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在软件技术发展的第二阶段，随着计算机硬件技术的进步，要求软件能与之相适应。然而，软件技术的进步一直未能满足形势发展提出的要求，软件质量得不到保证，软件成本不断上升，软件开发的生产率无法提高。这些问题积累起来，形成了日益尖锐的矛盾，这就导致了软件危机。
早在20世纪60年代末，美国国防部和软件界有关人士首先提出了“软件危机”的警告。软件危机主要体现在以下几个方面：
（1）难以正确估计软件开发的成本和进度，软件研制成为武器装备研制进度延误、研制经费超支和物资浪费的主要因素。
（2）软件质量不高、不可靠，用户经常不满意“已完成”的软件系统。
（3）没有适当的文档来记录软件开发过程中的信息及变化，软件常常不可维护。
（4）软件生产率越来越低等。
长期以来软件危机一直存在，几乎每个重大项目的失败，问题往往都可以归结到风险最高的部件——软件，软件问题已成为引起武器系统交付延迟、系统故障失效的主要原因。美国国防部软件研究计划的负责人回顾 82 个大型军事采办计划时，发现大多数软件研制项目比计划进度推迟约 20 个月完成，推迟项目的数量是非软件密集项目计划的 3 倍，该负责人还说：“国防部由于未能解决软件问题受到了巨大的惩罚，惩罚不仅是软件推出的时间推迟，而且这使作战能力大打折扣。”
软件危机产生的原因，有客观上的，也有主观上的，主要包括以下几个方面：
（1）软件不同于硬件，它是计算机系统的逻辑部件而不是物理部件。在写出程序代码并在计算机上试运行之前，软件开发过程的进展情况较难衡量。很难检验软件开发的正确性，且软件开发的质量也较难评价。因此，控制软件开发过程相当困难。此外，软件维护常常意味着修改原来的设计。这样，维护的费用十分惊人，客观上使得软件较难维护。
（2）软件开发的过程是多人分工合作，分阶段完成的过程，参与人员之间的沟通和配合十分重要。但是，相当多的软件开发人员对软件的开发和维护存在不少错误的观念，在实践过程中没有采用工程化的方法，或多或少采用了一些错误的方法和技术，这是造成软件危机的主要原因。
（3）开发和管理人员只重视开发而轻视问题的定义，使软件产品无法满足用户的要求。对用户的要求没有完整、准确的认识就急于编写程序，这是许多软件开发失败的另一主要原因。事实上，许多用户在开始时并不能准确具体地叙述他们的需要，软件人员需要做大量深入细致的调查研究工作，反复与用户交流信息，才能真正全面、准确地了解用户的要求。
（4）软件管理技术不能满足现代软件开发的需要，没有统一的软件质量管理规范。首先，文档缺乏一致性和完整性，从而失去了管理的依据。因为程序只是完整软件产品的一个组成部分，一个软件产品必须由一系列配置项组成，不能只重视程序还应当特别重视软件配置。其次，由于成本估计不准确、资金分配混乱、人员组织不合理、进度安排无序，导致软件技术无法实施。
（5）在软件的开发和维护关系问题上存在错误的观念。软件维护工作通常是在软件完成之后进行的，任务艰巨复杂，需要花费很大的精力。所以做好软件的定义工作，是降低软件成本，提高软件质量的关键。如果软件开发人员在定义阶段没有正确、全面地理解用户要求，直到测试阶段才发现软件产品不完全符合用户的需要，这时再修改就为时已晚了。另外，在软件生存周期的不同节点进行修改需要花费的精力差异很大。在开发早期引入变更，涉及面较小，付出的代价较低；在开发中期，软件配置的许多成分已经完成，引入一个变更可能需要对所有已完成的配置成分都做相应的修改，不仅工作量大，而且逻辑上更复杂，因而付出的代价剧增。在软件“已完成”后再引入变更，则需要付出更高的代价。因此，必须把软件维护的观念引入软件开发的各个阶段，建立起软件开发与维护的正确关系。
产生软件危机的根源，归结起来主要有4点：
（1）缺乏软件开发的经验和有关软件开发数据的积累，使得开发工作的计划很难制订。主观盲目地制订计划，执行起来和实际情况有很大差距，致使经费预算常常突破。对于工作量估计不准确，进度计划无法遵循，开发工作完成的期限一拖再拖。
（2）软件需求在开发的初期阶段提得不够明确，或是未能得到确切的表达。开发工作开始后，软件开发人员和用户又未能及时交换意见，使得一些问题不能及时解决而隐藏了下来，造成开发后期矛盾集中暴露。
（3）开发过程没有统一的、公认的方法论和规范指导，参加的人员各行其是。加之设计和实现过程的资料很不完整；或忽视软件开发人员的工作接口，发现问题修修补补，使得软件很难维护。
（4）未能在测试阶段充分做好验证确认工作，提交用户的软件质量差，在运行过程中暴露出大量的问题。在应用领域工作的不可靠软件，轻者影响系统的正常工作，重者发生事故，甚至造成生命财产的重大损失。