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刘裕参加的这支部队，是东晋名相谢安为了应对前秦的威胁而专门组建的，首任统帅是谢安的侄子谢玄，当时的驻地就在刘裕的家乡京口，因京口又名北府，故史称北府军。
北府军的兵源大多是聚居于京口、广陵（今江苏扬州）一带的北方流民，能从烽火连天的北方杀出一条血路来到南方的流民们个个都是强悍之辈，因此北府军的战斗力极为强悍。
创建不久，北府军就大放异彩—在名垂青史的淝水之战中以少胜多，战胜了号称百万的前秦大军！
在多年的征战中，北府军中涌现出刘牢之、何谦、诸葛侃、高衡、刘轨、田洛、孙无终等一大批名将。
其中最为著名的是刘牢之。
刘牢之勇略过人，洛涧一战中他身先士卒，击斩前秦大将梁成，为晋军在淝水的胜利奠定了基础，接着又在随后的北伐中屡建奇功，战功卓著，威名远扬，是北府军的旗帜性人物。
淝水之战后，东晋最大的对手前秦土崩瓦解（详情参见我之前的那本《彪悍南北朝之十六国风云》），面临的外部压力也陡然减轻。
正如被压紧的弹簧一旦撤除外力会迅速扩张一样，当初在强敌压力下被迫团结起来的东晋朝廷一旦没有了外敌，其内部矛盾也迅速膨胀。
新一轮的内斗开始了。
作为军界王牌的北府军，自然也不可避免地卷了进去。
当时在位的，是孝武帝司马曜。
为了提振皇权，他想方设法排挤功高震主的谢安，大力扶植自己的同母弟会稽王司马道子。
没想到谢安去世后，羽翼已成的司马道子居然成了孝武帝最大的对手！
孝武帝心里那个郁闷。
本想与你携手对抗世间风雨，没想到这世上最大的风雨，竟是你所赐！
这段时间，司马道子身兼录尚书事、都督中外诸军事、扬州刺史、太子太傅等多个军政要职，党羽众多，权倾天下，独断专行，让孝武帝大为不满。
兄弟两人的矛盾也愈演愈烈。
公元396年，孝武帝在宫中暴卒，太子司马德宗继位，是为晋安帝。
晋安帝是个真正的白痴，说他蠢笨如猪，那完全是对猪的侮辱。
不要以为这是我夸张，有书有真相。
史书上明确记载：帝不惠，自少及长，口不能言，虽寒暑之变，无以辩也。
话都不会讲，冷热都分不清。
这样一个连生活都不能自理的人，他怎么能治理国家？
皇帝如此傻帽儿，引无数阴谋家竞折腰。
晋安帝在位期间，东晋爆发了一波又一波如滔滔江水连绵不绝的动乱。
首先发难的是继谢玄后出任北府军主帅、坐镇京口的青、兖二州刺史王恭。
王恭出身于名门太原王氏，其妹王法慧是孝武帝的皇后，作为皇帝的小舅子，他是孝武帝的死党，和执政的司马道子水火不容。
公元397年，司马道子与其心腹王国宝等人密谋，打算削减王恭和另一位孝武帝亲信—时任荆州（治所今湖北江陵）刺史的殷仲堪兵权。
王恭当然不可能坐以待毙，便联络了殷仲堪，一起举兵，以清君侧为名要求诛杀王国宝。
危机面前，司马道子尽显草包本色，他顿时吓尿了，慌忙下令赐死王国宝，还派人去低声下气地给王恭道歉。
目的达到，王恭也见好就收，撤兵回了京口。
而荆州那边的殷仲堪虽然口头上答应了王恭，但他胆小怕事，一直没敢行动，直到王国宝被杀了，才开始气势汹汹地领兵东下。
司马道子又不得不写信道歉劝阻，一下子给殷仲堪送上了五百多顶高帽子。
殷仲堪赚足了面子，也志得意满地回去了。
不过，向下属低头认㞞毕竟是一种很不开心的人生体验，司马道子当然不想就这样善罢甘休。
谯王司马尚之给司马道子出了个主意：如今藩镇强大，中央弱小，咱们应该在外边多培植忠于朝廷的藩镇。
司马道子深以为然，很快就开始付诸行动。
他任命心腹王愉出任江州（治所今江西九江）刺史，同时为了增强其实力，还专门从临近的豫州（治所今安徽和县）划出了四个郡给江州。
豫州刺史庾楷对此反应强烈，立即上书给司马道子，要求收回成命。
司马道子不肯—我牙口虽然不太好，啃不了王恭这样的硬骨头，但要吃你这样的软柿子还是绰绰有余的！
然而，庾楷虽然是个软柿子，却并非没脑子。
他马上找到了京口的王恭：起初，他们追杀戴黑帽子的人，我没有说话，因为我没戴黑帽子；接着他们追杀戴红帽子的人，我没有说话，因为我戴的是绿帽子……后来他们追杀戴绿帽子的人，却再也没人为我说话了……
王恭：还是开门见山吧。
庾楷这才说道：如今朝廷中的司马尚之，比之前的王国宝还过分。看这样子，削藩是迟早的事。我们应该联合起来，早作打算。
作为地方实力派的一员，王恭当然不会不知道唇亡齿寒的道理。
