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使用Protel 99 SE进行电子线路设计的流程如下。
1.原理图编辑
原理图编辑是电路计算机辅助设计的前提，首先完成原理图的编辑工作。原理图编辑界面如图1-23所示。Protel 99 SE的原理图编辑采用了标准的图形化编辑方式，用户能够非常直观地控制整个编辑过程。在原理图编辑器中，用户可以实现Windows的一些普通编辑操作，如复制、剪切、粘贴等。编辑器中采用了交互式的编辑方法，在编辑对象属性时，用户只需要在所需编辑的对象上双击鼠标，即可打开对象属性对话框，直接对其进行修改，非常直观、方便。
图1-23 原理图编辑界面
2.元器件库的编辑
如果在编辑原理图的过程中，当某一个元器件的电气图形符号在Protel 99 SE已有的电气符号库中找不到时，则需要进入元器件图形符号编辑器中制作相应的元器件的电气图形符号。元器件电气图形符号的编辑界面如图1-24所示。
图1-24 元器件电气图形符号编辑界面
3.电气规则检查
电路原理图设计完成后，在进行PCB设计之前至少需要查明所设计的电路有没有电气连接上的错误，这样才能提高电路设计的效率，避免一些不必要的麻烦。Protel 99 SE提供了强大的电气规则检查功能（ERC），能够迅速地对大型复杂电路进行电气检查，用户可以通过设置忽略电气检查点以及修改电气规则等操作对ERC过程进行控制，检查结果会直接标注在原理图上，方便用户进行修改。
4.电气仿真
必要时，可以通过电气仿真功能，对原理图整体或者局部单元电路进行电气仿真分析，验证电路功能，确定相应的性能指标。
5.生成报表文件
此时可以为系统元器件的采购、工程预算提供依据，生成报表文件。
6.PCB设计
原理图编辑完成后，就可以进入PCB设计阶段，如图1-25所示。与原理图编辑器相似，Protel 99 SE的PCB编辑器也提供了丰富而灵活的编辑功能，用户可以很容易地实现元器件的选择、移动、复制、粘贴、删除等操作，能够直接通过双击对象打开对象属性对话框进行修改，PCB编辑器也提供了全局属性修改，方便用户操控。
接下来完成布局布线的任务。Protel 99 SE有一些极好的手动布线特性，包括绕障碍（slam-and-jam）方式，能够自动地弯折线，并与设计规则完全一致，结合拖拉线时自动抓取实体电气网格特性和预测放线特性，能够在很理想的网格上有效地布置出带有混合元器件技术的复杂板。Protel 99 SE还提供功能强大的自动布线功能，实现设计的自动化。
图1-25 PCB编辑界面
7.元器件封装的设计
如果在PCB设计过程中，当某一元器件的封装图在Protel 99 SE已有的元器件封装库中找不到时，则需要进入元器件封装图编辑器制作需要的元器件封装图。元器件封装的编辑器界面，如图1-26所示。Protel 99 SE也提供了众多常见的PCB元器件封装，用户可以通过加载这些库文件方便地使用，同时也具备完善的库元器件管理功能，用户可以通过多种方式方便快速地创建一个新的PCB元器件封装。
图1-26 元器件封装库编辑器界面
8.设计规则检查
PCB设计结束后，可以使用PCB编辑器中的设计规则检查功能，对PCB进行检查，确保是否存在不符合设计规则的操作。必要时，可以从PCB文件中抽取网络表文件，与原理图网络表文件进行比较。
9.分析功能
有些高速板必要时需要通过信号完整性分析功能，验证所设计的PCB的电磁兼容性指标是否达到要求。确认无误后，即可填写PCB制作工艺，例如覆铜板参数、焊盘处理工艺等。如果系统中存在PLD，则需要进入PLD仿真操作，生成PLD烧录文件。