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我们现在居住在一个北起北海道、南至八重山诸岛的岛弧链上，日本列岛和西南诸岛是其主体部分。日本列岛成为现在这样的岛屿形状，据说在距今约一万年前气候变暖以后，一千多万年前它还是中国大陆的一部分（平朝彦《日本列岛的诞生》），数万年前还是大陆北方延伸出来的半岛，即“日本半岛”。下面我们来追溯一下从地球诞生到日本列岛的形成过程。
以四十六亿年前诞生的地球的地壳、地层、岩石等为研究对象的地质学，将我们现在生活的时代命名为第四纪。大约一百八十万年前开始的第四纪，分为冰川期的更新世（旧称洪积世）和后冰川期的完新世（旧称冲积世）。
第四纪也是人类从猿人向古人、新人进化发展的年代，因此也被称为人类纪。不过与今天的人类有直接关联的新人（现代智人），最早也是在数万年之后才出现，而且详细的经过尚未探明，因为可以作为确凿证据的人骨尚未发现，还有很多未解之谜，有待于今后的研究。
表2 地质年代与考古学时期划分
更新世是冰川大规模产生的时代，但并非陆地的大部分都被冰川覆盖，据说被覆盖的部分大约占三分之一；而且在寒冷期（冰期）期间，会有比较暖和的温暖期（间冰期）出现。
在大陆，根据寒冷期冰川的侵蚀原理，可以计算出冰期的次数。在欧洲的阿尔卑斯山观测到的有名冰期有群智亚冰期、民德亚冰期、里斯亚冰期和武木亚冰期等。已经确定的冰期，欧洲有六次，北美洲有四次。采用这样的研究方法可知，不同地区的冰期次数都不相同。
为此，近年来有人采用其他的方法，比如通过测定覆盖南极大陆和北极圈格陵兰岛堆积雪（雪冰化后形成的冰床）的柱状芯样本来调查第四纪的气候与环境。冰最初以雪的形态积累时的温度，可作为氢氧同位体的质量变化记录在它本身，利用这一性质可以推测当时地球的气候与环境。而且，以太平洋和大西洋深海底的堆积物，与以鸟取县东乡池的堆积物为测试材料分析气温，得到了基本相同的结果。
通过海平面和气温变化的研究可知，地球大约每十万年经历一次冰川期，而且在大约一万年前就已经进入了温暖稳定的后冰川期。如果地球变冷冰川扩大，海平面就会下降。反之，到了温暖的间冰期，海平面就会上升。气候的这种变化给陆地上的植被和动物生态也带来了很大的影响。
从距今约一万五千年前开始，地球逐渐转暖。最终冰期的结束，大约是一万年前。然而在这个最终冰期，仍然出现了两次极寒时期。这期间即最后的寒冷期，日本列岛与中国大陆还是连接的。不过只是北海道与大陆连接，与朝鲜半岛已经不再连接。此时的日本海还是一个内海。进入温暖的间冰期之后，冰川开始融化，出现了海侵现象。在大约六千年前，海水侵入到陆地的内部。据说海平面比最终冰期的顶峰期上升了一百米左右。
这样的过程之后，形成了今天狭长的日本。人们将此间冰期的海平面上升称为绳文海侵。之所以如此命名，是后冰川期与大约一万两千年前开启的绳文时期非常接近的缘故。但是最近
出土了更早时期的土器，所以对于间冰期的开始时间与新石器时代（日本为绳文时代）之间的关系又产生了新的疑问。
由于气候变暖造成海侵的缘故，日本列岛与周围的海洋形态逐步确定，濑户内海也呈现出清楚的面貌。另外，平原和丘陵等陆地地貌出现，日本东北的山毛榉、枹木等寒温带落叶阔叶林和日本西南的栎树、栲树等温热带常绿阔叶林形成，构成了至今仍可以见到的森林景观。
最终冰期日本列岛的主要动物。约两万年前，在北方，北海道和库页岛与大陆连接，津轻海峡（布拉基斯顿线）不连接。在南方，大陆接近九州附近，黄河及长江都有流入（据小野有五、五十岚八枝子《北海道的自然史》，1991年）
这期间，日本列岛与今天的中国大陆之间的海陆关系是如何变化的呢？大约五十万年前，冰川期的日本列岛除北方外，还以朝鲜半岛为陆桥与中国大陆连接。而且我们知道，它们在里斯亚冰期（大约十三至二十多万年前）也是连接的。其证据就是，在日本列岛发现了北方系的猛犸象和驼鹿、南方系的纳玛象和大角鹿的化石。而这些在地上行走的动物也生存于大陆，这说明二者的陆地曾经是连接的。人类的居住地之所以离海洋很近，可能是从生活环境的角度来看，海边比大陆腹地更适合居住的缘故。
中国目前已经确定的最早的人骨化石，据说是可以追溯到八十万年前的陕西蓝田猿人。毫无疑问，这一时期中国大陆有猿人生存，该猿人比北京猿人要早几十万年。因为当时还是陆地连接时期，所以这些猿人移居到今天的日本区域的可能性很大。那么日本列岛真的有猿人到过吗？要解答这个问题，就必须了解石器的出土情况。