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科学化决策参与程度较低
。在制度层面对决策咨询的智库没有给予准确定位，在操作上无法形成规范的决策咨询程序，无法把智库参与科学决策、民主决策、专家参与决策的意见落实下来。
尽管“十二五”规划纲要专门就完善科学民主决策机制进行了论述，但在当前的公共决策过程中并没有明确的法律、法规来规范政府决策中的咨询环节和程序，从而使我国智库产品的需求不足，成为影响智库发展壮大的关键障碍。
智库发展的政策支持力度不够 。尽管目前我国已经出台了智库建设的意见和高端智库试点方案等政策文件，但是在具体操作过程中，缺乏有针对性的配套支持政策。例如，税收减免支持政策、财政支持政策、国际交流出国审批便捷化政策、科研激励等方面的政策缺乏或不能适应目前智库建设的需求。
智库发展无法满足决策需求 。长期以来，我国现代智库建设滞后，智库提供的产品和服务难以满足各级党政机构的决策咨询需求，主要表现为三个方面：一是智库提供的决策咨询成果供给数量不足；二是智库产出与成果的决策转化之间渠道不畅，智库与政府需求没有有效衔接，决策者与专家之间信息不对称，决策者掌握的数据和智库掌握的数据存在较大偏差；三是智库成果质量不高，难以达到决策咨询的需求水平。从智库咨询成果内容来看，短期性、应付性研究成果较多，长期性、战略性和思想性的研究相对较少，有些智库甚至成为党政部门的办事或秘书性质的业务机构，根本没有精力去研究重大战略问题，因此，智库提供的产品难以满足各类党政机构的战略性决策咨询需求。
国家治理层面智库定位不够清楚 。从国家治理体系和治理能力现代化的角度来看，中国智库作为现代国家政府决策体系不可缺少的组成部分，它要履行和实现的是其自身的功能性特征。中国智库建设首要而紧迫的任务，来源于现实中国发展内外环境和条件的复杂性，来自于当前国家发展面临的各种内外部挑战的决策需要。因此，从发生学意义上来说，中国智库有着更为鲜明的“工具性”特点，这是自然的也是必需的。从中国智库发展定位作“工具性”和“功能性”区分，可以看出，“工具性”是中国智库建设的出发点，但“功能性”才是中国智库发展的真正落脚点。这里，“工具性”和“功能性”具有中国文化中“体”与“用”关系范畴特征。“工具性”是“功能性”的实现形式，无“工具性”即无“功能性”可言；“功能性”存在于“工具性”之中，但仅有“工具性”而没有“功能性”认知，其智库的“工具性”便没有了依归，自然也谈不上更好地发挥智库作用。
智库市场主体相对单一
。从全球智库的发展趋势来看，半官方的、民间的独立智库越来越多，但我国现有智库中，官方和半官方性质的智库占据智库体系的绝对主体，社会民间智库仍然偏少。据相关统计，社会民间智库仅为我国智库总数的5%。社会民间智库具有良好的自主性和本土性，社会民间智库的发展滞后，一定程度上导致具有社会性和本土性的公共决策咨询需求难以得到有效满足。
由于以政府智库为主导，而官方智库的经费来源主要是财政拨款，智库内部主要实行相对比较行政化的管理模式，智库面向市场程度不够，造成其独立性和市场化的运行机制水平较低，没有形成政府智库、大学智库和社会智库竞争合作、相互补充的市场机制。
市场运行机制不够完善 。第一，当前存在政府与智库地位严重不对等现象，面对决策者，智库的思想贡献和价值几乎没有议价能力，有时还存在为了附和决策者而提出违背客观性原则的观点；第二，智库产品价值难以体现，目前通过政府下拨的财政资金、委托项目的费用与智库人员付出的劳动和成果价值严重不符；第三，中国智库市场各个主体之间尚未形成良好的产业链条，如不少智库不知道如何与政府决策部门沟通，多数智库通过媒体提升影响力的水平还有待提升，在一些重大问题上对社会舆论的引导能力不够。因此，智库市场上政府与智库、智库与媒体、智库与公众之间的关系还有待进一步磨合和规范。
