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（一）杂草的危害
杂草一般是指农业生态系统中无益的植物。从生态经济的角度出发，凡在一定的条件下害大于益的植物都可称为杂草，尽管许多杂草同时也是药用植物，但在药材基地都应属于防治之列。从生态学观点来看，杂草是在人类干扰环境下起源、进化而形成的，既不同于作物，又有别于野生植物，对农业生产和人类活动均有多重影响的植物。杂草是农业生产的大敌，长期适应当地的作物、栽培、耕作、气候、土壤等生态环境及社会条件，从不同的方面危害药用植物，其表现如下：
（1）与药用植物争夺水、肥、光热等资源。杂草适应力强，早春地上部分生长快，侵占光合空间；根系庞大，耗费水肥能力极强，严重影响药用植物生长。
（2）很多杂草是多种作物病害、虫害的中间寄主或转主寄主，不少杂草为越年生或多年生植物，生育期较长，病菌及害虫常常先在杂草上寄生或过冬，然后逐渐迁移到作物上进行为害，给生产造成严重损失。
（3）降低药用植物的产量和品质。杂草在土壤养分、水分、生长空间等方面直接或间接危害中药材，影响中药材的产量和质量。例如，菟丝子寄生在桔梗、牛膝等根类药材的茎叶吸收营养，造成药材产量大幅下降。
（4）增加管理用工和生产成本。许多药用植物与杂草分类地位接近，难以筛选出有效的除草药剂，防治难度极大。目前药用植物种植基地杂草防除成本很大，育苗田的除草成本更高。此外，杂草还影响耕作效率，并延长有效工时。
（二）杂草的发生特点
（1）种子量大。药田杂草适应性广、繁殖能力强，结实数量是药用植物无法比拟的。例如，苋和藜每株多达2万至7万粒种子，蒿可达80余万粒。
（2）繁殖方式多样性。杂草的繁殖方式主要有两大类，即无性繁殖和有性生殖。无性繁殖的杂草生长势头、抗逆性和适应性都很强，给杂草防除造成了极大困难。马唐匍匐枝、香附子等的球茎、刺儿菜的地下根状茎、水花生的匍匐茎、根状茎、纺锤根等无性繁殖器官生存力极强，繁衍扩散速度很快。在一个生长季内，刺儿菜的地下根状茎能向外蔓延长达3m以上。狗牙根等杂草当其地上部分受伤或地下部分被切断后，能迅速恢复生长、传播繁殖。此外，一些农田杂草既可异花授粉，又能自花或闭花授粉。一部分杂草还具有远缘亲和性，如早雀麦、紫羊茅、粘泽兰等，给杂草防除造成了极大困难。
（3）传播方式多种多样。苍耳、鬼针草等果实表面有刺毛，可附着他物而传播。刺儿菜、泥胡菜的种子有绒毛和冠，可借助风力将种子进行远距离传播。野燕麦、稗草的种子可随水流传播。此外，杂草种子还可混杂在中药材的种子内或肥料中传播，有些杂草种子和中药材的种子相似，不易分开，使杂草传播危害更为广泛。
（4）种子寿命长。多数杂草种子在土中历经多年仍可存活。例如，繁缕种子可存活622年，野燕麦、早熟禾、马齿苋等种子可活数十年。稗草种子经牲畜的消化道排出后，在40℃厩肥中经过1个月仍能发芽。
（5）种子成熟期参差不齐。杂草种子成熟不一致，有的杂草种子成熟期延绵达数月之久，并且一年可繁殖数代。有些杂草种子在形态和生理上具有某些特殊的结构或物质，具有保持休眠的机制。坚硬不透气的种皮或果皮，含有抑制萌发的物质，种子需经过后熟作用或需光等刺激才能萌发等。杂草种子萌发不整齐。此外，杂草种子基因型的多样性、对逆境的适应性差异、种子休眠程度及田间水、湿、温、光条件的差异和对萌发条件要求与反应的不同等都是影响田间杂草出草不齐的重要因素。滨藜 Atriplex patens 是一种耐盐性的杂草，能结出三种类型的种子，上层的粒大呈褐色，当年即可萌发；中层的粒小，黑色或青灰色，翌年才可萌发；下层的种子最小，黑色，第三年才能萌发。藜和苍耳等也有类似的情形。