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1974年山西应县辽佛宫寺木塔内发现《神农采药图》，神农一手执药锄，一手拈灵芝，背药篓上悬葫芦。
《神农本草经》只是汉代流传的若干种本草著作之一，因为冠以“神农”，所以前代学者大多认为其为先秦古书。《太平御览》卷七百二十一引《帝王世纪》云：“炎帝神农氏长于江水，始教天下耕种五谷而食之，以省杀生。尝味草木，宣药疗疾，救夭伤人命，百姓日用而不知。著本草四卷。”陶弘景编撰《本草经集注》，对此更是信之不疑，他说：“旧说皆称神农本经，余以为信然。”但陶弘景也注意到，《神农本草经》（为行文简便计，此后皆省称为《本草经》）所记药物产地多为汉代建置，他辩解说：“所出郡县，乃后汉时制，疑仲景、元化等所记。”意思是说，这些郡县地名乃汉末张仲景、华佗添附，并非原有。晚近研究者对陶弘景的意见半信半疑，于是将《本草经》的成书年代径直确定为东汉晚期。
其实，《本草经》中的药名、地名，乃至药物功效之细节，都流露出鲜明的时代特征。
《本草经》里，赤箭、徐长卿都有别名“鬼督邮”，独活则别名“护羌使者”。考“督邮”为汉代新设职官，时间约在文帝以后，说见《通典·职官十五》。另据《汉书》，武帝平定西羌以后，始置“护羌校尉”，专司西羌事务。“护羌使者”当即护羌校尉之使者
，如《汉书·赵充国传》云：“初，置金城属国以处降羌，诏举可护羌校尉者。”《水经注》云：“（湟水）东入，经戎峡口，右合羌水。水出西南山下，径护羌城东，故护羌校尉治。”这些地方确实也是植物独活的出产地。
《本草经》有六种芝草，青芝、赤芝、黄芝、白芝、黑芝、紫芝。前五种显然对应五行，所以《本草经》说：“青芝，味酸，补肝气，生太山。赤芝，味苦，益心气，生霍山。黄芝，味甘，益脾气，生嵩山。白芝，味辛，益肺气，生华山。黑芝，味咸，益肾气，生常山。”不难看出，文字涉及的五色、五味、五脏、五岳皆与五行一一对应。不仅如此，经文还说：“青芝，主仁恕；赤芝，增智慧；黄芝，忠信和乐；白芝，主勇悍；黑芝，聪察。”这里竟然还隐含着与五行对应的“仁、智、信、义、礼”，即汉儒常说的“五性”。
其中赤芝“生霍山”，陶弘景注：“南岳本是衡山，汉武帝始以小霍山代之，非正也。”据《史记·孝武本纪》说“（元封五年）上巡南郡，至江陵而东。登礼潜之天柱山，号曰南岳。”因为在陶弘景的观念中，《本草经》是“神农之所作，不刊之书”，故对此处赤芝的产地提出疑问。陶弘景这一意见也符合当时道教的看法，《云笈七签》卷七十九《五岳真形图法并序》也说：“吴越人或谓霍山为岳，其实非正也。”
更有意思的是，紫芝因为别出于五行之外，《本草经》记其产地“生高夏山谷”。五色芝对应五行，分生五岳，显然出于附会，而紫芝的产地，博雅如陶弘景也只能推测说：“按郡县无高夏名，恐是山名尔。”
今考“高夏”既不是郡县名，也不是山名，很可能是《本草经》作者臆造的地名。《淮南子·俶真训》云：“巫山之上，顺风纵火，膏夏紫芝与萧艾俱死。”据高诱注：“巫山在南郡。膏夏，大木也，其理密白如膏，故曰。膏夏紫芝，皆喻贤智也。萧艾贱草，皆喻不肖。”由此知“膏夏”本为美木之名，与紫芝并喻君子；萧与艾为杂草，比喻小人。膏夏、紫芝与萧艾同生于“巫山”之上，当大火烧来，君子小人俱死，含有玉石俱焚之意。因为这句话已有地点“巫山”，故“膏夏”绝无可能是地名，高诱训作“大木”为正确。由此推测，《本草经》作者按照五行为五色芝“分配”了五岳产地之后，紫芝找不到更合适的产地，乃根据《淮南子》“膏夏紫芝”之说，向壁虚构了一个“高夏山谷”。由此证明，《本草经》应该成于《淮南子》成书之后。
仔细研究《本草经》中涉及地名
，建置年代最晚者是木香、犀角、彼子条提到的“生永昌山谷”。据《后汉书·明帝纪》云：“（永平）十二年春正月，益州徼外夷哀牢王相率内属，于是置永昌郡，罢益州西部都尉。”其中犀角生永昌山谷，还可以举《后汉书·和帝纪》“（永元）六年（94）永昌徼外夷遣使译献犀牛”为佐证。永平十二年即公元69年，这应该是《本草经》成书时间的上限。再取《本草经》所载药物功效与《武威医简》进行比较，可以看出二者高度统一。由此看来，《本草经》与《武威医简》一样，都是东汉早期的作品。