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王肯堂（1552—1623），字宇泰，别号损庵，又称念西居士。金坛（今江苏金坛）人，明代著名医家。明·万历十七年（1589）进士，曾任翰林院检讨，任职史馆四年。王肯堂著作颇丰，计有《证治准绳》《六科证治准绳》《医镜》《医辨》《医论》《灵兰要览》《胤产全书》《胎产证治》《郁冈斋医学笔麈》《医学穷源集》等。王肯堂早年博采众长，编撰《证治准绳》，列证最详、论治最精，详于理论，为集明以前大成者，所论各科证治，条分缕析，平正公允，晚年在《医学穷源集》中发出“运气之说，为审证之捷法，疗病之秘钥”之感叹。
王肯堂著述中以《六科准绳》最有影响，但在该书中却对运气有意回避，给后世不少否定运气者以“表面推崇，实则不用”的印象。其实，王氏在《证治准绳》中之所以未载运气内容，非其不信、不用也，乃因其不易理解，有意避而不谈而已，其在临诊中十分重视气运对病症的影响，选药组方也颇注重时令、气运，在《医学穷源集》中，就非常突出地表明了这一点。
王肯堂于明·天启三年（1623）写成是书，作原叙曰：“吾用方之权，恒在天地运气，不仅仅于古人成方中讨生活，思欲佑启后学，俾知圣经运气之说，为审证之捷法，疗病之秘钥，因取吾《尺木楼图说》录成二卷，并辛亥以后杂案，选辑四卷，逐章详记，附以释解。”明·崇祯元年（1628）门人殷宅心辑释，撰写凡例曰：“医学流派繁猥，《内经》运气之说，几视为子虚乌有。先生学究天人，依经立案，无一通套之方，定名穷源，庶几动学者先河后海之思。”《医学穷源集》补《证治准绳》之未备，因为《准绳大全》内并没有依经审运之法，王肯堂之学生宅心殷生见其师用方多用运气之理论，知道圣经运气之说为审证的捷径法门，治疗疾病之密钥，所以收集了王肯堂的《尺木楼图说》录辑成二卷，并把辛亥年以后的病案选辑成四卷，逐章详记，附从译解，把《尺木楼图说》两卷和病案四卷合为一本书，故而出现了《医学穷源集》。《医学穷源集》成书于明·崇祯元年（1628），一直藏于王肯堂门人殷宅心家，后成殷氏传家之宝，直至清代嘉庆十三年戊辰（1808）年，中浣难水（黑龙江省嫩江与松花江汇合后松花江的通称）云巢老人汤世质，向殷家后人求售其稿，又恐岁久蠹蚀，复致散漫，爰命儿辈严加校定后刊行于世，是为该书最早刻本。
王肯堂的《医学穷源集》受汉唐金元名医的影响，书中所指的名医，如张、王、刘、李诸家，即为汉代张仲景、唐代王冰、金元刘完素与李杲，而这四位医家都对五运六气理论的应用与传播有重要贡献。《医学穷源集》与《三因方》的基本理论有共通之处，《医学穷源集》里的“某齐某化”“某兼某化”是五运六气的重要诊断方法和知识，其次是对司天和司地的考虑，最后是对客气、客运和主气的考虑，较少考虑“主运”。主运主气主要是四时时病，而客运客气主要是发病常数之变数，各种温病瘟疫及伏气病等，这一点正是仲景斗历体系之下的发病逻辑。
《医学穷源集》全书六卷。顺序为汤世质序、王肯堂原叙、殷宅心凡例、殷宅心跋。是书卷一、卷二图说，载有太虚图及太虚图论、阴阳图象及阴阳图象论、五行论、元会运世论、三元运气论、三图总说、太乙移宫说、附疫由人事论、运气总论、附化数生成说、流年灾宫说、方月图说、六气十二经相病说、附山川方隅气候不同论、奇经八脉略、奇经诊法、药说等三十篇，以图配文，图文并茂，发挥《内经》运气学说精义。卷三木运年（壬子、丁巳、壬戌），卷四火运年（癸丑、戊午、癸亥）卷五土运年（甲寅、己未）、金运年（乙卯、庚申），卷六水运年（辛亥、丙辰、辛酉），水运续编（丙寅）。本书重点内容为卷三至卷六，其以木、火、土、金、水每年中运（全年气候特点，也称“大运”）为纲，阐述主运（一年中五个阶段的正常气候）、客运（一年中五个阶段的反常气候）与疾病的关系。王氏去世后，门人李、王、顾等人的医案，合计14年113个病案，并于案后加以按语注释，说明由于气候变化与人体疾病的发生及其诊断治疗的密切联系。即由天之五运，论及地之五行；又由地之五行，论说人之五脏；再由人之五脏，探讨病变用药原理，是以气运分析病情、指导处方用药的珍贵史料。
王肯堂在《医学穷源集》中所记录的运气学说验案，其病案编写体例均首标年干支，下注司天、岁运、司地，气化类型，尺寸脉应；后标主客六气及主运五运。然后另行书写病例，记其姓氏、年龄、病证，在“案”字下示诊断，下列处方；处方之后加辑者按语，在“释”字下标明。每换方一次，记录服药后的反应，脉证变化及处方，再加“释”语，直至痊愈。如“土运年吴姓例”，其患病病机为“湿热固结三焦”，前医误汗、误下，致正虚邪实，确属难治。然王氏参天时、察气宜，合之于病者形症色脉，于半月之中，化险为夷，确有独到的造诣。其中，始以大豆黄卷为君，继以芥子、瓜蒌清理肺金；终以首乌、稻根滋金水二脏，处处结合病机，不失气宜，让人叹服。又如“水运辛酉年徐氏案”，该例患者纯系七情所伤，全无外邪，治疗中宜时时照应时令、气运，与病机相参合，为应用运气参与七情疾病治疗的典范。
其详于五运年诊断案例，列出14个不同年份的五运年诊断方法和步骤加以分析，让读者了解其思路。不仅于此，他还详细记录了五运六气的适应病症，有蛔虫、外感、腹痛、闭经、咳逆、风邪、坏蛆（骨科病）、心绞通、疟症、难产、中暑、喘痉厥、便血、咳血、血崩、泄泻、情绪病等多达17种病症；适应病科有呼吸系统病、消化系统病、骨科病、心血管病、妇科病、小儿科病、心理病、肛肠科病、精神科病9种；记载了五运六气的临床病案113例，丰富了五运六气诊治疾病的临床医案资料。《医学穷源集》还运用五运六气理论分析了疫病的起因、过程和治疗，王肯堂认为任何病都需要符合岁气天和之理而详审之，任何病皆可运用五运六气进行预测、诊断和治疗，五运六气是审症之捷径，疗病之秘钥。
《医学穷源集》对后世产生重大影响：大司天理论在《素问·天元纪大论》中有“凡六十岁而为一周”等相关论述，王肯堂在《医学穷源集》中又进一步发挥和细化。王肯堂在《医学穷源集》中记有“……六十年天道一小变，……天以无心而生物，人以无心而合天……”之说。其后在清代出现了六气大司天理论的流行，清·陆懋修曾说“古人用寒、用温，各随其所值大司天为治”，等等。详见三元九运篇与六气大司天篇论述。
