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在战争最初的日子里，斯大林没有担任红军统帅，而是把国防人民委员铁木辛哥摆到了苏联武装力量统帅部大本营主席的位置上。但铁木辛哥这个名义上的最高统帅在没有得到斯大林指示的情况下，几乎不能做出任何决定。
1941年7月10日，斯大林将统帅部大本营改为总统帅部大本营，由他本人来任主席，他忠实的战友莫洛托夫被任命为副主席，伏罗希洛夫、铁木辛哥、布琼尼和朱可夫成为总统帅部大本营成员。
同一天，斯大林把整个对德作战前线划分为西北、西方、西南3个战略方向总指挥部，分别由伏罗希洛夫、铁木辛哥、布琼尼三位元帅担任总司令。所谓战略方向总指挥部从名字上来看确实是很咋呼，但其本身除了总司令和军事委员等主官外，既没有相应的机构人员，也没有必要的设备。从实质上来说，战略方向总指挥部也不过是斯大林总统帅部大本营和各方面军之间的一个联络机构，而在很多情况下，斯大林干脆就绕开战略方向总指挥部，直接给各方面军下达命令。其实即使是各方面军，在没有得到斯大林批准的情况下，甚至对自己下属的部队的部署变更也没有太多的权力。
为了更直接地行使权力，在7月19日斯大林干脆委任自己为国防人民委员。1941年8月8日，他又把总统帅部大本营改成了最高统帅部，斯大林本人从此正式成为了最高统帅。但把所有权力都抓在手上的斯大林似乎此时更多的只能从组织和“精神”领域来想办法。为了鼓舞士气，还在7月5日，斯大林就打电报给各方面军司令员（除了远东方面军和外高加索方面军），要求向统帅部大本营呈报在保卫社会主义祖国、抗击德国法西斯军队的战斗中表现英勇的人员名单，以便政府予以奖励。为了加强对部队的控制，防止斯大林所最为关心的投敌现象，7月16日，在他的授意下，联共中央和最高苏维埃主席团通过《关于在工农红军中改组政治宣传机关和政治委员制度的决定》，废除了单一首长制度，强化了军队中政委的权力。
除了上述措施以外，斯大林所能做的就是站在“博多”电报机旁给各战略方向总指挥部、各方面军的司令员们灌输他的“必胜”意志。诚如后来苏联军事历史研究所所长所说，此时的斯大林和红军统帅部甚至没有一个全盘的战略战役计划，他们只能够在德国凶猛的攻击下，匆匆忙忙地通过口授命令的方法来挽救危如累卵的局面。从这个意义上说，1941年红军的全部作战计划几乎都是在德国统帅部的“指导下”制定的。
到1941年7月初，希特勒和他的将军们确信对苏战争已经胜利，正开始考虑击败和占领苏联以后的问题。为此，他们迫不及待地制定了《关于俄罗斯地区的占领和治安，以及“巴巴罗萨”行动后陆军的改编命令》。希特勒特别指出，在战争结束后，德国军队应该在居民点外专门构筑冬季营房，“以便在居民点发生骚乱时，随时对其实施空中袭击”。
另一方面，为了在消灭苏联后和英美摊牌，希特勒在7月13日对未来德国武装部队的建设发出指示，要求海军应该准备“直接对英国作战，进而对付美国”，同时在1942年5月1日前把陆军机动部队扩大到36个装甲师和18个摩托化师（包括党卫军）。7月14日，他又命令，鉴于东线作战德军“已经胜券在握”，因此必须把军工生产重点转到潜艇和飞机。因此，除了坦克和反坦克武器外，所有陆军武器的生产都应该削减，给空军的生产让路。同时为了给未来陆军机动部队的扩充作准备，希特勒还特别规定：“以后除了德国国内的2个装甲师外，补充每一辆坦克都要希特勒本人批准。”按照他的上述命令，1941年8月8日，德国国防军统帅部、国防军指挥参谋部、国防处还在一份联合签署的命令中指出，根据他们和陆军总司令部达成的共识，未来德国陆军将大幅度削减，只需要30个装甲师和15个摩托化师，现有的163个步兵师中的49个将被解散。基于上述指导思想，为东线德军提供更多兵力和装备，也被认为是没有必要的。人员和武器的补充也被压缩到最低限度。
尽管希特勒和他的军事幕僚们对苏德战争的前景如此看好，但东部战线的战斗此时毕竟还在进行着。为了在这“伟大胜利”到来以前露上一手，捞个“青史留名”，无论是希特勒本人还是陆军总司令部和国防军统帅部的将军们，都在极力做出自己的主张，力求在取得“最后胜利”的过程中发挥决定性的作用。而德军在取得边境交战胜利后，对下一步作战主要突击方向的选择，也就成为了他们在历史舞台上“抢镜头”的焦点。
众所周知，德国军队的东方战区分成三个主要战略方向：北部是波罗的海沿岸地区和列宁格勒方向；中部是白俄罗斯及俄罗斯中部地区和莫斯科方向；南部是乌克兰地区和基辅方向。希特勒个人一直对北部列宁格勒方向和南部基辅方向有特殊兴趣。在他看来，前者不仅是布尔什维克主义的圣地，而且还是威胁德国波罗的海沿岸地区的海军重要基地，后者经济资源极其丰富，又是通向苏联高加索油田的重要通道，战略价值甚至超过了苏联首都莫斯科。
