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1999年，人乳头状瘤病毒（HPV）DNA检测作为巴氏试验结果为非典型鳞状细胞（ASC-US）的辅助性检测获得美国FDA认证。2003年，HPV DNA检测获得FDA的进一步认可，可作为30岁及以上女性巴氏试验的常规辅助检测。为统一女性异常宫颈细胞临床处理方法，2001年美国国家癌症研究所在马里兰州贝塞斯达举行了妇科细胞、病理及其他领域方面的专家研讨会。会议一致通过推荐宫颈液基细胞学判读为ASCUS的女性应同时常规检测HPV DNA，或称为反馈性HPV DNA检测（reflex HPV DNA testing），该推荐确立了美国HPV DNA检测的主要市场。几项大的研究均证实对巴氏检测为ASC-US的女性做HPV检测非常有价值。据最新研究统计，美国巴氏筛查85%ASC-US的女性在随后阴道镜检和常规宫颈细胞学复查前均做了HPV DNA检测。目前，在美国细胞学检查为ASC-US的女性做反馈性HPV DNA检测通常比30岁以上女性常规辅助性HPV检测应用更为广泛，多数研究表明前者比后者的成本-效益更好。
最早的HPV筛查方法始于英国和荷兰。欧洲许多地方正在致力于临床试验，想证实HPV DNA检测是否可以取代巴氏试验作为独立的宫颈癌筛查首选方法，即先做高危HPV检测，对高危型HPV阳性的女性再行宫颈细胞学检查。对于这一宫颈癌筛选观念和策略转变的可行性和实用性，欧美国家争论得非常激烈。支持HPV检测作为初筛方法的专家们认为：高危型HPV DNA检测发现癌前病变的敏感性高于细胞学检查，宫颈癌筛查行HPV DNA检测能早期发现CIN3及以上病变，这类病变的早期检测可以延长筛查间隔时间。支持仍然以细胞学检查作为初筛方法和结合HPV作为辅助检测的研究者们强调：巴氏细胞学试验具有最大的成本-效益，可使宫颈癌的发生率最低化，在宫颈癌筛查中，其发生率和死亡率明显降低是巴氏试验普及的依据。部分学者认为基于这种层次和水平，应该寻求新的替代技术。尽管大多数临床试验证明HPV DNA检测CIN2/3或宫颈癌的敏感性要优于传统涂片，但也有几个国际性的试验结果表明，纠正试验的偏倚后，液基细胞学检测的敏感性与HPV检测相同。由于HPV检测的阳性预测值很低，到目前为止，任何方法都不能证明初始HPV筛查比反馈性试验增加HPV试验的阳性预测值和成本-效益。欧洲HPV筛查的倡导者们继续推行另一实验以证明初始HPV筛查的效益，他们认为也许对HPV阳性女性进行细胞学检查，可发现宫颈癌前病变（CIN2/3/AIS），最大限度地减少宫颈癌的发病率和死亡率，因为死亡率主要归因于浸润性宫颈癌。
自2011年起，美国宫颈癌筛查共识指南指导对于30岁及以上妇女的细胞学和HPV共同筛查为推荐筛查方法，最近几年美国共同筛查者概率估计有所增加。2014年4月美国FDA批准罗氏HPV DNA检查（cobas HPV test）可用于25岁及以上妇女一线筛查，或称为单独筛查。HPV16/18阳性者可直接转诊阴道镜检查，而其他非HPV16/18型高危HPV阳性者则推荐做细胞学检查分流。此决定根据罗氏公司组织的由47000名妇女参与的ATHENA临床试验的结果。
HPV检查比细胞学检查能更好地鉴别妇女发展为高级别宫颈病变的危险，现在欧洲一些国家如荷兰、英国和澳大利亚可能考虑应用HPV检查作为初始筛查方法。美国虽然FDA2014已经批准罗氏HPV检查可以作为一线初始筛查，但过去60年以宫颈细胞学检查为主的筛查已明显降低了宫颈癌的发生率及死亡率，现在没有临床的证据表明HPV作为一线筛查的有效性，并且人们已经认识到部分宫颈癌患者，尤其是宫颈腺癌患者HPV检查阴性。美国临床医生和妇女都有一个复杂和疑惑的问题，在新技术新方法层出不穷的今天，宫颈癌筛查到底该采取什么方案？HPV检测是否可取代细胞学检查作为一线筛查？根据不同年龄选定筛查方案时，不同年龄妇女风险获益比应该如何平衡？总之，目前在美国极少用HPV检查作为一线筛查。中国现在宫颈癌筛查尚处于初级阶段，宫颈癌发病率高，更没有HPV检查作为一线筛查的临床经验，所以在中国没有证据表明HPV作为一线筛查是一项可行方案。