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从百草园到三味书屋，鲁迅接受了中国传统文化教育，形成了诚实、善良、正直的性格。
1898年，鲁迅从三味书屋毕业后，同学们各奔前程。此时周家已困顿没落，升学困难。鲁迅是个懂事孝顺的孩子，他知道中国正与周家一样遇到危机。
同年的3月21日，鲁迅写信给在杭州陪侍狱中祖父的二弟，谈到了当月13日出版的《知新报》第四十五期刊载的列强瓜分中国图。《知新报》说，英日俄法德五国，谋由扬子江先取南京，瓜分其地，英国得到浙江。
此时，年轻的鲁迅兄弟，已开始接受新的思想，关心祖国的命运。所以，鲁迅不想去做账房先生，也不想做衙门师爷，只想学些救国救民的真本事。
鲁迅为南京担忧，自然想起在南京的叔祖周椒生。周椒生回家探亲时，鲁迅兄弟们总要拜访这位在外见多识广的叔祖，听他谈谈国家和南京的情况。
鲁迅知道，叔祖是个举人，在江南水师学堂教国文兼当管轮堂监督，这个学校不要学费。叔祖还介绍了鲁迅的小叔伯升进了江南水师学堂。
小叔假期带来那些介绍长江风帆、下关商埠、仪凤门城楼、码头大轮船的照片，这些照片真迷人，鲁迅很想到两江总督署所在地的南京去上学。
为了满足鲁迅的要求，母亲设法筹集了八块银元作为路费。她流着泪对儿子说：“绍兴有句古话，叫作穷出山，今后的路就要由你自己去走了！”
1898年5月1日，鲁迅乘船出门远行了。
5月7日，轮船停泊在金陵下关，鲁迅第一次踏上了南京的土地，只见江上风帆穿梭，货船云集，几艘外国军舰傲然屹立。上岸后，戴白色礼帽的洋人神气活现，中国搬运工吃力地扛着麻袋，懒散的清兵闲逛着，码头货栈堆满“摩尔登糖”，这些都让年轻的鲁迅看见了世界。
到了江南水师学堂门口后，鲁迅看到这所由张之洞建立的水师学堂大门很气派，一边写“中流砥柱”，一边写“大雅扶轮”，反映了洋务派办此学堂的良苦用心。
随后，鲁迅拜见了叔祖周椒生。此时，鲁迅身边仅剩下两块银元了。周椒生告诉他：“豫才这个名字你不要用了，今后不好进家谱，‘十年树木，百年树人’，你就叫‘树人’吧！”
经过考试，鲁迅被录取在轮机堂，分配在管轮班的机关科。
鲁迅在水师学堂秋季开学后，开始了学习。很快，这所官办学校的沉闷压抑、乌烟瘴气令鲁迅极为不满。一是课程简单、生活乏味。除了初级英文外，其余课程与旧书塾没有多大差别。作文多在三味书屋做过，仍实行八股标准。英文课本是从印度搬来的，内容枯燥。二是等级森严，待遇不平等。校长称总办，有权处置学生，甚至可杀学生的头。
最使鲁迅气愤的是，这里的教师只会照本宣科，不愿接受新知识。他们对新名词、新概念总是望文生义。有位汉文老师居然说地球有两个，一个叫东半球，一个叫西半球；一个自动，一个被动，这让学生哭笑不得。
鲁迅觉得学不到新知识，学校学生活动几乎没有。学生在枯燥乏味的校园里的唯一乐趣，是一周一次的爬桅杆训练。爬上去后，可以眺望莫愁湖，近看狮子山，古城风光尽收眼底。
海军学校学生理应天天习水。学堂原有大游泳池，因为淹死了两个学生，就被填平了，还在上面造了个小小的关帝庙来镇邪。
鲁迅觉得这所应是培养中国现代海军人才的学校，思想太陈旧太迷信。每逢阴历七月十五，还要请一群和尚到操场来掐诀念咒。这些让鲁迅哭笑不得，他开始藐视学堂里的一切。
在第一学期期末，就发生了让鲁迅决心退学的事。年底学校新派来一个派头十足的教师，在学生面前他总是把眼睛瞪得大大的，装成学者的架势。有次上课点名，他把学生“沈钊”的名字念成“沈钧”，引起一阵哄堂大笑。
后来，鲁迅和同学们都把这位教员叫“沈钧”。于是，总办在两天之内宣布：给鲁迅和另外十多个同学记了两次小过、两次大过，再犯一次小过，就得开除了。
1898年12月，鲁迅回到了家乡，由于家里的强烈要求，鲁迅与弟弟周作人于当月28日参加了县试，这是鲁迅参加的唯一的一次科举考试，没想到这唯一的一次却考中了。
但由于四弟的病逝而使鲁迅无心继续下去。鲁迅人生的这段小插曲，反映了他也曾在科举与进洋学堂之间徘徊，这是时代的矛盾与烦扰。
回到南京后，鲁迅无法再忍受江南水师学堂的沉闷，于是他决心退出水师学堂。他听说水师学堂西边的陆师学堂附设矿务铁路学堂，思想先进，能学到知识，于是就去报考，到矿务学堂开始了新的追求。