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从药用植物保护科学的产生、发展和任务看，药用植物保护学作为一门科学，主要内容是研究有害生物及其灾害的发生、发展规律，提出科学地控制为害与成灾的技术措施，及时有效地控制其为害，以保证中药材的优质、高产、高效、低耗。在生产实践中，虫害与病害是属于同样性质的生物灾害，因此，农业昆虫学、植物病理学和农药学是植物保护科学的三门主要兄弟学科。
药用植物保护学的研究，主要涉及三个方面。
首先是研究了解病虫草害的种类与鉴定、分布与为害特点、生活史与习性、发生与环境的关系、成灾规律与调控机制、预测预报方法、综合治理技术等。这些研究内容与农业昆虫学、植物病理学、农药学等相关基础学科关系密切。这些基础理论、知识与技术掌握得越多越熟练，对药用植物病虫害的研究就能越深入。
其次是药用植物。病虫害总是发生在特定的药用植物上，要研究了解某种药用植物病、虫，就要了解该种药用植物的生长发育过程及主要栽培措施。这样才能研究并了解病虫害与药用植物及栽培措施的关系，找出药用植物的抗病虫特性，提出利用栽培措施控制病虫害的方法，进而培育抗病虫品种，改进耕作栽培措施。这些研究涉及药用植物栽培学、耕作学、遗传育种学、土壤肥料学等学科，深入学习这些科学理论和实践技术，研究利用药用植物抗病虫性，培育抗病虫品种，运用农业技术措施防治病虫害，才能逐步深入并取得更好的成效。
第三是环境。药用植物与病、虫均生活在一定的环境中，构成环境的无机生态因子，如温度、湿度、雨量、光照、风等及有机生态因子，如寄主植物、天敌等均影响病虫害的发生，特别是影响其猖獗成灾。深入研究这些环境因子对病虫害发生数量的作用，才能揭示病虫害的成灾规律与调控机制，进而通过改善药用植物生长环境抑制虫口、病原菌数量的增长。这就涉及环境生态学、农业气象学、植物学、动物学等。
随着科学技术的发展，病虫害综合治理的理论和技术向更新、更高、更深发展，系统论、控制论、计算机、生物工程技术等新的理论和技术，都会应用在药用植物病虫害的研究和治理中。
综上所述，药用植物保护学既是一门实践性很强的应用学科，又与许多基础理论、应用基础学科紧密关联。这些基础理论与应用基础学科的发展，推动和丰富了药用植物保护科学的发展，药用植物保护科学的发展也为这些学科提供了很多新的研究课题。
中药材资源是取自大自然的生物资源，人们向大自然索取的同时，必须保护大自然，使自然资源能够再生。药用植物栽培是中药材资源保护、再生的最主要的方法。但在药用植物引种栽培及中药材的贮存运输过程中，常遭受到各种病虫害的危害，直接影响了中药材的产量和质量，往往会造成重大的经济损失。自1997年起，中国医学科学院药用植物研究所持续多年对全国中药材生产基地进行调研，发现药用植物病虫草害的防治是中药材生产中最薄弱的环节。由于药用植物种类多，相应的病虫草害种类也多，发生规律不详，危害重，损失大，滥用、误用农药问题突出，加之种子种苗调运频繁，加速了病虫草害的传播蔓延。因此，在中药材生产过程中，有效控制病虫的危害，是保证中药材优质高产稳产的关键，也是药用植物保护学的重要研究内容。