他爽快地同意了庾楷的要求，同时又派人去通知自己的老盟友—荆州刺史殷仲堪。
殷仲堪对此也表示赞成，并推举王恭为盟主，约定一起发兵，进逼京城。
不过王恭的这个决定遭到了手下大将、北府军核心人物刘牢之的反对：将军您是皇帝的舅舅，会稽王是皇帝的叔叔，都是一家人，上次他还为了您杀了宠臣王国宝，可见他对您还是很尊敬的。这次他把庾楷手中的四个郡划给王愉，跟您又有什么关系呢？
王恭对出身寒门的刘牢之向来就不大看得起，当即毫不客气地否决了刘牢之的建议。
你一个大老粗，懂个啥！踩三轮车的竟然来指导我怎么开劳斯莱斯，也不撒泡尿自己照照！
刘牢之只能悻悻而去。
王恭再次起兵的消息很快就传到了京城建康，司马道子大为震惊。
他的儿子司马元显此时年仅17岁，向父亲进言说，上次您姑息养奸，才有今日之难。这次我们可不能再让步了！
司马道子早已吓得六神无主，见儿子主动请缨，便干脆把防务全权委托给司马元显负责。
司马元显虽然年轻，眼光却比他父亲老辣得多。
他深知王恭之所以如此咄咄逼人，是因为手中有北府军这个王牌，而在北府军中，王恭只是名义上的最高领导，真正的灵魂人物是猛将刘牢之。
如果失去了刘牢之，王恭就成了失去蛛网的蜘蛛，只能坐以待毙！
他一下子就有了主意。
很快，刘牢之在军营中见到了一个自己的老战友—曾是北府旧将的庐江太守高素。
高素给他带来了一封司马元显的亲笔信，信中承诺，只要他愿意倒向朝廷，事成之后，就将王恭现在的职位授予刘牢之。
刘牢之动心了—他早就看不惯这个盛气凌人的顶头上司了，更何况还有这样高的回报！
数日后，作为王恭军前锋主将的刘牢之突然在前线发动兵变，率部投降朝廷，并派其子刘敬宣回军攻打王恭。
毫无防备的王恭怎么可能是刘敬宣和北府军这种虎狼之师的对手？
很快，他就败下阵来，向京口城败退。
到了城下，他却发现城池已经被刘牢之的女婿高雅之占领了！
无奈，他只好拨转马头，狼狈逃窜。
但由于他平时养尊处优，很少骑马，逃了没多远，大腿内侧就磨破了皮，疼痛难忍，他不得不改乘小船。
这样一来，速度自然就慢了，没过多久他就被北府军抓获，送往建康斩首。
东路的王恭就此灰飞烟灭，西路的荆州刺史殷仲堪也成了惊弓之鸟。
殷仲堪是文人出身，因受到孝武帝信任而空降到了荆州，在那里并没有什么根基，他之所以能立足主要依靠的是两个副手—杨佺期和桓玄。
杨佺期时任南郡相，他出自关中著名大族弘农杨氏，但由于过江较晚，在江南不被认可，因此杨佺期一直有一种“清华被电大鄙视”般的愤愤不平，很不服气。
也正因为如此，他出人头地的欲望特别强烈，打仗不要命，以骁勇善战而闻名。
桓玄则是东晋权臣桓温的幼子，成年后先后出任太子洗马、义兴（今江苏宜兴）太守等职，不过自视甚高的桓玄对这样的职务极其不满意：父为九州伯，儿为五湖长！
不久，他就炒了朝廷的鱿鱼，挂冠而去，回到了江陵。
由于父亲桓温、叔叔桓冲在荆州多年的经营，桓家的门生故吏遍布全州，因此他虽然没有官职，但在荆州却有着无人可比的影响力。
可以这么说，如果把殷仲堪的荆州军比作一幢房子的话，那么桓玄和杨佺期就相当于两面最重要的承重墙—如果离开了桓、杨两人，殷仲堪根本就撑不下去！
因此，对于殷仲堪，司马元显用的还是老办法—分化瓦解。
在他的运作下，朝廷发布了这样的任命：桓玄出任江州刺史，杨佺期任雍州（治所今湖北襄阳）刺史，桓玄的堂兄桓修任荆州刺史，殷仲堪则被调到偏远的广州（治所今广东广州）。
对此殷仲堪当然不能接受。
他催促桓玄、杨佺期继续向建康进军，但桓、杨二人却不为所动，按兵不动。
很显然，在得知朝廷开出的价码后，他们已经不再与殷仲堪一条心了。
殷仲堪急中生智，想了一条毒计。
他没有通知桓、杨，带着自己的直属部队先行退军回老巢江陵，同时故意对桓、杨二人的部下放出风声，回去后会尽杀他们的家属。
在这种赤裸裸的威胁下，无奈的桓玄、杨佺期只好再次与殷仲堪结盟，表示将继续联手与朝廷对抗。
见此情景，司马元显也知道自己并无必胜把握，便选择了妥协—在桓玄、杨佺期分别出任江州和雍州的基础上，同意殷仲堪继续留任荆州刺史。
双方就此达成了停火协议。
东晋朝廷的危机终于暂时解除了。
毫无疑问，司马元显是最大的功臣。
他志得意满，开始目空一切起来，甚至连父亲司马道子也不屑一顾。
不久，他干脆趁司马道子喝醉酒的机会，免去其司徒、扬州刺史等职务，由自己接替。
年仅18岁的司马元显就这样成了东晋王朝名正言顺的掌舵人。