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药用植物病害的种类很多，病因也各不相同，造成的病害形式多样，每一种植物可以发生多种病害，一种病原生物又能侵染几十种至几百种植物，引起不同症状的病害。因此，植物病害的种类可以有多种分类方法，如按寄主受害部位可分为根部病害、叶部病害和果实病害等；按病害症状表现可分为腐烂型病害、斑点或坏死型病害、花叶或变色型病害等；按传播方式可分为种传病害、土传病害、气传病害等。但最实用的是按照病因类型来区分的方法，它的优点是既可知道发病的原因，又可知道病害发生的特点和防治的对策等。根据这一方法，药用植物病害分为两大类，即病原生物因素侵染造成的病害，称为侵染性病害，因病原生物能够在植株间传染，因而又称传染性病害；另一类无病原生物参与，只是由于植物自身的原因或由于外界环境条件恶化所引起，这类病害不会传染，因此称为非侵染性病害或非传染性病害。
（一）非侵染性病害
按病因不同可分为：
（1）植物自身遗传因子或先天性缺陷引起的遗传性病害或生理病害。
（2）物理因素恶化所致病害。
大气温度过高或过低引起的灼伤与冻害。在遮阴不当的参棚下生长的人参、西洋参进入伏天，天气干旱闷热，常发生日灼病。南药肉豆蔻畏寒冷，极端最低气温低于6℃时或偶然出现霜冻，即受冻害，嫩梢及幼叶干枯死亡。
大气物理现象造成的伤害，如风、雨、雷电、雹害等。
大气与土壤水分和湿度过多、过少，如旱、涝、渍害等。
农业操作或栽培措施不当所致病害，如密度过大，播种过早或过迟，杂草过多等造成苗瘦、发黄或矮化及不结实等各种病态。
（3）化学因素恶化所致病害。
肥料元素供应过多或不足，如缺素症和营养失调症。
大气与土壤中有毒物质的污染与毒害。
农药及化学制品使用不当造成的药害。
（二）侵染性病害
药用植物的侵染性病害是病原生物引起的。目前已知的药用植物病原生物有真菌、细菌、病毒、类菌原体与植原体、寄生性线虫及寄生性种子植物等。
1.植物病原真菌
目前已知的药用植物病害绝大部分是由真菌引起的。致病真菌的种类繁多，能引起多种严重病害，真菌病害的症状多为枯萎、坏死、斑点、腐烂、畸形、瘤肿等。较为常见的致病真菌种类及其致病特点如下：
（1）鞭毛菌亚门（Mastigomycotina） 该亚门真菌多生活在水中，潮湿环境有利于其生长繁殖。其中与药用植物病害关系最大的卵菌纲（Oomycetes），该纲中有许多重要的药用植物的病原菌，所致的病害常呈叶斑、猝倒、腐烂等症状。例如，腐霉菌引起人参、三七、颠茄等多种药用植物的猝倒病，疫霉菌能引起牡丹疫病，霜霉菌能引起元胡、菘蓝、枸杞、大黄、当归等多种药用植物的霜霉病，白锈菌能引起牛膝、菘蓝、牵牛、白芥子、马齿苋等药用植物的白锈病。
（2）接合菌亚门（Zygomycotina） 该亚门真菌广泛分布于土壤和粪肥及其他无生命的有机物上，多能引起药用植物贮藏器官的霉烂。其中毛霉菌常引起药用植物产品贮藏期的腐烂，根霉菌能引起人参、百合、芍药等腐烂。
（3）子囊菌亚门（Ascomycotina） 该亚门真菌为陆生的寄生真菌，与药用植物病害关系密切，有的能引起各种缩叶病、丛枝病及果实病害等。例如，外囊菌能引起桃缩叶病、李丛枝病及李囊果病等；曲霉菌和青霉菌能引起许多贮藏药材霉变与腐烂；白粉菌是药用植物的专性寄生菌，能引起许多药用植物的白粉病，如菊花、土木香、黄芩、枸杞、黄芪、防风、川芎、甘草、大黄和黄连等药用植物的白粉病；核盘菌能引起细辛、番红花、人参、补骨脂、红花、三七、元胡等药用植物的菌核病。
