贵安新区实行“统分结合”的管理体制。“统”,即成立了由省政府主要领导担任组长,有关省领导担任副组长的贵安新区规划建设领导小组,负责决定贵安新区规划建设的重大方针政策,统筹协调解决规划建设中的重大问题。“分”,即贵安新区党工委、管委会作为贵州省委、省政府派出正厅级机构,行使市一级经济社会事务管理职权,全面管理贵安新区直管区经济社会各项事务,统筹协调新区规划建设工作;贵阳市、安顺市承担新区非直管区所辖区域的具体开发建设事宜。贵安新区直管区探索实行“新区+乡镇”的两级扁平化管理体制和大部门制,新区党工委、管委会内设工作机构仅13个,共88个编制。2015年8月15日,新区在大部门扁平化行政管理体制创新的基础上再次发力,同步挂牌成立行政审批局和市场监管局、综合执法局,标志着新区“一颗印章管审批、一个部门管市场、一支队伍管执法”的体制正式运行。贵安新区紧紧围绕中央编办、国务院法制办《相对集中行政许可权试点工作方案》明确的主要试点任务,在全国第一个探索“一章审批、一网审管、一单规范”的相对集中行政许可权试点改革新路,积极构建行政审批改革“一章审批、一网审管、一单规范”和政务服务改革“一号申请、一窗受理、一网通办”双轮驱动新模式。