基于上述认识，希特勒对东线南北两翼的关注总是要超过莫斯科。但在战前制定“巴巴罗萨”方案时，由于地形等因素影响，德军最终还是选择在中部地区集结了最强大的中央集团军群，力图消灭那里两翼暴露的红军。尽管如此，希特勒仍然主张在中央集团军群歼灭了当面的白俄罗斯红军主力后，根据情况的变化，利用其两翼的2个装甲集群或者北上列宁格勒，或者南下乌克兰攻打其政治经济中心基辅。
对于极力主张从中部地区快速推进，迅速攻占莫斯科的德国陆军决策层来说（以陆军总参谋长哈尔德陆军大将和中央集团军群司令博克元帅为代表），希特勒的战略思路很不对他们的胃口。为此他们和希特勒玩了个文字游戏：在1941年1月31日德国陆军总司令颁布的《“巴巴罗萨”作战预令》中，他们一方面根据希特勒的意图，要求中央集团军群在必要的时候，以“强大的快速部队转而北上”，协同北方集团军群歼灭波罗的海沿岸和列宁格勒地区的红军；另一方面他们又留了个尾巴，规定“如果在俄国北部的敌人抵抗突然全面崩溃，可考虑不必转移突击方向，立即突向莫斯科”。至于希特勒最为关心的乌克兰—基辅地区，他们干脆置之不理。
不过从这份文件中，我们也不难看出，德国陆军将领们和希特勒一样，对于德国军队能够在国境地区消灭苏军主要有生力量，导致苏联崩溃的前景深信不疑。而在做到了这一点以后，战略方向的选择问题似乎也就没有那么重要的了。
但在18天国境交战中，红军虽然损失惨重，却并没有完全崩溃。而德军在三个战略方向上的进展却出现了严重的失衡：在白俄罗斯—莫斯科方向作战的德军中央集团军群取得了很大的进展，可望在比亚韦斯托克突出部合围白俄罗斯地区红军重兵集团；而在北部、特别是南部地区，德国军队却不仅进展迟缓，明显落后于中部地区的德军，并且远远没有击溃他们当面的红军。对这种局面颇为担忧的希特勒又想起了他的分兵计划。在1941年6月26日希特勒提出，应该在不久以后调动强大的机动兵团，把主要突击方向转到南方集团军群。他特别强调“关键不在于突击敌人的首都，而在于打击敌军的有生力量”。6月29日和30日，他又接连两次表示，中央集团军群应该派出强大的装甲部队北上列宁格勒，以便“尽快将俄国人逐出波罗的海（以保障矿石的运输），使芬军作用得以发挥，为向莫斯科实施突击赢得左翼的行动自由”，同时“迅速夺取列宁格勒的工业中心”，“尔后，装甲部队应从列宁格勒向莫斯科突击”。
到了7月上旬，进展顺利的德军中央集团军群所属2个强大的装甲集群已经在第4装甲集团军司令部的统一指挥下，兵临斯摩棱斯克，即将打开通向莫斯科的道路。就在这时，希特勒又提出，第4装甲集群在攻取斯摩棱斯克后可以兵分三路：一路仅配备较弱兵力，继续按原定路线扑向苏联首都莫斯科；一路冲向北面的列宁格勒；而第4装甲集团军主力则应该向东南面的哈尔科夫、亚速海方向进行一次大迂回，配合南方集团军群将在国境交战中受损轻微的苏军西南方面军主力彻底歼灭。但希特勒随后发现，要实现他的这个计划，第4装甲集团军就必须从斯摩棱斯克向哈尔科夫和亚速海一口气分别推进744公里和1150公里，甚至希特勒自己也不敢相信他的装甲部队有能力进行这样深远的机动作战。
第二天，希特勒多少有些故弄玄虚地表示：“究竟是向北还是向南转移兵力？这也许是本次战争最困难的决策！”类似这样的话，他的国防军统帅部指挥参谋部参谋长阿·约德尔炮兵上将也曾经说过。但希特勒的“困惑”并没有持续多久，1941年7月8日，在希特勒的元首大本营，他干脆取消了南北分兵的打算，并一反常态地表示，“估计北方集团军群现有兵力足够完成向列宁格勒突击的任务”，因此“今天还不必作出关于中央集团军群的决定”。
有不少学者认为，希特勒忽然搁置南北分兵计划，是因为他考虑到南北分兵会关系到东线战争的全局成败。但就笔者所见，既然此前希特勒和他的将军们都已经确信对苏战争已经稳操胜券，红军主力已被歼灭，他此时所更多考虑的是在这胜利在望之际，与其让宝贵的坦克部队进行大纵深作战的冒险，倒还不如就按照原定的作战方案稳扎稳打，尽可能不冒风险地结束东线作战。
正是基于这样的思路，希特勒和他的将军们在搁置南北分兵计划的同时，作出了按“巴巴罗萨”原定方案继续作战的决定。于是在1941年7月8日，德国国防军统帅部确定1941年7月中旬东线德军的基本任务如下：
北方集团军群不需要等待第18集团军，继续向列宁格勒进攻，封锁列宁格勒和芬兰湾的红军波罗的海舰队。
占领了白俄罗斯的中央集团群以2个装甲集群从第聂伯河和西德维纳河发动进攻，务必歼灭斯摩棱斯克地区的红军，为进攻莫斯科做好准备。
南方集团军的德国军队以主力（第1装甲集群）消灭第聂伯河右岸的红军，同时以一部分兵力进攻基辅。同时为了加强南方集团军群的进攻速度，将斯洛伐克、匈牙利和意大利的军队以及德国陆军总司令部所属的炮兵预备队加强给该集团军群。
芬兰军队必须从7月10日开始沿着拉多加湖两岸进攻，消灭卡累利阿地区的苏军，从北面逼近列宁格勒。
随着上述命令的下达，几百万德国军队和他们装备的成千上万的坦克、飞机、火炮沿着几千公里的战线运动了起来。整个东部战线由北向南，烽烟再起。但在德军发动进攻的3个主要战略方向中，南北两翼的攻势却并没有取得他们所预料的成果。