（4）担子菌亚门（Basidiomycotina） 该亚门为最高等的寄生或腐生真菌。其中黑粉菌多引起禾本科和石竹科药用植物的黑粉病，如薏苡、瞿麦的黑粉病等；锈菌多寄生在枝干、叶、果实等器官，引起枯斑、落叶、畸形等锈病，病症多呈锈黄色粉堆，如大戟、太子参、芍药、牡丹、白及、沙参、桔梗、党参、紫苏、木瓜、乌头、黄芪、甘草、连翘、平贝母、何首乌、当归、苍术、细辛、白术、元胡、柴胡、红花、山药、秦艽、薄荷、白芷、前胡、北沙参、大黄、款冬花、三七、刺五加、黄芩等药用植物的锈病。
（5）半知菌亚门（Deuteromycotina） 该亚门含有大量的药用植物病原菌，占药用植物病原真菌的半数左右，能危害药用植物的所有器官，引起局部坏死、腐烂、畸形及萎蔫等症状。例如，沙参、柴胡、人参、白术、红花、党参、黄连、白芷、地黄、龙胆、牛蒡、藿香、莲荷、牡丹、菊花、白苏、紫苏、前胡、桔梗等多种药用植物的斑枯病；玄参、三七、枸杞、大黄、牛蒡、木瓜、半夏等多种药用植物的炭疽病；地榆、防风、芍药、黄芪、牛蒡、枸杞等药用植物的白粉病；贝母、牡丹、百合等药用植物的灰霉病；大黄、益母草、白芷、龙胆、薄荷、颠茄、接骨木等药用植物的角斑、白斑、褐斑等症状；人参、西洋参、三七、贝母、何首乌、红花等多种药用植物的褐斑病；牛膝、甘草、石刁柏、天南星、决明、颠茄、红花、枸杞、洋地黄等多种药用植物的叶斑病；人参、三七、地黄、党参、菊花、红花、巴戟天等多种药用植物的茎基和根的腐烂病；人参、颠茄、三七等多种药用植物的苗期立枯病；人参、白术、附子、丹参、黄芩等药用植物的白绢病或叶枯病。
2.植物病原细菌
药用植物细菌病害的数量和危害性都不如真菌和病毒病害，细菌性病害多为急性坏死病，呈现腐烂、斑点、枯焦、萎蔫等症状。在潮湿情况下常从病部溢出黏液（菌脓），细菌性腐烂常散发出特殊的腐败臭味。其中，假单胞杆菌多引起药用植物叶枯和腐烂，如人参细菌性烂根、白术枯萎病；野杆菌多引起瘤肿和根畸形；欧氏杆菌引起植物萎蔫、软腐和叶片坏死等，如浙贝母、人参、天麻等软腐病等都是生产上较难解决的问题。
3.植物病毒、植原体
目前，药用植物病毒病的发生相当普遍，寄生性强、致病力大、传染性高，能改变寄主的正常代谢途径，使寄主细胞内合成的核蛋白变为病毒的核蛋白，所以受害植株一般在全株表现出系统性的病变。病毒性病害的常见症状有花叶、黄化、卷叶、缩顶、丛枝矮化、畸形等。例如，北沙参、白术、桔梗、太子参、白花曼陀罗、八角莲的花叶病；独角莲、黄花败酱的皱缩花叶病。人参、牛膝、萝芙木、天南星、玉竹、地黄、洋地黄、欧白芷等都较易感染病毒病。
近年来发现许多过去认为是病毒引起的黄化、丛枝、皱缩等症状的病毒病，它们的病原体并不是病毒，而是植原体。目前已发现多种药用植物有这类病害。植原体侵染植物均为全株性，独特的症状是丛枝、花色变绿等，其他变色和畸形症状与病毒病很难区分，如牛蒡矮化病。
4.植物病原线虫
线虫危害药用植物所表现的症状与病害相似，故习惯上将线虫作为病原物对待。药用植物普遍受到线虫的危害，其中某些药材的根结线虫病和胞囊线虫病已成为生产上的重要问题。
目前在国内已发现药用植物的线虫有危害根部，形成根结的根结线虫，如人参、川芎、草乌、丹参、罗汉果、牛膝、小蔓长春花等50多种药用植物有根结线虫病；危害根部，形成丛根、地上部黄化的地黄胞囊线虫病；危害地下根茎、鳞茎等的茎线虫，如浙贝母、元胡等受茎线虫危害；导致紫苏、蛔蒿、菊花、薄荷等药用植物矮化的矮化线虫；引起芍药、栝楼、益智、砂仁、地黄、麦冬等根部损伤的根腐线虫、针线虫等。
5.寄生性种子植物
有些种子植物，由于某些器官退化不宜自养，或本身缺少足够的叶绿素，必须寄生在其他植物上，从而导致对其他植物的危害，寄生性种子植物的影响主要是抑制寄主的生长，草本植物受害后生长矮小、黄化、开花减少、落果或不结果，严重时全株枯死。危害药用植物的寄生性植物主要有全寄生性的菟丝子和列当类，前者主要危害豆科、菊科、茄科、旋花科的药用植物，后者主要危害黄连、向日葵及蒿等植物；半寄生性种子植物有桑寄生、樟寄生和槲寄生等。