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然而，此时朝廷所能号令的，除了京城建康，只有三吴地区（即吴郡、吴兴、会稽三郡，今江苏南部、浙江大部）而已，西面的大片国土都控制在桓玄、殷仲堪等藩镇手中。
司马元显年轻气盛，少年心事当拏云，初生牛犊不怕虎，当然不能容忍这样的局面长期存在下去。
他开始为西征做准备—一面大量征集钱粮，一面大肆征兵。
作为一个含着金钥匙出生的公子哥，他对百姓疾苦完全没有概念，只知道拼命给地方（当然只局限于东晋中央所能控制的三吴地区）压任务，其要求之严厉，看看这些杀气腾腾的宣传语就知道了：
上缴任务完不成，国家让你活不成！
谁要敢晚交一天，让你全家上西天！
……
三吴百姓的负担陡然加重，一时间民怨沸腾，民不聊生。
煤气压缩到了极点会爆炸，百姓压榨到了极点会造反。
既然一无所有，不如义无反顾！
公元399年，10月，一场席卷江南的大规模叛乱爆发了。
领头的是孙恩。
孙恩的叔父孙泰是东晋五斗米道（即天师道，相传为东汉张道陵所创）首领，后因信徒太多、势力太大而受到当局猜忌，被以“阴谋颠覆国家政权”的罪名处死。孙恩带着一百多名死党逃亡到东海上的舟山群岛，时刻准备报仇雪恨。
得知江东人心骚动，孙恩趁机率部从海上登陆，一举攻克了浙东重镇会稽（今浙江绍兴）。
见有人领头造了朝廷的反，三吴百姓如闻到花香的蜜蜂一般群起响应—仅十几天的时间，孙恩的部众就达到了几十万人！
司马元显大惊，急调刘牢之率北府军前去平乱。
时年37岁的刘裕作为刘牢之麾下的参军，也参加了这次战事，并一战成名，成了家喻户晓的战斗英雄。
当时刘裕奉命率数十人前去侦察敌情，没想到遭遇了一支数千人的起义军大部队。
尽管刘裕拼力死战，但毕竟众寡悬殊，他的部下不久就伤亡殆尽，刘裕本人也因一脚踩空，跌落到了河岸下面。
此时，无数起义军蜂拥而至，在岸上居高临下，想要击杀刘裕。
刘裕毫不畏惧。
要想保命，唯有拼命！
要想绝处逢生，唯有奋不顾身！
他挥舞着长刀仰着头奋力砍杀，连杀岸上的起义军数人。
趁起义军稍有退却，他又一跃而起，一下子跳到了岸上。
此时他早已把生死置之度外，一边厉声高呼，一边冲入起义军阵中，所到之处如入无人之境，人挡爆头，车挡爆胎，长刀与头颅齐飞，战袍共鲜血一色……
起义军虽然人多势众，但大都是未经训练的乌合之众，从来没有见过这样的猛人。
一时间他们被刘裕的气势吓住了，竟然全都四散而逃—仿佛鸡群遇到闯入的老虎一样！
此时，刘牢之的儿子刘敬宣因刘裕很久没回，担心出事，率大军赶来救援，却惊讶地见到了刘裕一个人驱赶数千人的震撼场面。
刘敬宣当然不可能放过这种痛打落水狗的机会，也立即率部加入战斗。
起义军大败，被斩杀千余人。
经此一战，刘裕一下子从籍籍无名变成了天下闻名！
接下来，刘裕又跟随刘牢之继续作战。
在身经百战的北府军面前，起义军的战斗力就显得很业余了，孙恩连战连败，只好带领着男女二十余万残军，狼狈逃回了舟山群岛。
不过，就像小池塘养不了大鲸鱼一样，这样一个小小的海岛也不可能养活这么多的部众，因此在过了几个月后，孙恩不得不带着部众再次登陆，攻打会稽（今浙江绍兴）。
此时驻守会稽的是东晋名将谢琰。
谢琰是谢安的次子，早年曾和堂兄谢玄等人一起指挥过淝水之战，但木秀于林，风必摧之，在谢安、谢玄等人相继去世后，谢家受到排挤，谢琰也一直郁郁不得志，眼看着当年自己的手下刘牢之如今炙手可热，心里更是极不平衡。
他满腹牢骚，成天沉浸在对往日荣光的回忆中。
有人劝他加强战备，以防孙恩卷土重来。
他毫不在意地说：当年苻坚有百万之众，照样是老子我的手下败将，何况小小的蟊贼孙恩？
得知孙恩来袭的消息时，谢琰正打算吃饭，他把碗一推：先灭此贼再吃饭也不迟。
随后他披挂上马，仓促率军迎战。
轻敌和轻信一样，往往是要付出代价的。
最终，谢琰被孙恩诱入伏击圈，兵败身死。
之后，孙恩又乘胜转战浙东沿海一带，所到之处势如破竹。
司马元显不得不再次请出刘牢之和北府军。
孙恩对能征惯战的北府军十分忌惮，加上临近年底，他这段时间抢了不少战利品，足够过一个欢乐富足的新年了，也就不再恋战，又逃回了舟山群岛。