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上节所述的变革的暗流虽然速度缓慢，但切切实实地正在动摇着持续了将近两个半世纪的幕府体制的根基。
社会根基动摇了，上层建筑就会动摇，进而就不得不进行变革。打个形象的比方，此时身处金字塔顶端的幕府已渐渐无法站稳脚跟。在老中水野忠邦主导的天保改革中，通过给予补偿地，将距离江户、大阪最近的土地收归幕府，这一所谓的上知令（上地令）反成为水野忠邦倒台的重要因素。上知令乃幕府专有的转封权的一种变形，也就是说此时连这一权力幕府都无法实行。同样，一八六二年（文久二年）闰八月，作为幕府文久改革的一环，参勤交代
的时间限定之所以被放宽，正是因为幕府惧怕如不出此策，会遭到故意破坏。参勤交代本是幕府军役征收权的一种形态，由此可以看出幕府对该权限的独立行使也变得步履维艰。
国外刊物《日本报道者》（一八六二年十月二十五日）曾刊出“江户重磅消息”，副标题是“一场大革命”，文章称日本“国家基本结构发生了变化”（收录于《外国新闻看日本》，下同）。受此影响，《北方中国报道者》（同年十一月八日）亦写道，“统治了这个国家两个半世纪的制度发生根本性变化”，敏锐地捕捉到幕藩体制的剧变。大政奉还〔一八六七年（庆应三年）十月〕之际，坂本龙马曾说：“只要把江户的银座
搬到京都，即便将军一职仍维持原状也不足为惧。”这进一步暗示了当时幕府的中央集权仅剩下货币铸造这一个权限。
此外，外来压迫还带来了另一个问题——朝廷问题。早在一八二五年（文政八年），水户的会泽正志斋（会泽安）就在其著作《新论》中指出“国体，以论神圣”，在面对外来狄夷的压迫时，要有“神圣的理想国家观”。这一理想国家观突出了朝廷的地位，并将幕藩体制纳入其中（参照42页图）。亦如本居宣长在《玉匣子》〔一七八七年（天明七年）〕中所述，朝廷身处政权委任的顶点，幕府体制下的政权首先由朝廷委任于将军，再由将军委任于大名（“御任”论）。这一尊王论是在幕末时期幕府体制风雨飘摇的情况下，由幕府御三家
之一的水户藩水户学为强化幕府的正统性而提出的，由此开国后随着幕藩体制危机的深化，朝廷（天皇）作为该“御任”论之根本，忽然被冠以政治角色。
朝廷政治化的契机是外来压迫，而幕府的首席老中阿部正弘（福山藩王）也将“黑船”来航，视作“国家之大事”，认为其重要性远远超越了“锁国”这一家传“祖法”。因此，阿部一方面将该事报告于朝廷，另一方面火速翻译美国国书，向一部分大名级别以下的幕府官员、儒者、浪人、村民征集意见。
向“御任”论之根本、具有传统权威的朝廷作汇报，可光明正大地加强自身权力，同时，将外来压迫的危机感传达给统治阶级以外的部分平民，亦可进一步重整、强化风雨飘零的上层体制。可以说，阿部正弘做的这一切，依靠的正是以集中、扩大为核心的权力强化论。
之后，阿部将水户前藩主德川齐昭任命为海防顾问，试图靠齐昭来压制支持攘夷论和幕政改革论的强硬派大名，同时进一步拉拢越前藩主松平庆永（春岳）、萨摩藩藩主岛津齐彬，欲借二人，把自己的意思顺利传达给大廊下诘（德川家族和大名的部屋）、大广间诘（外样大名
等的部屋）的各个藩主。
此外，他起用了川路圣谟（勘定奉行）、水野忠徳（勘定奉行）、土岐赖旨（大目付·海防小组）、筒井政宪（大目付·海防小组）、堀利熙（目付·海防小组）、永井尚志（目付·海防小组）、岩濑忠震（目付·海防小组）、大久保忠宽（一翁、目付·海防小组）、竹内保德（箱馆奉行）、井上清直（下田奉行）、江川英龙（太郎左卫门
、海防小组）、高岛秋帆（四郎太夫、炮术家）、胜海舟（安芳）等人，这些人之后均成为积极替幕府做事的开明官僚。
德川齐昭身为御三家之中的一员，虽然从立场上不得不强调身份秩序，但一八四六年（弘化三年），他曾对法国军舰到琉球一事表过态，认为“天下自德川家康后是德川氏的‘天下’，但如今‘天下是天下人的天下’”，“不只是德川家的天下”（摘自《新伊势物语》）。这一说法将外来的危机扩展到整个“天下”，同时也体现了一种对外样大名夺权的忧惧，担心如不早做决断，外样雄藩势力会赶在幕府下令前打着“为了日本”的旗号有所行动。
幕末·明治初年的体制图
这里所说的雄藩，是指拥有大量石高
、形成割据势力，同时客观上促进这种割据体制解体，具有自我矛盾性的藩国。他们在世界资本主义持续不断的影响下，保有自己的指导理念，成为能够改变幕府体制、建立国家新体制的中坚力量。
有关笼络雄藩进行体制改革的设想，本书之后会详细介绍。这些雄藩的崛起和朝廷的政治化发生化学反应，使原来的幕府体制逐渐变为公武合体体制。下节所说的政治运动便是指在这种体制变化过程中发生的政治运动。
如果将天保期之前的幕府体制看作金字塔（前页图Ⅰ），那么开国到庆应年间的公武合体体制，则从幕朝关系逆转为朝幕关系，此时幕府权力式微而雄藩势力抬头（图Ⅱ）。再往后看，庆应末到明治初年（图Ⅲ），进一步形成了以朝廷为顶点，以雄藩（实为维新官僚）为支撑，统治府藩县的新型金字塔结构（朝藩体制的政府即维新政权）。
还有一点要重点指出，在图Ⅰ幕藩体制下，幕府曾是天下之“公”，但在外部压力袭来、政治形势不断发展的过程中，图Ⅱ体制下的“公”转移到朝廷，幕府则降格为“私”，公私发生逆转。之后，随着人们对外部压力担忧的加剧，相对于幕府的“私”化，变身为“公”的朝廷进一步升华为天下舆论中的“公”，如此，朝廷（天皇）转变成一种民族主义的象征。