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在《时务报》的繁荣盛极之时，人们所不知道的是，它其实也暗藏着隐患。其原因是主要人员的政治见解不同，所以报馆内部矛盾日渐显现。
要说矛盾的根源，要从《时务报》创办之初讲起。在几个创办人之中，梁启超与汪康年时有摩擦，黄遵宪与汪康年也素有嫌隙，争议不断。他们的矛盾与分歧，总的来说，是洋务派成员与维新派成员的斗争与分歧。
1895年11月，康有为在上海成立了强学会之后，维新变法的声浪也逐渐加强，坚信保守的“中体西用”洋务指导思想的张之洞，为了标榜自己并非落伍、过时之人，表面上猛追维新之“浪”，猛赶改革之“潮”，表示支持维新派组织强学会的活动，但是在思想上还是十分迂腐的。
在南北强学会均遭查禁的时候，维新人士计划利用上海强学会剩下的余款，筹办一份报纸，也就是后来的《时务报》。
对此计划，黄遵宪特别支持。他表示：“愤学会之停散，谋再振之，欲以报馆为倡始。”于是，就由黄遵宪、汪康年、梁启超、邹凌翰、吴德潇五人出面签名，发出“公启”，向社会宣告《时务报》诞生，并由梁启超担任主笔，汪康年任总经理。
不过，在最初讨论《时务报》办报宗旨时，几个办报人就出现了不可调和的矛盾与分歧。
汪康年主张“以广译西报为主”，其他成员也主张少登议论性的文章，而多登翻译文章或记叙之类的文章，尽量不要发表自己对社会、对问题的看法，并提出“要兢兢业业为之，不要轰轰烈烈为之”。
黄遵宪显然也主张言论不能太过激，但是绝对不能把《时务报》办成“译报”。
梁启超则认为，办报纸就应该让报纸成为除旧布新、启迪民智的武器。办报人有责任向国人介绍日本和西方先进国家的历史、风物人情、科技发展、法令制度，并发表自己的见解、评论和主张，只有这样才能把《时务报》办成一份受到人们欢迎的、充满朝气的刊物。
梁启超作为该报的主笔，当然也主导了《时务报》的方向，他用手中的巨笔弘扬改革精神和维新变法思想，抒发爱国情怀。在这种办报思想的指导下，《时务报》社会反响异常强烈，收到了良好的效果。
不过，梁启超的做法让仍然囿于“中体西用”思想的汪康年感到非常不满。
梁启超在1892年就认识了汪康年，几年来，两人之间常有书信往来，总的说来，两人还是有一定的交情，但二人的思想世界与思想本质是完全不同的。
汪康年曾做过张之洞的幕僚，在张之洞做湖广总督时，他担任了两湖书院分教，另外，张之洞还请他做过自己孙子的老师。张之洞“中体西用”“祖宗之法不可变”的思想根深蒂固。
于是，汪康年深受张之洞的影响，思想中也被深深地打上了张之洞的烙印，所以张之洞也对他很信任，汪康年办《时务报》也是秉承了张之洞的旨意。
汪康年的思想同样保守，因此，他对梁启超等人所写的文章、所发的议论表示不能接受。而他自己的见解，以及文章所宣扬的仍然是中体西用思想。
张之洞在看了梁启超撰写并发表在《时务报》上的《变法通议》后，大骂梁启超是狂徒，并授意他的另一个幕僚梁鼐芬给汪康年写信，斥责梁启超抨击朝政和攻击封建专制制度的言论，并指示汪康年“要小心《时务报》上的文字”。
背后有湖广总督张之洞给自己撑腰，汪康年便有恃无恐地在报馆内横行霸道起来。汪康年原本是总经理身份，不应该干预主笔的事情。但是到了后来，汪康年事事都要插手，无所不管，处处为难梁启超，甚至不允许梁启超在文章中引老师康有为的话，并用排挤、侮辱、造谣等方法诋毁康有为。
梁启超对这一切感到十分愤怒，他宣布：污蔑、诋毁康有为的人是“无识之人”。就这样，二人的矛盾公开化了。
在张之洞的支持和怂恿下，汪康年在报馆里嚣张跋扈，高高凌驾于其他办报人之上，做任何事情都由他说了算，从不把别人放在眼里。
对于主笔梁启超，汪康年经常摆出一副盛气凌人的架势，许多重要的事情也并不与梁启超商量，甚至连报馆招进一批人的事情，梁启超也一无所知。
报馆内的火药味日趋浓烈，矛盾已经不可调和。1898年初，梁启超愤然写了一封致汪康年的长信，他说：
请兄即与诸君子商定下一断语，或愿辞，或不愿辞，于二十五前后与弟一电（梅福里梁云云便得），俾弟得自定主意。如兄愿辞，弟即接办……如兄不愿辞，弟即告辞，再行设法另办……弟固深以接办为苦，特为诸君所责，不能不姑从耳。非有一毫争心，想兄谅之。
至于此举乃就事而论，《时务报》既为天下想望，不能听其倒败，故不得不勉强支持，是以有此。
虽然梁启超很明白地说明，为了不使今天下人想望、令报人引以为豪的《时务报》轰然倒败，他愿意在汪康年辞职之后接办《时务报》。但汪康年为了牢牢抓住已获得的大权费尽心机，他怎么肯辞职呢？
就这样，梁启超便愤而辞职。没有了梁启超的《时务报》，就不能称其为《时务报》了。它的形式大变，宗旨大变，内容大变。译文不断增多，议论则鲜见，即使有议论，也是汪康年兜售的不合时宜的陈词滥调。
所以，到了这个时候，《时务报》的性质已经完全被改变了，它不再是启迪民智、宣传维新变法思想的阵地了。
广大的民众在失望之余，只有叹息了。
同时，张之洞的其他幕僚们，也感到“议论已竭”的《时务报》已经失去了往日的光彩。到后来，光绪皇帝下谕旨，于1898年7月26日将《时务报》改为官报，并派康有为主管其事。
光绪帝的旨意已下，但是汪康年仍然不肯交权与康有为，他还在《国闻报》上登出“告白”，声言《时务报》为他所办，从而排挤、抹杀了其他几个办报人的名声和贡献。
这一罔顾事实的“告白”，让其他几位办报人非常愤慨。
黄遵宪立即在《国闻报》《申报》上发出声明，一五一十地讲述了五个人同创《时务报》的经过，讲述了主笔梁启超所做的努力与贡献等事实。
梁启超为澄清事实，也专门写了《创办〈时务报〉源委》，驳斥了汪康年独吞《时务报》成果的做法。这样一来，梁启超与汪康年的嫌隙又增加了。
《时务报》报馆发生了这样的事，在当时成了轰动社会的新闻，也变成了街头巷尾议论的热门话题。人们为《时务报》的命运所担忧，为维新人士感到惋惜和愤愤不平，希望康有为立刻夺回报权。
《时务报》几名创始人争斗的原因，不是简单的争权，斗争的性质是维新派与洋务派之间的斗争。在这场激烈的斗争中，梁启超虽然年轻，但是却表现出了他的机智、老练和坚定意志。
随着梁启超的离开，《时务报》再也发不出任何耀眼的光芒，不再给人们带来激情和惊喜，也不再受到人们的关注和追捧了。