缺乏具有权威性的智库评价标准体系 。尽管上海社科院、零点国际发展研究院、中国网以及目前仍然在设计智库排名的几家研究机构都提出了一些智库排名或评价标准，或多或少地借鉴了美国宾夕法尼亚大学“智库与公民社会项目”（TTCSP）主导的《全球智库报告》的框架，但其公众认知度和国际影响力还不高。我国智库排名和评价标准的影响力将决定我国智库在未来全球的影响力和价值，甚至国家的软实力，因此，尚需进一步完善提升其全球和国际视野，结合中国实际情况，构建具有国际影响力的智库行业标准体系。另外，由于标准体系的不完善，造成缺乏有效的智库成果评估机制和办法。
定位不清晰，独立性欠缺 。多数智库的专业化、特色化不鲜明，各类智库功能定位和边界不清。一方面，智库分类不清楚。既没有官方组织认定的权威分类和定位方面，社会分类和定位也是大不相同，多种多样，价值取向多元，无序竞争。另一方面，定位不明晰。多数智库发展方向性模糊，难以形成长期的竞争力，从而导致发展目标趋同，毫无特色，智库的公信力丧失。
人员结构不够合理
。一方面，我国智库人员主要是学者型人才，反观欧美发达国家的智库，人员构成多元化明显，包括学者、前高官、企业家等各类人才。另一方面，我国多数智库研究人员知识结构和履历经验不够。由于智库研究人员主要是学者，理论知识基础比较扎实，研究经验和能力也比较强，但是由于长期以来政府和智库之间人才流动不太通畅，造成我国智库研究人员缺乏政府决策经历，对政府决策过程和政治规则了解不深，对于国际政治规则实践经验更是很少，导致提出的政策建议在可操作性上较差。例如，美国战略与国际研究中心称呼他们的学者为“政治家学者”
。
多元化融资机制尚待完善 。一方面，我国政府决策咨询方面的财政拨款大部分流向了官办、半官办智库，社会智库的筹资渠道非常少，多元化资金筹措机制不健全，导致生存困难。另一方面，即使是政府下拨的财政拨款，也严重不足，不足以保障高质量的研究成果。另外，由于公民捐赠意识淡薄，企业、个人、基金会捐赠收入偏低。
国际化水平相对较低
。尽管近两年我国智库对外交流明显增强，但其国际化程度远远不够。一是“走出去”的智库相对较少。当前我国智库主要是与国际智库展开合作，很少在国外设立分支机构，无法为中国更多地参与全球事务提供思想支撑。二是我国智库发挥影响力的国际平台缺乏。目前我国智库虽然已经构建了一些国际性的智库平台，如中国国际经济交流中心两年一度的全球智库峰会、博鳌亚洲论坛等。三是国际话语权弱。我国智库尚未形成干预和引领全球智库话语权的能力，无法创造出令各国争相讨论的重大战略名词和理念，如欧美智库提出的“历史终结”“金砖国家”“利益攸关方”“G2”“巧实力”“财政悬崖”等理念，中国智库只能跟随讨论、反驳或应付。
四是我国智库国际化还存在一些体制机制的障碍。例如，目前对智库召开国际学术研讨会和参加国际交流的科研人员出国的审批手续繁杂、审批周期长、境外时间短、经费限制等问题突出，有些智库领导和研究人员出访严格按照政府机关公务人员管理，不考虑智库的学术研究特点和工作需要，实行“一刀切”的外事管理办法，严重阻碍智库人员“走出去”了解国际动态，“走出去”做研究更困难。
智库思想营销能力较弱 。我国智库对整体思想成果的整体营销能力较弱，在营销推广的各个环节，包括项目设计、调研、撰写、评估、报送、传播等没有高水平的谋划。另外，专业化的智库思想营销人才相对缺乏，尤其是国际型的智库营销人才，造成智库思想的国际传播远远落后于发达国家智库。