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我国智库普遍存在着 方向不清、定位不准、同质竞争、功能缺失、活力不足、缺乏协同 等问题。中国智库主要脱胎于行政机构或事业单位，目前很多智库机构同时具有体制内单位身份，其管理基本上按照一般体制内事业单位的方式来管理，没有体现出智库作为服务于决策的思想品生产机构的特色。智库本身的特点和功能性要求与现有行政事业单位管理模式的“错位”问题已经显现，按照现有的管理模式，智库研究人员在参加国际交流、研究报酬获得、职称评定、业绩考核等方面，都存在着实际的困难。目前中国还没有智库筹资、捐赠等方面的相应制度安排。作为思想品生产组织，人是智库中最核心的资产和财富，而对智力产品生产过程的管理、最终成果的评价和生产者的激励，是任何制度体系下的智库都要面临的共通性问题。
在国际上，中国智库的影响力并不出众，与美国布鲁金斯学会、彼得森国际经济研究所、美国卡内基国际和平基金会、比利时布鲁盖尔研究所等世界一流智库的影响力相比，仍有较大差距。自新中国成立以来，我国沿袭苏联的专业科研体系，形成了各有分工的研究机构，但随着中国经济市场化改革的推进，计划体制下的科研分工已经不适应现代国家治理的需要，从而使其在专业研究上大打折扣。这是因为官方或半官方智库大都隶属于政府部门，其研究的问题大都来源于政府相关部门的立项、指派，研究成果也要由委托机构开展组织审核、评议等，因此这些智库很少有研究的自主权，往往不会自己组织经费开展长期战略性、前瞻性研究，研究内容跟随政府或企业委托项目随时变化，往往会失去其独有的立场和特色。
有些智库有自己的经费可以开展独立研究，但是重复性研究较多，有时研究目的性不强，容易陷入泛泛研究，或者是很多智库一窝蜂地去研究同一问题，但很少有创新观点，研究的同质化严重。长期以来，我国对言论自由实施严格管控，造成很多智库机构缺乏一贯的价值主张，很难以某些政策主张而闻名于世；再加上中国根深蒂固的集体成果思想，并不鼓励个体展现其影响力，从而使研究者很难以个人名义陈述观点，尤其是与机构集体价值主张不一致的观点。例如，中国社科院下设多个专业院所，虽然这些专业院所在中国具有较高的影响力，但固化的人事制度已经造成有影响力的人才流失，有些院所缺乏领军人物和杰出人才，很难提出有影响力、有重要价值的思想产品。
由于在我国的公共决策过程中，政府各部门拥有最大的话语权，因此体制内的智库往往各显神通，依靠各自渠道影响决策过程，但是由于我国公共决策虽然强调公众参与和专家咨询，但却没有明确的法律法规或制度安排，这就造成能够上达核心决策层的智库寥寥无几。从总体上看，我国智库对国家战略制定的参与度较低，智库研究成果的转化和应用也缺乏制度化设计。尤其是民间智库更是没有渠道来影响政府部门的决策，而体制内的官办智库具有渠道先天优势。
新型智库为了完成公共外交的重要功能，需要智库人员“走出去”，扩大对外交流、拓展国际视野、发出中国声音、提出中国方案。但目前对智库召开国际学术研讨会和参加国际交流的科研人员出国的审批手续不仅烦琐复杂，而且审批周期长。智库领导和研究人员出访严格按照政府机关公务人员管理，不考虑智库的学术研究特点和工作需要，实行“一刀切”的外事管理办法，智库人员的出访经费和出访时间都受到严格限制。这不仅使智库人员“走出去”了解国际动态变得困难，“走出去”做研究更是难上加难。
智库的评价体系包括对智库科研人员的评价和对智库的评价。
第一，没有独立的智库科研人员职称评定系统 。智库应构建跨领域、跨国、跨学科的研究机制和人才结构，致力于解决系统复杂问题，有的智库主要是发挥“临门一脚”的决策咨询作用。但智库科研人员职称评定时依然把学术论文作为主要评判指标，由于传统的职称评定体系的影响，智库科研人员往往存在着决策咨询与学术研究之间的冲突，科研人员为了满足科研考核，不得不在学术期刊上发表文章，而其取得的智库研究成果，往往都得不到职称评定机构的承认，通常还被认为是研究成果“碎片化”，造成机构评价与社会评价之间的脱节。
