢刚柔失守，阴阳升降不前，不迁正不退位，五行相制，运克天气不和，并天刑之年，所验之天时民病，不能尽注，略表数句，以待后人再验”。如：“崇祯十一年岁次丁丑，为运克天气不和之年，此年杀气乃行，自此至由山东，大兵荒乱，杀虏黎民无数。至十二年戊寅，亦是刚柔失守，天运失实，其年大旱。十三年己卯，亦是阴阳不得升降，饥荒岁年，饿死者，瘟病死者无数，此乃刚柔失守，天气不和之验也。”此书在研究运气病候、瘟疫的发生与预测等方面有重要参考价值。
