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1999年，人乳头状瘤病毒（HPV）DNA检测作为巴氏试验结果——非典型鳞状细胞（ASC-US）的辅助性检测获得美国FDA认证。2003年，HPV DNA检测获得FDA的进一步认可，作为30岁以上女性巴氏试验的常规辅助检测。为统一女性异常宫颈细胞临床处理方法，2001年美国国家癌症研究所在马里兰州贝塞斯达举行了妇科细胞、病理及其他领域方面的专家研讨会。会议一致通过推荐宫颈液基细胞学判读为ASC-US的女性应同时常规检测HPV DNA，或称之为反馈性HPV DNA检测（reflex HPV DNA testing），这种推荐确立了美国HPV DNA检测的主要市场。几项大的研究均证实对巴氏检测为ASC-US的女性做HPV检测非常有价值。据最新研究统计，美国巴氏筛查85%ASC-US的女性在随后阴道镜检和常规宫颈细胞学复查前均做了HPV DNA检测。目前，在美国细胞学检查为ASC-US的女性做反馈性HPV DNA检测通常比30岁以上女性常规辅助性HPV检测应用更为广泛，多数研究表明前者比后者的成本效益更好。
最早的HPV筛查方法始于英国和荷兰。欧洲许多地方正在致力于临床试验，想证实HPV DNA检测是否可以取代巴氏试验作为独立的宫颈癌筛查首选方法，即先做高危HPV检测，对高危型HPV阳性的女性再行宫颈细胞学检查。对于这一宫颈癌筛选观念和策略转变的可行性和实用性，欧美等国家争论得非常激烈。支持HPV检测作为初筛方法的专家们认为：高危型HPV DNA检测发现癌前病变的敏感性高于细胞学检查，宫颈癌筛查行HPV DNA检测能早期发现CIN3及以上病变，这类病变的早期检测可以延长筛查间隔时间。支持仍然以细胞学检查作为初筛方法和结合HPV作为辅助检测的研究者们强调：巴氏细胞学试验具有最大的成本-效益，可使宫颈癌的发生率最低化，在宫颈癌筛查中，其发生率和死亡率明显降低是巴氏试验普及的依据。部分学者认为基于这种层次和水平，应该寻求新的替代技术。尽管大多数临床试验证明HPV DNA检测CIN2/3或宫颈癌的敏感性要优于传统涂片，但也有几个国际性的试验结果表明，纠正试验的偏倚后，液基细胞学检测的敏感性与HPV检测相同。由于HPV检测的阳性预测值很低，到目前为止，任何方法都不能证明初始HPV筛查比反馈性试验增加HPV试验的阳性预测值和成本-效益。
欧洲HPV筛查的倡导者们继续推行另一实验以证明初始HPV筛查的效益，他们认为也许对HPV阳性女性进行细胞学检查，可发现宫颈癌前病变（CIN2/3/AIS），最大限度地减少宫颈癌的发病率和死亡率，因为死亡率主要归因于浸润性宫颈癌。未来10年，欧洲某些地区将可能尝试这种筛选方案。在HPV检测试剂公司的赞助下，类似的临床实验也可能在美国进行以获得FDA认证，同意以HPV检测作为唯一的宫颈癌初步筛选方法，这样的临床项目和试验结果将会作为宫颈癌筛查的密切关注对象，并且可在疫苗后时代进一步发展。