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农业防治是根据农田环境、植物与有害生物之间的相互关系，利用一系列栽培管理技术，有目的地改变某些因子，有利于作物的生长发育，而不利于有害生物，从而达到控制有害生物的发生和为害，保护农业生产的目的。农业防治是有害生物综合治理的基础措施。其优点是：无需为防治有害生物而增加额外成本；无杀伤自然天敌、造成有害生物产生抗药性及污染环境等不良副作用；可随作物生产的不断进行而经常保持对有害生物的抑制，其效果是累积的；一般具有预防作用。但其缺点是：有些防治措施与丰产要求有矛盾，或与耕作制度有矛盾；一些农业防治法所采用的具体措施地域性、季节性比较强，限制了其大面积推广；同时，农业防治措施的防虫效果表现缓慢或不十分明显，特别是在病虫害大发生时往往不易及时解决问题。
1.合理轮作和间作
如果一种药用植物在同一块地上连作，不但消耗地力，影响药用植物的生长发育，同时使病虫在土壤中积累。在药用植物栽培制度中，进行合理的轮作和间作，无论对防治病虫害和充分利用土壤肥力都是十分重要的。特别是对那些病虫在土中寄居或休眠的药用植物来说，实行轮作就更为重要。例如，土传病害种类多且受害严重的人参、西洋参绝对不宜连作，否则病害严重，造成大量死亡或全田毁灭。
轮作期限长短一般根据病原物在土壤中存活的期限而定，目的是使那些病原物由于轮作而在土中无适合的食料而逐渐饥饿死亡或大大降低繁殖数量。例如，白术根腐病 Fusarium oxysporium Schl.和地黄枯萎病 Fusarium sp.轮作期限为3～5年。此外，合理选择轮作物也至关重要。一般同科属植物或同为某些严重病虫寄主的植物不宜选为轮作物，否则不仅不易起到轮作防治病虫害的目的，反而会起相反作用。枸杞、颠茄、泡囊草等都受枸杞负泥虫的严重为害；地黄和大豆同为大豆胞囊线虫的寄主；玄参、附子、白术等同为白绢病等根腐病的寄主，它们彼此都不宜选为轮作物。
从病虫防治角度，对轮作物的选择原则同样适合于间作物的选择。但间作物同时栽种在一块地里，相互之间的影响更大，必须从病虫害防治和植物的生长发育多方面综合考虑。
有些植物的植株和根系分泌物或气味可以对某些邻作物病虫害有抑制或驱避作用。某些作物因根系的作用，改善了土壤的物理性状而造成对某些邻作物根病的不利条件，从而抑制了这些病害的发生；还可能由于高矮作物搭配，对某些邻作物害虫活动产生机械的阻碍作用。科学地运用这些生物之间的微妙关系，就可能选择较理想的间作物组合，达到防治病虫害的目的。实践表明，根腐病较严重的药用植物和有气生根的玉米间作，可改善土壤通气状况，则根腐病减轻，如附子和玉米间作，附子根腐病则减轻；地黄和高秆作物玉米间作，使地黄蛱蝶为害显著减轻，这可能是由于成虫飞翔产卵活动受到机械阻碍作用的缘故。国外文献报道，和万寿菊间作的植物可抑制植物寄生线虫。
2.耕作
深耕细作是重要的栽培措施，除能促进植株根系发育，增强吸收水肥能力使植物生长健壮、增强抗病能力外，还能破坏蛰伏在土内休眠的害虫巢穴和病菌越冬的场所。直接消灭病原物和害虫，减少翌年病虫基数。例如，大黄拟守瓜 Gellerucida sp.、山茱萸尺蠖 Boarmia eosoria Leech、黄栀子大透翅天蛾 Cephonodes hylas L.、枸杞负泥虫、栝楼透翅蛾 Melittia bombyliformis Cramer等以各自特定虫态在寄主根际土内越冬，因此在冬季或早春耕翻土地或在根际垦覆，破坏害虫越冬场所或改变栖息环境，直接消灭部分害虫，减少越冬虫源，以抑制翌年虫害发生数量，达到防治目的。对土传病害严重的药用植物人参、西洋参等，播种前对土地耕作要求很严格，播前除必须休闲养地外，还要耕翻晒土数遍，以改善土壤物理性状，减少土中致病菌数量，这已成为既定的重要防病措施。