第二，没有一套科学化的智库评价模式 。科学化的智库评价需要明确的智库评价目标，评价指标体系反映智库目标和智库运行的因果关联；智库评价指标能够客观真实地采集到系统运转的现实指征。构建评价机制，明确智库评价主旨，通过智库评价，规范智库发展，提升智库总体发展水平。目前我国的智库评价还主要是由一些智库机构在做，很难保证评价的公正性和科学性。
能否得到全面、准确的信息对于智库的生存和发展有着决定性影响，因此，许多国家十分重视给予智库信息上的扶持。例如，西方发达国家的政府通过驻外使馆、贸易部、联合国等国际机构取得有关国外咨询业务或项目的相关情报，再通过国内有关部门传递给各个智库。同时，西方发达国家非常重视建立各种数据库和联机检索系统，为智库收集、处理和提供信息。与此相比，我国政府对智库的信息支持仍然比较薄弱。目前，各级政府共享的主要是面向操作业务和管理的信息，而面向研究和决策的信息则相对缺乏。此外，我国在大型数据库和联机检索系统的建设方面仍然比较滞后，智库发展所需的信息共享机制尚未充分建立。
我国体制内智库虽然招聘了不少有研究特长的博士、硕士，但是往往缺少科学的培养规划，再加上内部管理的行政化色彩浓厚，在很大程度上造成既懂政策又懂理论的复合型专业人才缺乏，且不能与国家治理体系与治理能力现代化相匹配。
概括来说，我国智库队伍存在学术化、经院化、部门化、碎片化等弊端，缺少具有国际影响力的智库领军人物。即便是由政府部门“旋转”到智库的研究人员，也很难沉下心来开展费时耗力的经得起推敲的论证研究。体制外的智库虽然可以不受体制束缚，可以吸引到更多的复合型专业人才，但是却很难了解到政府的真实需求，很难通过有说服力的研究成果影响政策的制定。为此，体制外的智库往往变成为政府或企业服务的咨询服务机构，或者成为提供会议服务的中介组织，同样不适合复合型人才的集聚生存。由于管理体制、收入差别等原因，吸引社会优秀研究人员加入智库机构有一定难度。
在智库的科研创新中，人是最重要的因素。2016年7月和11月，中共中央办公厅、国务院办公厅印发了《关于进一步完善中央财政科研项目资金管理等政策的若干意见》和《关于实行以增加知识价值为导向分配政策的若干意见》，提出了一系列给科研人员“松绑+激励”的政策措施。一是简化预算编制，下放预算调剂权限。二是提高间接费用比重，加大绩效激励力度。三是明确劳务费开支范围，不设比例限制。四是改进结转结余资金留用处理方式。五是自主规范管理横向经费。目的是承认人才和智力劳动的价值，在全社会营造尊重劳动、尊重知识、尊重人才、尊重创造的氛围，实行以增加知识价值为导向的分配政策。为了加强制度建设和工作督查，确保政策措施落地见效，《意见》提出，2016年底前，项目主管部门要制定出台相关实施细则，项目承担单位要制定或修订科研项目资金内部管理办法和报销规定。但目前中央政策落实并不到位，智库上级主管部门依然要求科研项目负责人必须严格执行经核准的项目预算，课题组成员不允许支付劳务费，但科研工作不确定性大、周期长，实际支出与预算通常很难“严丝合缝”。因此，亟须加强对政策措施落实情况的督查指导。
与一般的营利性企业相比，智库的逐利倾向较弱而公益倾向较强，因此许多国家在税收政策方面都给予了一定的支持。在西方发达国家，智库享有免征企业所得税和财产税的优惠政策，公司和个人对智库的捐赠可从应缴纳的税额中扣除。例如，加拿大规定小企业凭咨询专家的证明，可以到税务局退现款；日本政府从税制上对本国企业在国外承接咨询业务给予一定的税收优惠。
目前，我国的税收政策所涉及的主要是数量较少的民间智库。根据注册类型，我国的民间智库可以分为民办非企业法人型智库和公司法人型智库。根据企业所得税法的规定，民办非企业法人型民间智库免征企业所得税，其从事的公益性业务享受税收优惠政策。然而，对公司法人型民间智库并没有相应的税收优惠政策。为促进公司法人型民间智库的发展，应对其承担的财政性经费课题免征企业所得税，实现与其他类型智库一视同仁；对其承担的其他公益性研究课题，给予与民办非企业法人型民间智库相同的税收优惠；对企业、社会组织和公民个人公益性研究项目的捐赠给予适当的税费减免。