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临床工作人员在送检样本时，应该提供患者的传染病病史资料，但是某些情况下这些信息没有送达实验室或患者认为是隐私而不愿提供，实验室人员应该把每一例样本都当作传染性样本来处理，从而保护自己和同事免受潜在的危险。在实验室采用预防措施，保持清洁的环境，减少传染病的危害，这对实验室人员非常重要。在美国的实验室，根据美国职业安全与健康管理局（Occupational Safety and Health Administration，OSHA）提供的标准，全面性预防措施这一术语已作为一个标准，并广泛应用于处理生物学样本，包括血液、体液和机体分泌物等。许多医院都有一个传染病控制委员会、一个跨学科的委员会，负责医院内传染病的研究、预防、控制，以及有关政策的建立和操作。在这个委员会中，细胞病理医师或细胞技术员应帮助临床工作人员建立有关样本的处理规则以及年度检查，这对每个实验室都非常重要。在细胞病理实验室内工作的所有人员处理样本时所穿的衣服和其他装备（包括实验室白大褂、口罩、护目镜和手套等）均应留在实验室内；“清洁”的工作服应置于细胞样本处理区域外，便于工作人员离开时使用。每次使用过的口罩、手套等应该弃于生物垃圾袋（桶）内。处理任何样本时都必须戴上手套。为避免污染，当使用电话机、打字机、条形码扫描仪、电脑键盘、书写工具，或开门窗、按开关等，均应脱掉手套。个人卫生特别重要，处理完传染性物品后，以及离开实验室前，都要洗手。用肥皂擦手、洗手至少15～30秒，双手放在水龙头下，让水流将双手冲洗至无泡沫、无污迹，用纸擦干手掌，用清洁的纸关掉水龙头。需要注意的是，即使操作过程戴了手套，适当的洗手仍然是必要的。不能将食物置于存放样本或试剂的冰箱内，禁止在细胞病理实验室内进食、饮水。个人物品如钱包、书、眼镜等应放置在实验室外的非样本制备区。
样本应分别置入密封塑料袋中，以便于运送。将申请单粘贴在塑料袋表面，不要装订，以防止液体从装订孔中漏出而污染申请单。如塑料袋和申请单发生污染，实验室便无法接收样本。收集在注射器内的样本在送检前应拔去针头，用注射器帽封住注射器。有些研究所的实验室规定：实验室不能接收带有针头的样本，直至临床医师来实验室用注射器帽替代针头为止。对样本进行雾化处理可以减少污染的危害性，这些操作应在生物安全壁橱或通风系统内进行。使用通风系统时，先将样本放置好，然后打开样本容器。在实验室处理样本时，必须将所有样本都作为传染性样本对待，以减少工作人员感染肝炎病毒、HIV或其他传染性疾病的危险性。当样本来自患有Creutzfeldt-Jakob疾病的患者时，特别是神经性样本时，应通知实验室的工作人员，所有的细胞样本（包括已做出诊断的涂片）和用于准备细胞样本的设备都必须销毁。所有液体样本的吸取都应该手工操作，禁止用吸管通过吸口获取样本。生物垃圾是具有潜在传染性的废物，包括体液、血液、组织、分泌物或排泄物，以及用于收集和（或）处理样本的一次性用品，如试管、离心管、滤纸、吸管、注射器等。应该为尿液丢弃设计一个水池，任何作为这一用途的水池都不能作为洗手用途。倾倒尿液时应小心避免四处飞溅，水池应用水冲洗。所有样本和一次性用品均弃于生物垃圾袋中。尖锐物品如玻璃、针头均置入硬性容器内，仔细密封起来。
离心的样本应放在一次性密封离心管内，样本的量应低于离心管的边缘，以防止其内容物的外漏。离心机盖必须关闭，直至离心完全停止才能打开。细胞离心机用于小量样本，与其他离心机一样，必须小心使用，主要的不同是细胞离心机使用的是样品室和滤纸，它可以直接将细胞转移至玻片。离心完成后，样品室、滤纸应弃入生物垃圾桶内，而玻片夹需放入消毒液中消毒以备用。离心机应该作为一个污染区，每次使用后应彻底清洁。离心前应检查离心管是否破裂，离心时失平衡是最常见的引起离心管破裂的因素。如果离心管破裂，需小心取出离心管，用1∶10含氯漂白剂喷雾离心机室，消毒20分钟，然后仔细清洁离心机室。所有能重复使用的设备如搅拌杯、玻璃器皿、离心容器，在清洁前都应该置入碘伏溶液（80mmol/L自由碘），或其他环保部门批准的消毒剂。总的来说，仪器设备应按照制造商说明书进行维护和清洁。用于工作的台面，包括柜台面、仪器的表面，以及垃圾桶盖，必须由实验室工作人员在每天工作结束时清扫；如发生污染，必须立即用70%异丙醇、5%次氯酸钠或碘伏溶液清洗，并在维修单上记录清洁物品或工作台面的日期和时间。
根据有关规定，所有的化学物品必须由有营业执照的机构来收集、处理，收集者必须填写收货单并签字。
（1）任何被认为有毒的化学试剂都不能倒入实验室的下水道。
（2）用过的乙醇必须倒入贴有“乙醇”标签的容器内。
（3）用过的二甲苯必须倒入贴有“二甲苯”标签的容器内。
根据有关规定，所有的样本必须由有营业执照的机构来收集、处理，收集者必须填写收货单并签字。
（1）所有的需要丢弃的ThinPrep瓶必须放在指定的塑料袋（桶）内。
（2）未处理的医疗废物应放入红色塑料袋内，需要高压处理的一般医疗废物应置入灰色塑料袋内。
（3）贮存物品的容器必须清楚地标明“传染性废物”。
（4）福尔马林固定的样本置入红色塑料袋内，由有营业执照的机构收集。
（5）肉眼未见污染的手套、纱布、纸应丢弃在标有“未处理废品”的容器内。
（6）尖锐物品如玻片、玻璃管、硬塑料管、棉签、注射器、针头等，必须置入防刺破的硬性容器内，容器必须由有营业执照的机构来收集。
（1）所有溶液及染色液必须贴有标签及日期。
（2）所有染料必须有详细的年度账目，保证合理的储存及合格的质量。
（3）所有试剂都必须按照生产厂家说明书进行储存。
（4）任何过期的试剂均不能使用。
（5）根据每天阅片时细胞染色的情况来决定所有染色液是否需要更换。
（6）为确定每天的涂片是否污染，设空白对照玻片一张，一起染色。如发现有细胞污染，应立即更换染色液。
（7）每周五的清洁工作：除去所有染色液及相关试剂，包括ThinPrep制片机的乙醇，染色机内的乙醇、染色液；用去污剂清洁染色缸及顶盖，然后浸入水中，清洗所有染色缸。每周一添加染色液及其相关试剂；每天过滤苏木素染液，更换第一道95%乙醇，其他试剂根据需要而更换（如颜色过深等）。
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