3.除草、修剪及清洁田园
田间杂草及中草药收获后病虫残株和掉落在田间的枯枝落叶，往往是病虫隐蔽及越冬场所和翌年的病虫来源。因此，除草及药用植物收获后清洁田园，结合修剪将病虫残株和枯枝落叶烧毁或深埋处理，可以大大压低病虫越冬基数和翌年病虫为害程度。例如，枸杞黑果病病原菌 Glomerella cingulate (Stonem) Spanld et Von Schrenk是在病株枯枝叶和罹病的僵果上越冬，做好冬季清园工作是主要防病措施。在秋季收果后，彻底摘除树上的黑果和剪除病枝，并将地面枯枝落叶和黑果全部清除烧毁或深埋。翌年7月中旬调查发病率结果表明，清园好的地块发病率为2.1%，清园不好的为22.4%，未清园的为50.8%，清园收到了良好的防病效果。
4.调节播种期
某些病虫害常和中草药某个生长发育阶段有关，如使这一阶段错过病虫大量侵染为害的危险期，可避开病虫为害，达到防治目的。例如，红花实蝇在红花现蕾期为大量产卵为害盛期，如实行冬播或春季早播（3月上中旬）可使苗早苗壮，提前现蕾，错过实蝇产卵盛期，从而减轻其为害。又如，荆芥茎枯病 Fusarium spp.在浙江萧山6月上旬为发病盛期，如实行适时早播（4月初前播种），到6月上旬时，苗高在25cm以上，具有一定抗病力，可减轻茎枯病。
5.合理施肥
合理施肥能促进中草药生长发育，增加其抵抗力和被病虫为害后的恢复能力或避开病虫为害时期。例如，白术施足有机肥，适当增施磷钾肥，可减轻花叶病。同样，合理施肥对于巴戟天提高产量、减轻病害发生，是行之有效的措施。如施有机肥牛粪可促进根系发达、叶色浓绿，并有利于土壤中微生物的活动，增加微生物的拮抗作用；施钾肥明显促进茎基部木栓层形成，提高了抗茎基腐病的能力。相反，如施肥不当则会加重病虫害的发生，如巴戟天施碳酸氢铵不当，会造成茎基部表皮和根部的灼伤，便于茎基腐病病菌侵入为害，加重该病的发生；元胡在后期施氮肥会使霜霉病和菌核病加重。使用未腐熟的厩肥或堆肥，则肥中的残存病菌及地下害虫蛴螬等虫卵未被杀灭，就可能造成地下害虫和某些病害加重，应用高温堆肥或充分腐熟的肥料就不至于产生这一弊端。
6.选育和利用抗病、虫品种
药用植物的不同类型或品种之间往往对病虫害抵抗能力有显著差异。地黄农家品种金状元对地黄斑枯病比较敏感，而小黑英则比较抗病；有刺型红花比无刺型红花能抗炭疽病和红花实蝇；蒙黄芪农家品种大三黄和小三黄较能抗黄芪籽蜂；白术矮秆型抗术籽螟等。研究显示，宁夏枸杞不同品种受瘿螨为害后可溶性糖、总酚、类黄酮和POD含量变化明显，对枸杞瘿螨的抗性宁杞1号大于宁杞7号大于宁杞5号，有显著性差异。农业上利用植物之间的化感作用培育抗杂草水稻新品种已获成功。因此，如何利用这些抗病虫特性，进一步选育出较理想的抗病虫害的优质高产品种，是一项十分有意义的工作。特别是对那些病虫严重且防治难度大的药用植物，选育和利用抗病虫草品种则是一项最为经济有效的措施。目前，在药用植物抗病虫品种的选育和利用工作方面国内外都做得很少，随着对遗传学研究的深入和现代生物技术的发展，抗病、抗虫品种的选育和利用将具有更广阔的应用前景。